当前蛋白身份：Q00416
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5MZN Helicase Sen1 提交 2017-02-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1095–1470（376 aa）
链 A
1539–1904（366 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 40 GOL GLYCEROL × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；18% PEG 2K
0.1M MOPS 7.2
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.184 |
| 6GC3 Structure of Nrd1 CID - Sen1 NIM complex 提交 2018-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2052–2063（12 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CTD-interacting domain of Nrd1, 1.5 mM ASP-ASP-ASP-GLU-ASP-ASP-TYR-THR-PRO-SER-ILE-SER, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6I59 Long wavelength native-SAD phasing of Sen1 helicase 提交 2018-11-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1095–1470（376 aa）
链 A
1539–1904（366 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 40 GOL GLYCEROL × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；18% PEG 2K 0.1M MOPS 7.2
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.213 |
| 6O3W Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM1 提交 2019-02-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1882–1895（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.204 |
| 6O3W Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM1 提交 2019-02-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1882–1895（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.204 |
| 6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
2053–2064（12 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.226 |
| 6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2053–2064（12 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.226 |
| 6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
2053–2064（12 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.226 |
| 6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
2181–2193（13 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.300 |
| 6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2181–2193（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.300 |
| 6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
2181–2193（13 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.300 |
| 8RAM Structure of Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex 提交 2023-12-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：19-meric（19） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–2231（2231 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8RAN Structure of Sen1-RNA complex 提交 2023-12-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–2231（2231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 8RAO Structure of Sen1-ADP.BeF3-RNA complex 提交 2023-12-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–2231（2231 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8RAP Structure of Sen1-ADP.BeF3 bound RNA Polymerase II pre-termination complex 提交 2023-12-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：19-meric（19） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–2231（2231 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |