当前蛋白身份：P63279
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A3S HUMAN UBC9 提交 1998-01-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 1KPS Structural Basis for E2-mediated SUMO conjugation revealed by a complex between ubiquitin conjugating enzyme Ubc9 and RanGAP1 提交 2002-01-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.0M ammonium phosphate, 0.1M hepes, 10mM CuCl2, 5% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.300 |
| 1KPS Structural Basis for E2-mediated SUMO conjugation revealed by a complex between ubiquitin conjugating enzyme Ubc9 and RanGAP1 提交 2002-01-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–158（158 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.0M ammonium phosphate, 0.1M hepes, 10mM CuCl2, 5% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.300 |
| 1Z5S Crystal structure of a complex between UBC9, SUMO-1, RANGAP1 and NUP358/RANBP2 提交 2005-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；18% PEG4000 (w/v), 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.290 |
| 2GRN Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9 提交 2006-04-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.218 |
| 2GRO Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-N85Q 提交 2006-04-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
突变：N85Q | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.202 |
| 2GRP Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-Y87A 提交 2006-04-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
突变：Y87A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.231 |
| 2GRQ Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-D127A 提交 2006-04-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
突变：D127A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.205 |
| 2GRR Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-D127S 提交 2006-04-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
突变：D127S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.222 |
| 2O25 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-25 kDa Complexed With SUMO-1-Conjugating Enzyme UBC9 提交 2006-11-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；The protein complex (1:1) was dissolved at 26 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 5% glycerol, 2 mM DTT. Hanging drops (2 microL + 2 microL), room temperature, well solution: 16% PEG MME 5000, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.291 |
| 2O25 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-25 kDa Complexed With SUMO-1-Conjugating Enzyme UBC9 提交 2006-11-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；The protein complex (1:1) was dissolved at 26 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 5% glycerol, 2 mM DTT. Hanging drops (2 microL + 2 microL), room temperature, well solution: 16% PEG MME 5000, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.291 |
| 2PE6 Non-covalent complex between human SUMO-1 and human Ubc9 提交 2007-04-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；291 K；100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 8.50
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.250 |
| 2PX9 The intrinsic affinity between E2 and the Cys domain of E1 in Ubiquitin-like modifications 提交 2007-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM Phosphate；压力 1
NMR样品组成
0.15-0.6mM E1 Cys domain, 0.15-0.7mM Ubc9, 50mM Phosphate buffer | 50mM Phosphate buffer
|
分辨率未提供 |
| 2XWU CRYSTAL STRUCTURE OF IMPORTIN 13 - UBC9 COMPLEX 提交 2010-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；50 MM MES PH 6.5 25% PEG 300
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.268 |
| 3A4S The crystal structure of the SLD2:Ubc9 complex 提交 2009-07-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；25% polyethylene glycol 1500, 0.1M SPG buffer : SPG buffer was prepared by mixing succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine in the molar ratios 2:7:7, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.269 |
| 3A4S The crystal structure of the SLD2:Ubc9 complex 提交 2009-07-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；25% polyethylene glycol 1500, 0.1M SPG buffer : SPG buffer was prepared by mixing succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine in the molar ratios 2:7:7, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.269 |
| 3UIN Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 提交 2011-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.264 |
| 3UIO Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；14% PEG4000, 100 mM sodium citrate pH 6.0, 200 mM ammonium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 279K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 3UIP Complex between human RanGAP1-SUMO1, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；22% PEG4000, 100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.232 |
| 4W5V Crystal structure of Human SUMO E2-conjugating enzyme (Ubc9) in complex with E1-activating enzyme (Uba2) ubiquitin fold domain (Ufd) 提交 2014-08-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
未记录 | FMT FORMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris, pH 8.0, 20% PEG MME 550,
200 mM potassium formate, 20% glycerol; seeded
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.283 |
| 4Y1L Ubc9 Homodimer The Missing Link in Poly-SUMO Chain Formation 提交 2015-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
链 B
1–158（158 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10% (w/v) PEG8000, 100 mM HEPES, pH 8.0, 8% ethylene glycol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.278 |
| 5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
突变：K14R | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–158（158 aa）
|
突变：K14R | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5F6D Crystal structure of Ubc9 (K48A/K49A/E54A) complexed with Fragment 6 提交 2015-12-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K48A,K49A,E54A | 5VJ 6~{H}-benzo[c][1,2]benzothiazine 5,5-dioxide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.196 |
| 5F6E Crystal Structure of human Ubc9 (K48A/K49A/E54A) 提交 2015-12-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K48A,K49A,E54A | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol
|
分辨率 1.12 Å R-free 0.170 |
| 5F6U Crystal Structure of Ubc9 (K48A/K49A/E54A) complexed with Fragment 8 (JSS190B146) 提交 2015-12-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K48A,K49A,K54A | 5VK ethyl 3-[4-(2-hydroxyphenyl)-3-oxidanyl-phenyl]propanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.203 |
| 5F6V Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 1 (biphenol from fragment cocktail screen) 提交 2015-12-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K48A,K49A,E54A | 5VL 2-(2-hydroxyphenyl)phenol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.184 |
| 5F6W Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 1 (biphenol) 提交 2015-12-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K48A,K49A,E54A | 5VL 2-(2-hydroxyphenyl)phenol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.200 |
| 5F6X Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 2 (mercaptobenzoxazole from cocktail screen) 提交 2015-12-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K48A,K49A,E54A | 5VM 5-chloranyl-3~{H}-1,3-benzoxazole-2-thione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.193 |
| 5F6Y Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 2 (mercaptobenzoxazole) 提交 2015-12-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K48A,K49A,E54A | 5VM 5-chloranyl-3~{H}-1,3-benzoxazole-2-thione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.178 |
| 5FQ2 Crystal structure of human SUMO E1 UFD domain in complex with Ubc9 in a P422 space group. 提交 2015-12-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–158（158 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 6SYF Human Ubc9 with covalent isopeptide ligand 提交 2019-09-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K48A, K49A, E54A, C138A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.0, 30% PEG8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.263 |
| 6SYF Human Ubc9 with covalent isopeptide ligand 提交 2019-09-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
2–158（157 aa）
|
突变：K48A, K49A, E54A, C138A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.0, 30% PEG8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.263 |
| 6SYF Human Ubc9 with covalent isopeptide ligand 提交 2019-09-27 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
2–158（157 aa）
|
突变：K48A, K49A, E54A, C138A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.0, 30% PEG8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.263 |
| 6SYF Human Ubc9 with covalent isopeptide ligand 提交 2019-09-27 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
2–158（157 aa）
|
突变：K48A, K49A, E54A, C138A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.0, 30% PEG8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.263 |
| 8ODR Mimetic of UBC9-SUMO1 提交 2023-03-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–158（157 aa）
|
突变：K14R, A129K | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；LiSO4, Tris pH8.5, PEG 4000
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.258 |
| 9B62 Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) - composite map and model 提交 2024-03-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 C
1–158（158 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
|
分辨率 2.90 Å |
| 9DQB Cryo-EM structure of a double-loaded SUMO E1-E2-SUMO1 complex. 提交 2024-09-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–158（158 aa）
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突变：F22A,G23Q,V25S,A129K,C138S,K153R | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.60 Å |
| 9DRJ Cryo-EM structure of a SUMO E1-E2-SUMO1 complex. 提交 2024-09-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–158（158 aa）
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突变：C138S | ZN ZINC ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å |
| 9GLR Crystal Structure of Human UBC9 C93E 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
1–158（158 aa）
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突变：C93E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；2% tacsimate, pH 5.0, 0.1 M sodium citrate, 16% PEG 3350
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分辨率 1.72 Å R-free 0.227 |