当前蛋白身份：P80428
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3QB0 Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP 提交 2011-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–489（489 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1
M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.221 |
| 3QB0 Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP 提交 2011-01-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–489（489 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1
M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.221 |
| 3QB0 Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP 提交 2011-01-12 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–489（489 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1
M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.221 |
| 3QB0 Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP 提交 2011-01-12 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–489（489 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1
M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.221 |
| 5I9E Crystal structure of a nuclear actin ternary complex 提交 2016-02-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–489（489 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；291 K；polyethylene glycol (PEG) 3350, citric acid, BIS-TRIS propane
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分辨率 2.80 Å R-free 0.284 |
| 5I9E Crystal structure of a nuclear actin ternary complex 提交 2016-02-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–489（489 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；291 K；polyethylene glycol (PEG) 3350, citric acid, BIS-TRIS propane
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.284 |
| 5NBL Crystal structure of the Arp4-N-actin(APO-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–489（489 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ADP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate at pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.204 |
| 5NBL Crystal structure of the Arp4-N-actin(APO-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–489（489 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ADP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate at pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.204 |
| 5NBM Crystal structure of the Arp4-N-actin(ATP-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–489（489 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))
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分辨率 3.40 Å R-free 0.193 |
| 5NBM Crystal structure of the Arp4-N-actin(ATP-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–489（489 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.193 |
| 5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–489（489 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.242 |
| 5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–489（489 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.242 |
| 5Y81 NuA4 TEEAA sub-complex 提交 2017-08-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 F
1–489（489 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 7VVY TRA module of NuA4 提交 2021-11-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 F
1–489（489 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 3.10 Å |
| 7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–489（489 aa）
|
未记录 | CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 8.80 Å |
| 8A5A Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 W
1–489（489 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.30 Å |
| 8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 W
1–489（489 aa）
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未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å |
| 8ESC Structure of the Yeast NuA4 Histone Acetyltransferase Complex 提交 2022-10-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 R
1–489（489 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |