当前蛋白身份：Q0VGL1
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5VOK Crystal structure of the C7orf59-HBXIP dimer 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；4M sodium formate, 5%(v/v) glycerol and 0.01M barium chloride (as additive).
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.312 |
| 5VOK Crystal structure of the C7orf59-HBXIP dimer 提交 2017-05-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；4M sodium formate, 5%(v/v) glycerol and 0.01M barium chloride (as additive).
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.312 |
| 5VOK Crystal structure of the C7orf59-HBXIP dimer 提交 2017-05-03 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；4M sodium formate, 5%(v/v) glycerol and 0.01M barium chloride (as additive).
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.312 |
| 5VOK Crystal structure of the C7orf59-HBXIP dimer 提交 2017-05-03 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；4M sodium formate, 5%(v/v) glycerol and 0.01M barium chloride (as additive).
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.312 |
| 5VOK Crystal structure of the C7orf59-HBXIP dimer 提交 2017-05-03 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–99（99 aa）
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；4M sodium formate, 5%(v/v) glycerol and 0.01M barium chloride (as additive).
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.312 |
| 5VOK Crystal structure of the C7orf59-HBXIP dimer 提交 2017-05-03 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
1–99（99 aa）
链 H
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；4M sodium formate, 5%(v/v) glycerol and 0.01M barium chloride (as additive).
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.312 |
| 5X6U Crystal structure of human heteropentameric complex 提交 2017-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris-HCl, 2-propanol, 1,6-hexandiol, 1,4-butandiol, 1-butanol, 1,3-propanediol, PEG 100, PEG 3350, 2-Methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.232 |
| 5X6V Crystal structure of human heteroheptameric complex 提交 2017-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, ammonium acetate, PEG 4000
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.243 |
| 5Y38 Crystal structure of C7orf59-HBXIP complex 提交 2017-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–99（99 aa）
片段：Roadblock domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6), and 20% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.256 |
| 5Y39 Crystal structure of Ragulator complex (p18 76-145) 提交 2017-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
片段：Roadblock domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.263 |
| 5Y39 Crystal structure of Ragulator complex (p18 76-145) 提交 2017-07-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
1–99（99 aa）
片段：Roadblock domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.263 |
| 5Y3A Crystal structure of Ragulator complex (p18 49-161) 提交 2017-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
片段：Roadblock domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.288 |
| 5Y3A Crystal structure of Ragulator complex (p18 49-161) 提交 2017-07-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
1–99（99 aa）
片段：Roadblock domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.288 |
| 5YK3 human Ragulator complex 提交 2017-10-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 n
6–92（87 aa）
|
突变：Q7A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1M CHES, pH 9.5, 0.56 M sodium citrate tribasic, and 1.4 M sodium chloride
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.285 |
| 5YK3 human Ragulator complex 提交 2017-10-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
4–97（94 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1M CHES, pH 9.5, 0.56 M sodium citrate tribasic, and 1.4 M sodium chloride
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.285 |
| 5YK3 human Ragulator complex 提交 2017-10-12 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1M CHES, pH 9.5, 0.56 M sodium citrate tribasic, and 1.4 M sodium chloride
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.285 |
| 5YK5 structure of the human Lamtor4-Lamtor5 complex 提交 2017-10-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
9–92（84 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 3.5M sodium formate
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.294 |
| 5YK5 structure of the human Lamtor4-Lamtor5 complex 提交 2017-10-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
9–91（83 aa）
|
突变：E10A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 3.5M sodium formate
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.294 |
| 6B9X Crystal structure of Ragulator 提交 2017-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M CHES pH 9.0, 40% PEG 600
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.237 |
| 6EHP The crystal structure of the human LAMTOR complex 提交 2017-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% [w/v] PEG 3350, 0.1M Tris/HCl pH8.5, 0.2M MgCl2, 3% 2-Methyl-2-propanol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.228 |
| 6EHR The crystal structure of the human LAMTOR-RagA CTD-RagC CTD complex 提交 2017-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% [w/v] PEG 4000, 0.1M tri-sodium-citrate pH5.5, 5% [v/v] isopropanol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.263 |
| 6NZD Cryo-EM Structure of the Lysosomal Folliculin Complex (FLCN-FNIP2-RagA-RagC-Ragulator) 提交 2019-02-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 L8S 9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(thiophosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-arabinofuranosyl}-3,9-dihydro-1H-purine-2,6-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Whatman 597
|
分辨率 3.60 Å |
| 6U62 Raptor-Rag-Ragulator complex 提交 2019-08-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 G
2–99（98 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 6ULG Cryo-EM structure of the FLCN-FNIP2-Rag-Ragulator complex 提交 2019-10-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 6WJ2 CryoEM structure of the SLC38A9-RagA-RagC-Ragulator complex in the pre-GAP state 提交 2020-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 L8S 9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(thiophosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-arabinofuranosyl}-3,9-dihydro-1H-purine-2,6-dione × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6WJ3 CryoEM structure of the SLC38A9-RagA-RagC-Ragulator complex in the post-GAP state 提交 2020-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
1–99（99 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U3J xanthosine diphosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7T3A GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex 提交 2021-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 P
1–99（99 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7T3B GATOR1-RAG-RAGULATOR - GAP Complex 提交 2021-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 I
1–99（99 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7T3C GATOR1-RAG-RAGULATOR - Dual Complex 提交 2021-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 I
1–99（99 aa）
链 P
1–99（99 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7UX2 cryo-EM structure of the Raptor-TFEB-Rag-Ragulator complex 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 G
1–99（99 aa）
链 N
1–99（99 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7UXC cryo-EM structure of the mTORC1-TFEB-Rag-Ragulator complex with symmetry expansion 提交 2022-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 I
1–99（99 aa）
链 P
1–99（99 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UXH cryo-EM structure of the mTORC1-TFEB-Rag-Ragulator complex 提交 2022-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36） 与蛋白数一致 |
链 K
1–99（99 aa）
链 R
1–99（99 aa）
链 a
1–99（99 aa）
链 h
1–99（99 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8DHB Active FLCN GAP complex 提交 2022-06-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 F
1–99（99 aa）
|
未记录 | CZC [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 9ED4 A composite map of mTORC1-Rag-Ragultor-4EBP1 on membrane 提交 2024-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 I
1–99（99 aa）
链 X
1–99（99 aa）
|
未记录 | GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 9ED6 CryoEM map of the mLST8-Rag-Ragultor subcomplex 提交 2024-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 G
1–99（99 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.98 Å |