8dhb

Active FLCN GAP complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 205.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dhb
沉积日期 deposition_date	2022-06-25
结构标题 title	Active FLCN GAP complex
关键词 keywords	FLCN, Rag-Ragulator, GTPase Activating Protein, mTORC1 signaling, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.51 Å
零角强度 I(0) i0	646410000.00
分子量 molecular_weight	215870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	272190 Å³
包络体积 envelope_volume	405320 Å³
水化壳体积 shell_volume	63971 Å³
包络直径 envelope_diameter	218.9 Å
壳层 Rg shell_rg	51.47 Å
包络 Rg envelope_rg	58.63 Å
形状 Rg shape_rg	57.51 Å
总 Rg total_rg	57.31 Å
总原子数 total_atoms	15171
残基数 n_residues	1898
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.9 Å
Rg (实空间) rg_real	57.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	645100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7632
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.605
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.180
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.590; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.550; Smooth: 0.598

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related GTP-binding protein C
分子量 formula_weight	44384.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15171

MSLQYGAEETPLAGSYGAADSFPKDFGYGVEEEEEEAAAAGGGVGAGAGGGCGPGGADSSKPRILLMGLRRSGKSSIQKVVFHKMSPNETLFLESTNKIYKDDISNSSFVNFQIWDFPGQMDFFDPTFDYEMIFRGTGALIYVIDAQDDYMEALTRLHITVSKAYKVNPDMNFEVFIHKVNGLSDDHKIETQRDIHQRANDDLADAGLEKLHLSFYLTSIYDHSIFEAFSKVVQKLIPQLPTLENLLNIFISNSGIEKAFLFDVVSKIYIATDSSPVDMQSYELCCDMIDVVIDVSCIYGLKEDGSGSAYDKESMAIIKLNNTTVLYLKEVTKFLALVCILREESFERKGLIDYNFHCFRKAIHEVFEVGVTSHRSCGHQTSASSLKALTHNGTPRNAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related GTP-binding protein A
分子量 formula_weight	39362.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSWSHPQFEKGGFDIDYKDDDDKMPNTAMKKKVLLMGKSGSGKTSMRSIIFANYIARDTRRLGATIDVEHSHVRFLGNLVLNLWDCGGQDTFMENYFTSQRDNIFRNVEVLIYVFDVESRELEKDMHYYQSCLEAILQNSPDAKIFCLVHKMDLVQEDQRDLIFKEREEDLRRLSRPLECACFRTSIWDETLYKAWSSIVYQLIPNVQQLEMNLRNFAQIIEADEVLLFERATFLVISHYQCKEQRDVHRFEKISNIIKQFKLSCSKLAASFQSMEVRNSNFAAFIDIFTSNTYVMVVMSDPSIPSAATLINIRNARKHFEKLERVDGPKHSLLMR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR1
分子量 formula_weight	18325.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SNAEFMACCYSSENEDSDQDREERKLLLDPSSPPTKALNGAEPNYHSLPSARTDEQALLSSILAKTASNIIDVSAADSQGMEQHEYMDRARQYSTRLAVLSSSLTHWKKLPPLPSLTSQPHQVLASEPIPFSDLQQVSRIAAYAYSALSQIRVDAKEELVVQFGIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR2
分子量 formula_weight	13645.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAMLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDNLKFILMDCMEGRVAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR3
分子量 formula_weight	13637.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQVVQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 6 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR4
分子量 formula_weight	10753.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVSGQRVFVVKRQNRGREPIDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR5
分子量 formula_weight	18178.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MEPGAGHLDGHRAGSPSLRQALCDGSAVMFSSKERGRCTVINFVPLEAPLRSTPRSRQVTEACGGEGRAVPLGSEPEWSVGGMEATLEQHLEDTMKNPSIVGVLCTDSQGLNLGCRGTLSDEHAGVISVLAQQAAKLTSDPTDIPVVCLESDNGNIMIQKHDGITVAVHKMAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 8 polymer

描述 description	Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 chimera
分子量 formula_weight	41000.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 9 polymer

描述 description	Folliculin-interacting protein 2
分子量 formula_weight	149865.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MASPILGYWKIKGLVQPTRLLLEYLEEKYEEHLYERDEGDKWRNKKFELGLEFPNLPYYIDGDVKLTQSMAIIRYIADKHNMLGGCPKERAEISMLEGAVLDIRYGVSRIAYSKDFETLKVDFLSKLPEMLKMFEDRLCHKTYLNGDHVTHPDFMLYDALDVVLYMDPMCLDAFPKLVCFKKRIEAIPQIDKYLKSSKYIAWPLQGWQATFGGGDHPPKSDDYDIPTTENLYFQGGTMAPTLLQKLFNKRGSSGSSAAASAQGRAPKEGPAFSWSCSEFDLNEIRLIVYQDCDRRGRQVLFDSKAVQKIEEVTAQKTEDVPIKISAKCCQGSSSVSSSSSSSISSHSSSGGSSHHAKEQLPKYQYTRPASDVNMLGEMMFGSVAMSYKGSTLKIHYIRSPPQLMISKVFSARMGSFCGSTNNLQDSFEYINQDPNLGKLNTNQNSLGPCRTGSNLAHSTPVDMPSRGQNEDRDSGIARSASLSSLLITPFPSPSSSTSSSSSYQRRWLRSQTTSLENGIIPRRSTDETFSLAEETCSSNPAMVRRKKIAISIIFSLCEKEEAQRNFQDFFFSHFPLFESHMNRLKSAIEKAMISCRKIAESSLRVQFYVSRLMEALGEFRGTIWNLYSVPRIAEPVWLTMMSGTLEKNQLCQRFLKEFTLLIEQINKNQFFAALLTAVLTYHLAWVPTVMPVDHPPIKAFSEKRTSQSVNMLAKTHPYNPLWAQLGDLYGAIGSPVRLTRTVVVGKQKDLVQRILYVLTYFLRCSELQENQLTWSGNHGEGDQVLNGSKIITALEKGEVEESEYVVITVRNEPALVPPILPPTAAERHNPWPTGFPECPEGTDSRDLGLKPDKEANRRPEQGSEACSAGCLGPASDASWKPQNAFCGDEKNKEAPQDGSSRLPSCEVLGAGMKMDQQAVCELLKVEMPTRLPDRSVAWPCPDRHLREKPSLEKVTFQIGSFASPESDFESRMKKMEERVKACGPSLEASEAADVAQDPQVSRSPFKPGFQENVCCPQNRLSEGDEGESDKGFAEDRGSRNDMAADIAGQLSHAADLGTASHGAGGTGGRRLEATRGLYVKAAEGPVLEPVAPRCVQRGPGLVAGANIPCGDDNKKANFRTEGDIPRNESSDSALGDSDDEACASAMLDLGHGGDRTGGSLEVELPLPRSQSISTQNVRNFGRSLLAGYCPTYMPDLVLHGTGSDEKLKQCLVADLVHTVHHPVLDEPIAEAVCIIADTDKWSVQVATSQRKVTDNMKLGQDVLVSSQVSSLLQSILQLYKLHLPADFCIMHLEDRLQEMYLKSKMLSEYLRGHTRVHVKELGVVLGIESNDLPLLTAIASTHSPYVAQILL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 10 polymer

描述 description	Folliculin
分子量 formula_weight	69143.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MASWSHPQFEKGGGARGGSGGGSWSHPQFEKGFDYKDDDDKGTMNAIVALCHFCELHGPRTLFCTEVLHAPLPQGDGNEDSPGQGEQAEEEEGGIQMNSRMRAHSPAEGASVESSSPGPKKSDMCEGCRSLAAGHPGYISHDKETSIKYVSHQHPSHPQLFSIVRQACVRSLSCEVCPGREGPIFFGDEQHGFVFSHTFFIKDSLARGFQRWYSIITIMMDRIYLINSWPFLLGKVRGIIDELQGKALKVFEAEQFGCPQRAQRMNTAFTPFLHQRNGNAARSLTSLTSDDNLWACLHTSFAWLLKACGSRLTEKLLEGAPTEDTLVQMEKLADLEEESESWDNSEAEEEEKAPVLPESTEGRELTQGPAESSSLSGCGSWQPRKLPVFKSLRHMRQVLGAPSFRMLAWHVLMGNQVIWKSRDVDLVQSAFEVLRTMLPVGCVRIIPYSSQYEEAYRCNFLGLSPHVQIPPHVLSSEFAVIVEVHAAARSTLHPVGCEDDQSLSKYEFVVTSGSPVAADRVGPTILNKIEAALTNQNLSVDVVDQCLVCLKEEWMNKVKVLFKFTKVDSRPKEDTQKLLSILGASEEDNVKLLKFWMTGLSKTYKSHLMSTVRSPTASESRN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 11 non-polymer

描述 description	;[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	444.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	177018

fit	/app/data/saxs_computation/dh/8dhb/8dhb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dh/8dhb/8dhb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dh/8dhb/8dhb.dat

Active FLCN GAP complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)