当前蛋白身份：Q08602
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DCE CRYSTAL STRUCTURE OF RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE FROM RAT BRAIN 提交 1999-11-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–567（567 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.263 |
| 1DCE CRYSTAL STRUCTURE OF RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE FROM RAT BRAIN 提交 1999-11-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–567（567 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.263 |
| 1LTX Structure of Rab Escort Protein-1 in complex with Rab geranylgeranyl transferase and isoprenoid 提交 2002-05-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–567（567 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 FAR FARNESYL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；20% PEG 3350, 100mM KSCN, 100mM Namalonate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.272 |
| 3C72 Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor 提交 2008-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–236（236 aa）
链 A
353–441（89 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CX1 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-histidyl-N-methyl-L-phenylalanyl-L-tyrosine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Ca-Acetate, 0.1 M HEPES, cocrystallization with 5 mM inhibitor, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.256 |
| 3DSS Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG) 提交 2008-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
链 A
353–441（89 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ca(OAc)2, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.194 |
| 3DST Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG)in complex with geranylgeranyl pyrophosphate 提交 2008-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
链 A
353–441（89 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
|
未记录 | GRG GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ca(OAc)2, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.220 |
| 3DSU Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG)in complex with farnesyl pyrophosphate 提交 2008-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
链 A
353–441（89 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
|
未记录 | FPP FARNESYL DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ca(OAc)2, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.215 |
| 3DSV Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG)in complex with mono-prenylated peptide Ser-Cys-Ser-Cys(GG) derivated from Rab7 提交 2008-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
链 A
353–441（89 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ca(OAc)2, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.211 |
| 3DSW Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG)in complex with mono-prenylated peptide Ser-Cys(GG)-Ser-Cys derivated from Rab7 提交 2008-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
链 A
353–441（89 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ca(OAc)2, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.232 |
| 3DSX Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG)in complex with di-prenylated peptide Ser-Cys(GG)-Ser-Cys(GG) derivated from Rab7 提交 2008-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
链 A
353–441（89 aa）
片段：PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ca(OAc)2, 2.5% (v/v)DMSO, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.229 |
| 3HXB Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (compound 6) 提交 2009-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
链 A
353–441（89 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
|
突变：DELTA LRR; DELTA IG 突变：DELTA LRR; DELTA IG | BD5 N-[(benzyloxy)carbonyl]-D-tyrosyl-L-phenylalanyl-L-tyrosine × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.278 |
| 3HXC Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (compound 8) 提交 2009-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
链 A
353–441（89 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
|
突变：DELTA LRR; DELTA IG 突变：DELTA LRR; DELTA IG | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 BD6 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-histidyl-N-methyl-L-phenylalanyl-N-hydroxy-L-tryptophanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.218 |
| 3HXD Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (compound 9) 提交 2009-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
链 A
353–441（89 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
|
突变：DELTA LRR; DELTA IG 突变：DELTA LRR; DELTA IG | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 BD7 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-histidyl-N-methyl-L-phenylalanyl-N-hydroxy-L-tyrosinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.222 |
| 3HXE Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (compound 37) 提交 2009-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
链 A
353–441（89 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
|
突变：DELTA LRR; DELTA IG 突变：DELTA LRR; DELTA IG | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 BD8 N-undecanoyl-L-histidyl-L-phenylalanyl-N-methyl-N-(2-pyridin-2-ylethyl)-L-tyrosinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.215 |
| 3HXF Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (compound 32) 提交 2009-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
链 A
353–441（89 aa）
片段：RabGGTase ALPHA-subunit
|
突变：DELTA LRR; DELTA IG 突变：DELTA LRR; DELTA IG | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 BD9 N-undecanoyl-L-histidyl-L-histidyl-N-methyl-N-(2-pyridin-2-ylethyl)-L-tyrosinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.212 |
| 3PZ1 Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG) in Complex with BMS3 提交 2010-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：Fusion of residues 1-237 and 353-441 with linker AGSG
链 A
353–441（89 aa）
片段：Fusion of residues 1-237 and 353-441 with linker AGSG
|
未记录 | 3PZ (3R)-3-benzyl-4-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1,4-benzodiazepine-7-carbonitrile × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.232 |
| 3PZ2 Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG) in Complex with BMS3 and lipid substrate GGPP 提交 2010-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：UNP residues 1-237 and 353-441
链 A
353–441（89 aa）
片段：UNP residues 1-237 and 353-441
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 3PZ (3R)-3-benzyl-4-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1,4-benzodiazepine-7-carbonitrile × 1 GRG GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.256 |
| 3PZ3 Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG) in Complex with BMS-analogue 14 提交 2010-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：UNP residues 1-237 and 353-441
链 A
353–441（89 aa）
片段：UNP residues 1-237 and 353-441
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 PZ3 4-({(3R)-7-(5-formylfuran-2-yl)-4-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1,4-benzodiazepin-3-yl}methyl)phenyl benzylcarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；284 K；14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.224 |
| 4EHM RabGGTase in complex with covalently bound Psoromic acid 提交 2012-04-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
链 A
353–441（89 aa）
|
未记录 | PJA 4-formyl-3-hydroxy-8-methoxy-1,9-dimethyl-11-oxo-11H-dibenzo[b,e][1,4]dioxepine-6-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；285 K；20mM Hepes pH7.2, 100mM NaCl, 2mM DTT, 15% PEG 3350, 0.2M Ca Acetate, 0.1M Hepes pH7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.251 |
| 4GTS Engineered RabGGTase in complex with BMS analogue 16 提交 2012-08-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：residues 1-237 and 353-441 linked with AGSG
链 A
353–441（89 aa）
片段：residues 1-237 and 353-441 linked with AGSG
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 7TP 5-{(3R)-3-(4-hydroxybenzyl)-4-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1,4-benzodiazepin-7-yl}furan-2-carbaldehyde × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；285 K；RabGGTase in 20mM Hepes pH7.2, 100mM NaCl and 2mM DTT was mixed with 15% PEG3350, 0.2M Ca Acetate, 0.1M Hepes pH7.2. The obtained crystals was soaked with 20% PEG3350, 0.2M Ca Acetate, 5% Glycerol in the presence of 1mM inhibitor for 12 hour, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.248 |
| 4GTT Engineered RabGGTase in complex with BMS analogue 12 提交 2012-08-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：residues 1-237 and 353-441 linked with AGSG
链 A
353–441（89 aa）
片段：residues 1-237 and 353-441 linked with AGSG
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 7TQ 4-({(3R)-7-cyano-4-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1,4-benzodiazepin-3-yl}methyl)phenyl benzylcarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；285 K；RabGGTase in 20mM Hepes pH7.2, 100mM NaCl and 2mM DTT was mixed with 15% PEG3350, 0.2M Ca Acetate, 0.1M Hepes pH7.2. The obtained crystals was soaked with 20% PEG3350, 0.2M Ca Acetate, 5% Glycerol in the presence of 1mM inhibitor for 12 hour., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.233 |
| 4GTV Engineered RabGGTase in complex with BMS analogue 13 提交 2012-08-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–237（237 aa）
片段：residues 1-237 and 353-441 linked with AGSG
链 A
353–441（89 aa）
片段：residues 1-237 and 353-441 linked with AGSG
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 7TR 4-({(3R)-7-cyano-4-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1,4-benzodiazepin-3-yl}methyl)phenyl diethylcarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；285 K；RabGGTase in 20mM Hepes pH7.2, 100mM NaCl and 2mM DTT was mixed with 15% PEG3350, 0.2M Ca Acetate, 0.1M Hepes pH7.2. The obtained crystals was soaked with 20% PEG3350, 0.2M Ca Acetate, 5% Glycerol in the presence of 1mM inhibitor for 12 hour, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.211 |