当前蛋白身份：P61956
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1WM2 Crystal structure of human SUMO-2 protein 提交 2004-07-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
12–89（78 aa）
片段：no N-terminal arm(residues 12-89)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；40% PEG600, 0.1M CHES, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.190 |
| 1WM3 Crystal structure of human SUMO-2 protein 提交 2004-07-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–88（72 aa）
片段：no N-terminal arm(residues 17-88)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；40% PEG600, 0.1M CHES, 0.1M Na-HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.185 |
| 1WZ0 Solution Structure of Human SUMO-2 (SMT3B), a Ubiquitin-like Protein 提交 2005-02-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–91（91 aa）
片段：ubiquitin-like molecule
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.21mM protein U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2AWT Solution Structure of Human Small Ubiquitin-Like Modifier Protein Isoform 2 (SUMO-2) 提交 2005-09-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–95（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 150mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
0.8mM SUMO-2 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer pH 6.0; 150mM NaCl; 1mM EDTA; 1mM DSS; 0.01% sodium azide; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2CKH SENP1-SUMO2 complex 提交 2006-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
15–93（79 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；pH 5.00
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.294 |
| 2D07 Crystal Structure of SUMO-3-modified Thymine-DNA Glycosylase 提交 2005-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–93（93 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.5M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.241 |
| 2IO0 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-2 提交 2006-10-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
15–95（81 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；15% PEG 4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.249 |
| 2IO3 Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-2 提交 2006-10-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
15–93（79 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.306 |
| 2IYD SENP1 covalent complex with SUMO-2 提交 2006-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
15–95（81 aa）
片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 15-95
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å R-free 0.288 |
| 2N1W Solution structure of human SUMO2 提交 2015-04-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–93（93 aa）
片段：UNP residues 1-93
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；290 K；压力 ambient
NMR样品组成
0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUMO2-1, 10 mM potassium phosphate-2, 100 mM potassium chloride-3, 2 mM DTT-4, 0.1 mM EDTA-5, 0.001 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5-1 mM [U-100% 15N] SUMO2-7, 10 mM potassium phosphate-8, 100 mM potassium chloride-9, 2 mM DTT-10, 0.1 mM EDTA-11, 0.001 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5-1 mM [U-100% 15N] SUMO2-13, 10 mM potassium phosphate-14, 100 mM potassium chloride-15, 2 mM DTT-16, 0.1 mM EDTA-17, 0.001 % sodium azide-18, 10 w/v Pf1 phage-19, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5-1 mM SUMO2-20, 10 mM potassium phosphate-21, 100 mM potassium chloride-22, 2 mM DTT-23, 0.1 mM EDTA-24, 0.001 % sodium azide-25, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2N9E Structure of SUMO-2 bound to phosphorylated RAP80 SIM 提交 2015-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–95（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient
NMR样品组成
1.2 mM peptide, 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2RPQ Solution Structure of a SUMO-interacting motif of MBD1-containing chromatin-associated factor 1 bound to SUMO-3 提交 2008-07-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–93（93 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SIMMCAF1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3UIN Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 提交 2011-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
14–93（80 aa）
片段：UNP residues 14-93
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.264 |
| 3UIO Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
14–93（80 aa）
片段：UNP residues 14-93
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；14% PEG4000, 100 mM sodium citrate pH 6.0, 200 mM ammonium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 279K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 3ZO5 Structure of SENP2-Loop1 in complex with preSUMO-2 提交 2013-02-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
16–95（80 aa）
片段：RESIDUES 16-95
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.15 Å R-free 0.236 |
| 4BKG crystal structure of human diSUMO-2 提交 2013-04-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
12–93（82 aa）
片段：SUMO-2DELTAN11, RESIDUES 12-93
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, 28% PEG 350MME,0.05% DIOXANE
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.231 |
| 4NPN Crystal structure of human tetra-SUMO-2 提交 2013-11-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
12–93（82 aa）
片段：DELTAN11SUMO-2, UNP RESIDUES 12-93
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；289 K；0.1M Tris-HCl, 0.1M CHES, 30% PEG 600, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.218 |
| 4NPN Crystal structure of human tetra-SUMO-2 提交 2013-11-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
12–93（82 aa）
片段：DELTAN11SUMO-2, UNP RESIDUES 12-93
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；289 K；0.1M Tris-HCl, 0.1M CHES, 30% PEG 600, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.218 |
| 5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
15–93（79 aa）
片段：UNP residues 15-93
链 E
15–93（79 aa）
片段：UNP residues 15-93
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5ELU Isoform-specific inhibition of SUMO-dependent protein-protein interactions 提交 2015-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
14–89（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride and 2.0 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.207 |
| 5EQL Isoform-specific inhibition of SUMO-dependent protein-protein interactions 提交 2015-11-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
14–89（76 aa）
片段：UNP residues 14-89
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；0.1 M HEPES sodium salt pH 7.6, 22% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.243 |
| 5GHB SOLUTION STRUCTURE OF LYS42 ACETYLATED HUMAN SUMO2 提交 2016-06-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–93（93 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-93
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM K42Ac SUMO2, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5GHC SOLUTION STRUCTURE OF LYS33 ACETYLATED HUMAN SUMO2 提交 2016-06-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–93（93 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-93
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6JXW Complex of SUMO2 bound SLS4 from ICP0. 提交 2019-04-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–95（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）137；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-98% 15N] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-15N; U-2H] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
2.0 mM [U-15N; U-2H] SUMO2, 0.5 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6JXX SUMO2 bound to phosphorylated SLS4-SIM peptide from ICP0 提交 2019-04-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–95（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）137；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-15N] SUMO2, 2 mM Phosphorylated SLS4 from E3 ubiquitin ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7 mM [U-13C; U-15N] SUMO2, 1.5 mM Phosphorylated SLS4 from E3 ubiquitin ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7ZJV Structure of human USPL1 in covalent complex with DeltaN-SUMO2/3-PA probe 提交 2022-04-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
18–92（75 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；293 K；100 mM CHES pH 8.9, 34% PEG600
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.258 |