当前蛋白身份：P83949
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B8I STRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX 提交 1999-02-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
233–313（81 aa）
片段：YPWM MOTIF AND HOMEODOMAIN
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突变：C139S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；0.6M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.40 Å R-free 0.304 |
| 4CYC CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS 提交 2014-04-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
233–324（92 aa）
片段：HOMEODOMAIN WITH HX AND UBDA, RESIDUES 233-367
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.5
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.227 |
| 4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
292–367（76 aa）
片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000
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分辨率 2.55 Å R-free 0.239 |
| 4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
292–367（76 aa）
片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367
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突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.239 |
| 4UUT Crystal structure of the Ultrabithorax protein 提交 2014-07-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
233–324（92 aa）
片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 233-324
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
20% 1-4 BUTANEDIOL, 0.2M LISO4, 0.1M MES PH 6
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分辨率 2.80 Å R-free 0.237 |
| 8F36 Ubx Homeodomain NMR solution structure 提交 2022-11-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
295–354（60 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）128；压力 1
NMR样品组成
0.76 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UbxHD, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 2 mM TCEP, 5 mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 9YZP Isoreticular co-crystal 1 with asymmetrical expanded duplex (31mer) containing insert sequence TGATGAGCAG and loaded with ultrabithorax homeodomain 提交 2025-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 D
295–354（60 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；40mM Magnesium acetate, 1.5M Lithium sulfate, 50mM MES pH 6.5. The crystal was crosslinked with 45mg/mL EDC overnight, and then looped into a solution of 50mM potassium chloride, 4mM calcium chloride, 10% glycerol, and 10mM Tris hydrochloride for 1 hour. The drop was then supplemented with 40 micromolar Ultrabithorax homeodomain.
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分辨率 3.67 Å R-free 0.295 |
| 9YZR Isoreticular co-crystal 1 with asymmetrical expanded duplex (31mer) containing insert sequence TAATTAGGCCG and loaded with ultrabithorax homeodomain 提交 2025-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 D
295–354（60 aa）
链 E
295–354（60 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；30mM magnesium acetate, 900mM Lithium sulfate, 50mM MES pH 6.5. The crystal was crosslinked with 48mg/mL EDC overnight, and then looped into a solution of 35mM potassium chloride, 4mM calcium chloride, 10% glycerol, and 10mM Tris hydrochloride for 1 hour. The drop was then supplemented with 80 micromolar Ultrabithorax homeodomain.
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分辨率 3.39 Å R-free 0.298 |