当前蛋白身份：P84040
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.254 |
| 2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.262 |
| 2XYI Crystal Structure of Nurf55 in complex with a H4 peptide 提交 2010-11-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
27–46（20 aa）
片段：RESIDUES 27-46
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未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；35%(V/V) PEG 400, 100MM MES PH 6
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.195 |
| 3C9C Structural Basis of Histone H4 Recognition by p55 提交 2008-02-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
16–42（27 aa）
片段：UNP residues 16-42
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.242 |
| 4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.243 |
| 4UUZ MCM2-histone complex 提交 2014-08-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES PH7, 21% PEG3000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 B
25–103（79 aa）
片段：UNP RESIDUES 25-103
链 F
25–103（79 aa）
片段：UNP RESIDUES 25-103
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
25–103（79 aa）
片段：UNP RESIDUES 25-103
链 P
25–103（79 aa）
片段：UNP RESIDUES 25-103
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
22–103（82 aa）
片段：UNP residues 22-103
链 F
22–103（82 aa）
片段：UNP residues 22-103
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)
|
分辨率 5.53 Å R-free 0.238 |
| 5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 L
22–103（82 aa）
片段：UNP residues 22-103
链 P
22–103（82 aa）
片段：UNP residues 22-103
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)
|
分辨率 5.53 Å R-free 0.238 |
| 6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
18–103（86 aa）
链 F
18–103（86 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8UX1 Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle 提交 2023-11-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 b
22–103（82 aa）
链 f
22–103（82 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 b
24–103（80 aa）
链 f
24–103（80 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 b
24–103（80 aa）
链 f
24–103（80 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.80 Å |
| 9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 G
2–103（102 aa）
链 H
2–103（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–103（103 aa）
链 H
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–103（103 aa）
链 H
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–103（103 aa）
链 H
1–103（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å |