当前蛋白身份：Q03067
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2LO2 Solution structure of Sgf11(63-99) zinc finger domain 提交 2012-01-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
63–99（37 aa）
片段：SGF11-type zinc finger residues 63-99
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.115；压力 ambient
NMR样品组成
0.7 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] sgf11, 20 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 3KIK Sgf11:Sus1 complex 提交 2009-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
7–33（27 aa）
片段：Sus1 binding region of Sgf11
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；3.2 M Na formate. See publication for details, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 2.10 Å R-free 0.231 |
| 3KIK Sgf11:Sus1 complex 提交 2009-11-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
7–33（27 aa）
片段：Sus1 binding region of Sgf11
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；3.2 M Na formate. See publication for details, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 2.10 Å R-free 0.231 |
| 3KIK Sgf11:Sus1 complex 提交 2009-11-02 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
7–33（27 aa）
片段：Sus1 binding region of Sgf11
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；3.2 M Na formate. See publication for details, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 2.10 Å R-free 0.231 |
| 3KIK Sgf11:Sus1 complex 提交 2009-11-02 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
7–33（27 aa）
片段：Sus1 binding region of Sgf11
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；3.2 M Na formate. See publication for details, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 2.10 Å R-free 0.231 |
| 3KJL Sgf11:Sus1 complex 提交 2009-11-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2–33（32 aa）
片段：Sus1-binding region
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；see publication, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 3KJL Sgf11:Sus1 complex 提交 2009-11-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
2–33（32 aa）
片段：Sus1-binding region
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；see publication, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 3KJL Sgf11:Sus1 complex 提交 2009-11-03 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
2–33（32 aa）
片段：Sus1-binding region
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；see publication, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 3KJL Sgf11:Sus1 complex 提交 2009-11-03 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
2–33（32 aa）
片段：Sus1-binding region
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；see publication, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 3M99 Structure of the Ubp8-Sgf11-Sgf73-Sus1 SAGA DUB module 提交 2010-03-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–99（99 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.2M ammonium citrate, 18% PEG 3,350, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.300 |
| 3MHH Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2010-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–99（99 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1 M Na Citrate (5.2),
16% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.45 Å R-free 0.273 |
| 3MHS Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module bound to ubiquitin aldehyde 提交 2010-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–99（99 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Hepes pH 6.5,
10% (w/v) PEG 8000,
20% (v/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.208 |
| 4FIP Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
1–72（72 aa）
片段：UNP Residues 1-72
链 G
1–72（72 aa）
片段：UNP Residues 1-72
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未记录 | ZN ZINC ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；14% PEG3350, 0.18-0.22 M Tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.69 Å R-free 0.264 |
| 4FJC Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
1–99（99 aa）
片段：UNP Residues Sgf11 1-72
链 G
1–99（99 aa）
片段：UNP Residues Sgf11 1-72
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未记录 | ZN ZINC ION × 14 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；14% PEG3350, 0.18-0.22 M tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.83 Å R-free 0.276 |
| 4FK5 Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–99（99 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；sodium citrate pH 5.2, 16% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.03 Å R-free 0.212 |
| 6AQR SAGA DUB module Ubp8(C146A)/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to monoubiquitin 提交 2017-08-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–99（99 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0
17% PEG3350
0.1 M ammonium sulfate
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分辨率 2.10 Å R-free 0.249 |
| 6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–99（99 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
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分辨率 3.60 Å |