当前蛋白身份：P78358
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2F53 Directed Evolution of Human T-cell Receptor CDR2 residues by phage display dramatically enhances affinity for cognate peptide-MHC without apparent cross-reactivity 提交 2005-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
片段：residues 157-165
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES, 8.5% Iso-propanol, 17% PEG4000, 15% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.231 |
| 2F53 Directed Evolution of Human T-cell Receptor CDR2 residues by phage display dramatically enhances affinity for cognate peptide-MHC without apparent cross-reactivity 提交 2005-11-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
片段：residues 157-165
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES, 8.5% Iso-propanol, 17% PEG4000, 15% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.231 |
| 2F54 Directed evolution of human T cell receptor CDR2 residues by phage display dramatically enhances affinity for cognate peptide-MHC without increasing apparent cross-reactivity 提交 2005-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
片段：residues 157-165
|
突变：Y67C, K91C | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES, 8.5% iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.286 |
| 2F54 Directed evolution of human T cell receptor CDR2 residues by phage display dramatically enhances affinity for cognate peptide-MHC without increasing apparent cross-reactivity 提交 2005-11-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
157–165（9 aa）
片段：residues 157-165
|
突变：Y67C, K91C | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES, 8.5% iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.286 |
| 2P5E Crystal Structures of High Affinity Human T-Cell Receptors Bound to pMHC Reveal Native Diagonal Binding Geometry 提交 2007-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
片段：RESIDUES 157-165
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；293 K；85 mM HEPES, 8.5% Isopropanol, 17% PEG 4000, 15% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K, pH 7.50
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.236 |
| 2P5W Crystal structures of high affinity human T-cell receptors bound to pMHC reveal native diagonal binding geometry 提交 2007-03-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
片段：RESIDUES 157-165
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 11 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；293 K；85 MM HEPES, 8.5% ISO-PROPANOL, 17% PEG4000, 15% GLYCEROL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.50
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.245 |
| 2PYE Crystal Structures of High Affinity Human T-Cell Receptors Bound to pMHC RevealNative Diagonal Binding Geometry TCR Clone C5C1 Complexed with MHC 提交 2007-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
片段：RESIDUES 157-165
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 9 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；85 mM Na HEPES buffer pH7.5, 8.5 % iso-propanol, 17% PEG 4000, 15% glycerol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.283 |
| 3KLA Ca2+ release from the endoplasmic reticulum of NY-ESO-1 specific T cells is modulated by the affinity of T cell receptor and by the use of the CD8 co-receptor 提交 2009-11-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
|
突变：C9L mutation | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；16% PEG 8K, 20mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.239 |
| 3KLA Ca2+ release from the endoplasmic reticulum of NY-ESO-1 specific T cells is modulated by the affinity of T cell receptor and by the use of the CD8 co-receptor 提交 2009-11-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
157–165（9 aa）
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突变：C9L mutation | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；16% PEG 8K, 20mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.239 |
| 6AT5 Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with an NY-ESO-1 peptide 提交 2017-08-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
60–72（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M NaCl and 20 % PEG 3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.230 |
| 6RP9 Crystal structure of the T-cell receptor NYE_S3 bound to HLA A2*01-SLLMWITQV 提交 2019-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulphate, 15 % PEG8k, 0.1 M Tris pH7.5
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.250 |
| 6RP9 Crystal structure of the T-cell receptor NYE_S3 bound to HLA A2*01-SLLMWITQV 提交 2019-05-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
157–165（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulphate, 15 % PEG8k, 0.1 M Tris pH7.5
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.250 |
| 9C3E TCR - CD3 complex bound to HLA 提交 2024-05-31 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 H
157–165（9 aa）
|
突变：C9V | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9DL1 Crystal Structure of HLA-A*02:01/NY-ESO-1 (SLLMWITQV) and a target specific TRACeR-I 提交 2024-09-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 E
157–164（8 aa）
链 H
157–164（8 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium Sulfate and 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.265 |
| 9FE1 Cryo-EM structure of the ternary DARPin NY_1/HLA-A0201/NY-ESO1 complex. 提交 2024-05-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；25 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9HKQ Structure of VHH5 targeting NY-ESO-1(SLLMWITQC)/HLA-A*02:01 提交 2024-12-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
157–165（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9MIN Structure of a designed minibinder to NYESO1-A*02:01 提交 2024-12-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
157–165（9 aa）
|
突变：C9V | GOL GLYCEROL × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M ammonium acetate
0.1 M bis-tris pH 5.5
25% PEG 3350
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分辨率 2.05 Å R-free 0.267 |
| 9MIN Structure of a designed minibinder to NYESO1-A*02:01 提交 2024-12-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
157–165（9 aa）
|
突变：C9V | GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M ammonium acetate
0.1 M bis-tris pH 5.5
25% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.267 |