当前蛋白身份：Q07688
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1C02 CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST YPD1P 提交 1999-07-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–167（166 aa）
链 B
2–167（166 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；AMMONIUM SULFATE, LITHIUM SULFATE, HEPES, PEG 400, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.247 |
| 1C03 CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) 提交 1999-07-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–167（167 aa）
|
突变：C-TERMINAL 6 HIS-TAG | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1C03 CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) 提交 1999-07-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–167（167 aa）
|
突变：C-TERMINAL 6 HIS-TAG | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1C03 CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) 提交 1999-07-14 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–167（167 aa）
|
突变：C-TERMINAL 6 HIS-TAG | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1C03 CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) 提交 1999-07-14 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–167（167 aa）
|
突变：C-TERMINAL 6 HIS-TAG | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.36；297 K；PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1OXB Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P2(1)2(1)2(1) 提交 2003-04-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–167（166 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.266 |
| 1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–167（166 aa）
片段：YPD1
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–167（166 aa）
片段：YPD1
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2–167（166 aa）
片段：YPD1
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
2–167（166 aa）
片段：YPD1
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
2–167（166 aa）
片段：YPD1
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
2–167（166 aa）
片段：YPD1
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1OXK Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) 提交 2003-04-02 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
2–167（166 aa）
片段：YPD1
链 C
2–167（166 aa）
片段：YPD1
链 E
2–167（166 aa）
片段：YPD1
链 I
2–167（166 aa）
片段：YPD1
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 1QSP CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST PHOSPHORELAY PROTEIN YPD1 提交 1999-06-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3–167（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 4000, SODIUM ACETATE AMMONIUM ACETATE, BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.254 |
| 1QSP CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST PHOSPHORELAY PROTEIN YPD1 提交 1999-06-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
3–167（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 4000, SODIUM ACETATE AMMONIUM ACETATE, BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.254 |
| 2R25 Complex of YPD1 and SLN1-R1 with bound Mg2+ and BeF3- 提交 2007-08-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–167（167 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；295 K；2.2 M ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 5.60
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分辨率 1.70 Å R-free 0.240 |
| 5KBX Co-crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae histidine phosphotransfer signaling protein Ypd1 and the receiver domain of its downstream response regulator Ssk1 提交 2016-06-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–167（167 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；296 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS/NaOH pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4
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分辨率 2.80 Å R-free 0.279 |
| 6M7W Role of the highly conserved G68 residue in the yeast phosphorelay protein Ypd1: implications for interactions between histidine phosphotransfer (HPt) and response regulator proteins 提交 2018-08-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–167（167 aa）
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突变：G68Q | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；296 K；0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 0.2M ammonium acetate and 25-30% PEG 4000
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分辨率 1.98 Å R-free 0.207 |