当前蛋白身份：Q04207
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BFT STRUCTURE OF NF-KB P65 HOMODIMER BOUND TO A KB SITE 提交 1997-09-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
191–291（101 aa）
片段：DIMERIZATION DOMAIN
链 B
191–291（101 aa）
片段：DIMERIZATION DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.294 |
| 1IKN IKAPPABALPHA/NF-KAPPAB COMPLEX 提交 1998-11-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
19–304（286 aa）
片段：N-TERMINAL AND DIMERIZATION DOMAINS
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7.00
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.277 |
| 1K3Z X-ray crystal structure of the IkBb/NF-kB p65 homodimer complex 提交 2001-10-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
191–326（136 aa）
片段：p65 dimerization domain
链 B
191–326（136 aa）
片段：p65 dimerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.256 |
| 1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
20–291（272 aa）
片段：p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.293 |
| 1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
20–291（272 aa）
片段：p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.293 |
| 1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
20–291（272 aa）
片段：p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.305 |
| 1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
20–291（272 aa）
片段：p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.305 |
| 1LEI The kB DNA sequence from the HLV-LTR functions as an allosteric regulator of HIV transcription 提交 2002-04-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
20–291（272 aa）
片段：p65 RHR
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
SMALL TUBES；pH 6.5；291 K；PEG 3350, CaCl2, sodium spermine, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.284 |
| 1MY5 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer 提交 2002-10-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
191–304（114 aa）
片段：residues 191-304 (dimerization domain)
链 B
191–304（114 aa）
片段：residues 191-304 (dimerization domain)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M sodium HEPES, 0.2M sodium tartrate, 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.221 |
| 1MY7 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer N202R mutation 提交 2002-10-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
191–304（114 aa）
片段：residues 191 - 304 (dimerization domain)
链 B
191–304（114 aa）
片段：residues 191 - 304 (dimerization domain)
|
突变：N202R 突变：N202R | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.l M sodium HEPES, 0.2 M sodium tartrate, 2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.247 |
| 1OY3 CRYSTAL STRUCTURE OF AN IKBBETA/NF-KB P65 HOMODIMER COMPLEX 提交 2003-04-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
191–326（136 aa）
片段：p65 dimerization domain
链 C
191–326（136 aa）
片段：p65 dimerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；PEG 8000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.247 |
| 1RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–291（273 aa）
片段：P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291
链 B
19–291（273 aa）
片段：P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291
|
未记录 | DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；crystallized from PEG 3350, CACL2, BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, HEPES and GLYCEROL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.324 |
| 1VKX CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA 提交 1997-09-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–291（273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.320 |
| 2I9T Structure of NF-kB p65-p50 heterodimer bound to PRDII element of B-interferon promoter 提交 2006-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–291（273 aa）
片段：residues 19-291
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；293 K；8% PEG 5K monomethylether, 200mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.288 |
| 2RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–291（273 aa）
片段：P65 RESIDUES 19 - 291
链 B
19–291（273 aa）
片段：P65 RESIDUES 19 - 291
|
未记录 | DTV (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.308 |
| 5U01 Cooperative DNA binding by two RelA dimers 提交 2016-11-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–291（273 aa）
片段：UNP residues 19-291
链 B
19–291（273 aa）
片段：UNP residues 19-291
链 C
19–291（273 aa）
片段：UNP residues 19-291
链 D
19–291（273 aa）
片段：UNP residues 19-291
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；Nacit 5.5 100mM, CaCl2 10mM, DTT 10mM, PEG 3350 15%.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.274 |
| 6GGR Crystal structure of Salmonella zinc metalloprotease effector GtgA in complex with p65 提交 2018-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
20–188（169 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallyzation conditions: 0.1 M Tris pH 8.3, 0.5 M LiCl and 32.5% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.252 |
| 8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–98（80 aa）
链 A
191–291（101 aa）
链 B
19–98（80 aa）
链 B
191–291（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate
0.1M Bis Tris propane pH 6.5
20% PEG 3350
10mM DTT
0.5% BOG
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.329 |
| 8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 G
19–98（80 aa）
链 G
191–291（101 aa）
链 H
19–98（80 aa）
链 H
191–291（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate
0.1M Bis Tris propane pH 6.5
20% PEG 3350
10mM DTT
0.5% BOG
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.329 |
| 8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 K
19–98（80 aa）
链 K
191–291（101 aa）
链 L
19–98（80 aa）
链 L
191–291（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate
0.1M Bis Tris propane pH 6.5
20% PEG 3350
10mM DTT
0.5% BOG
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.329 |
| 8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 | Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 O
19–98（80 aa）
链 O
191–291（101 aa）
链 P
19–98（80 aa）
链 P
191–291（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate
0.1M Bis Tris propane pH 6.5
20% PEG 3350
10mM DTT
0.5% BOG
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.329 |
| 9BDU NF-kappaB RelA homo-dimer bound to AT-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
链 B
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, beta-octylglucoside, spermine
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.273 |
| 9BDV NF-kappaB RelA homo-dimer bound to TA-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
链 B
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.230 |
| 9BDW NF-kappaB RelA homo-dimer bound to GC-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
链 B
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.227 |
| 9BDX NF-kappaB RelA homo-dimer bound to CG-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
链 B
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.374 |
| 9E6W NF-kappaB RelA homo-dimer bound to a kappaB site of Cxcl2 gene 提交 2024-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
链 B
19–304（286 aa）
片段：residues 19-304
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris HCl 25mM pH 7.5, NaCl 50 mM, DTT 1 mM, MES 50 mM pH 5.5, CaCl2 2 mM, Spermidine 1 mM, b-D-octylglucopyranoside 0.05%, Ammonium chloride 50 mM, PEG3350 14%
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.283 |