当前蛋白身份：P9WGI1
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5UH5 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 3 nt of RNA 提交 2017-01-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；400 ul 50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 3.75 Å R-free 0.248 |
| 5UH6 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 2ntRNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 3.84 Å R-free 0.264 |
| 5UH8 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 4nt RNA 提交 2017-01-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 4.18 Å R-free 0.257 |
| 5UH9 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 2nt RNA 提交 2017-01-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.3, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.332 |
| 5UHA Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex 提交 2017-01-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
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分辨率 3.91 Å R-free 0.279 |
| 5UHB Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with Rifampin 提交 2017-01-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 4.29 Å R-free 0.267 |
| 5UHC Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 3nt RNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.267 |
| 5UHD Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 4nt RNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 4.01 Å R-free 0.264 |
| 5UHE Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-AAP1 提交 2017-01-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88G Nalpha-(benzenecarbonyl)-N-(2-methylphenyl)-D-phenylalaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.3, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 4.04 Å R-free 0.259 |
| 5UHF Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-IX336 提交 2017-01-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88D N-(2-methylphenyl)-Nalpha-(selenophene-2-carbonyl)-D-phenylalaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.4, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 4.34 Å R-free 0.267 |
| 5UHG Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-AAP1 and Rifampin 提交 2017-01-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
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未记录 | RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88G Nalpha-(benzenecarbonyl)-N-(2-methylphenyl)-D-phenylalaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350
|
分辨率 3.97 Å R-free 0.260 |
| 6FBV Single particle cryo em structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase in complex with Fidaxomicin 提交 2017-12-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；3.5 microliter 1 microM Mtb RNAP-Lpm and 50 microMolar Lpm in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM dithiothreitol, and 0.1% n-octyl-beta-D-glucopyranoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.52 Å R-free 0.331 |
| 6ONO Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in C2221 space group 提交 2019-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
417–528（112 aa）
片段：region 4 (UNP residues 417-528)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 6ONO Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in C2221 space group 提交 2019-04-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
417–528（112 aa）
片段：region 4 (UNP residues 417-528)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 6ONU Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. 提交 2019-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
417–528（112 aa）
片段：region 4 (UNP residues 417-528)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.235 |
| 6ONU Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. 提交 2019-04-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
417–528（112 aa）
片段：region 4 (UNP residues 417-528)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.235 |
| 6ONU Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. 提交 2019-04-22 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
417–528（112 aa）
片段：region 4 (UNP residues 417-528)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.235 |
| 6ONU Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. 提交 2019-04-22 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
417–528（112 aa）
片段：region 4 (UNP residues 417-528)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.235 |
| 8CWR Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group R3 提交 2022-05-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
446–528（83 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 SO4 SULFATE ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 NI NICKEL (II) ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4
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分辨率 1.50 Å R-free 0.212 |
| 8CWT Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group P43212 提交 2022-05-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
446–528（83 aa）
链 D
446–528（83 aa）
链 F
446–528（83 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 SO4 SULFATE ION × 25 NI NICKEL (II) ION × 7 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.174 |
| 8D5V WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera 提交 2022-06-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
446–528（83 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Na Citrate pH 5.5, 20% PEG3000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.231 |
| 8D5V WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera 提交 2022-06-06 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
446–528（83 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Na Citrate pH 5.5, 20% PEG3000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.231 |
| 8HIH Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex with transcription factor GlnR 提交 2022-11-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.66 Å |
| 9KET Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules(composite map) 提交 2024-11-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9KEU Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules (composite map) 提交 2024-11-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9KEV Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules (composite map) 提交 2024-11-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric（15） 待复核 |
链 F
1–528（528 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |