当前蛋白身份：Q12879
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1449–1464（16 aa）
片段：UNP residues 1449-1464
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.246 |
| 3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1449–1464（16 aa）
片段：UNP residues 1449-1464
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.246 |
| 3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1449–1464（16 aa）
片段：UNP residues 1449-1464
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.246 |
| 3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
1449–1464（16 aa）
片段：UNP residues 1449-1464
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.246 |
| 3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1449–1464（16 aa）
片段：UNP residues 1449-1464
链 H
1449–1464（16 aa）
片段：UNP residues 1449-1464
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.246 |
| 3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
1449–1464（16 aa）
片段：UNP residues 1449-1464
链 G
1449–1464（16 aa）
片段：UNP residues 1449-1464
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.246 |
| 5H8F Structure of the apo human GluN1/GluN2A LBD 提交 2015-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A
661–802（142 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.207 |
| 5H8H Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE3419 提交 2015-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A
661–802（142 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 5YC 7-[[ethyl(phenyl)amino]methyl]-2-methyl-[1,3,4]thiadiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.227 |
| 5H8N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with NAM 提交 2015-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A
661–802（142 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
|
未记录 | GLU GLUTAMIC ACID × 1 5YD 4-[[(4-fluorophenyl)sulfonylamino]methyl]-~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)benzamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.236 |
| 5H8Q Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE8324 提交 2015-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A
661–802（142 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 5YE 6-[[ethyl-(4-fluorophenyl)amino]methyl]-2,3-dihydro-1~{H}-cyclopenta[3,4][1,3]thiazolo[1,4-~{a}]pyrimidin-8-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.209 |
| 5I2K Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 19) 提交 2016-02-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A
661–802（142 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
|
未记录 | GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 67H 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.256 |
| 5I2N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 29) 提交 2016-02-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A
661–802（142 aa）
片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67J N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.223 |
| 5KCJ Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE6901 提交 2016-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
链 A
661–802（142 aa）
片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.225 |
| 5KDT Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE0723 提交 2016-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
链 A
661–802（142 aa）
片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 6RV (1~{R},2~{R})-2-[7-[[5-chloranyl-3-(trifluoromethyl)pyrazol-1-yl]methyl]-5-oxidanylidene-2-(trifluoromethyl)-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-3-yl]cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.240 |
| 5TP9 Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 2 (GNE9178) 提交 2016-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
链 A
661–802（142 aa）
片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H0 7-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-N-ethyl-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.237 |
| 5TPA Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 9 (GNE3500) 提交 2016-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–539（139 aa）
片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
链 A
661–802（142 aa）
片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
|
未记录 | GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H2 (1R,2R)-2-(2-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-7-methyl-4-oxo-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-6-yl)cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.241 |
| 6IRA Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 7.8 提交 2018-11-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–842（842 aa）
链 D
1–842（842 aa）
|
突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane.
|
分辨率 4.50 Å |
| 6IRF Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class I 提交 2018-11-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–841（841 aa）
链 D
1–841（841 aa）
|
突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
|
分辨率 5.10 Å |
| 6IRG Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class II 提交 2018-11-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–841（841 aa）
链 D
1–841（841 aa）
|
突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
|
分辨率 5.50 Å |
| 6IRH Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class III 提交 2018-11-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–841（841 aa）
链 D
1–841（841 aa）
|
突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
|
分辨率 7.80 Å |
| 7EOQ Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/CPP bound state 提交 2021-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–842（842 aa）
链 C
1–842（842 aa）
|
突变：L794C 突变：L794C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7EOR Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state 提交 2021-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–842（842 aa）
链 C
1–842（842 aa）
|
突变：L794C 突变：L794C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7EOS Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate bound state 提交 2021-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–842（842 aa）
链 C
1–842（842 aa）
|
突变：L794C 突变：L794C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7EOT Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the CGP-78608/glutamate bound state 提交 2021-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–842（842 aa）
链 C
1–842（842 aa）
|
突变：L794C 突变：L794C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 J86 [(1S)-1-[[7-bromanyl-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydroquinoxalin-5-yl]methylamino]ethyl]phosphonic acid × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7EOU Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901/9-AA bound state 提交 2021-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–842（842 aa）
链 C
1–842（842 aa）
|
突变：L794C 突变：L794C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 AA 9-AMINOACRIDINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7EU7 Structure of the human GluN1-GluN2A NMDA receptor in complex with S-ketamine, glycine and glutamate 提交 2021-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–841（841 aa）
链 D
1–841（841 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8E99 Human GluN1a-GluN2A-GluN2C triheteromeric NMDA receptor in complex with Nb-4 提交 2022-08-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
30–851（822 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.24 Å |
| 8JIZ Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in two fab bind conformation 提交 2023-05-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–841（841 aa）
链 C
1–841（841 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8JJ0 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in one fab bind conformation 提交 2023-05-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–841（841 aa）
链 C
1–841（841 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8JJ1 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in two fab conformation 提交 2023-05-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–841（841 aa）
链 C
1–841（841 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 8JJ2 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in one fab conformation 提交 2023-05-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–841（841 aa）
链 C
1–841（841 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8VUH Human GluN1-2A IgG 003-102 splayed conformation 提交 2024-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
34–841（808 aa）
链 D
34–841（808 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.42 Å |
| 8VUJ Human GluN1-2A with Fab 003-102 提交 2024-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
34–841（808 aa）
链 D
34–841（808 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å |
| 8VUL Human GluN1-2A with Fab 003-102 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
34–399（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.83 Å |
| 8VUN Human GluN1-2A With Fab 008-218 提交 2024-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
34–841（808 aa）
链 D
34–841（808 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.01 Å |
| 8VUQ Human GluN1-2A with Fab 008-218 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
34–396（363 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 8VUR Human GluN1-2A with IgG 003-102 WT conformation 提交 2024-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
34–841（808 aa）
链 D
34–841（808 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |
| 8VUT Human GluN1-2A with IgG 008-218 提交 2024-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
34–841（808 aa）
链 D
34–841（808 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9MUL Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 1, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
401–539（139 aa）
链 B
661–802（142 aa）
|
未记录 | GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRA 5-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)methoxy]-6-methyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 9MUM Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 11, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
401–539（139 aa）
链 B
661–802（142 aa）
|
未记录 | GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRB 5-[2-(3-chlorophenyl)-2,2-difluoroethoxy]-N-[1-(pyrazin-2-yl)cyclopropyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.241 |
| 9PQI NMR Structure of Ca2+/Calmodulin bound to the GluN2A C0 domain of the NMDA receptor 提交 2025-07-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–1464（1464 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 1 mM GluN2, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 93 % H2O, 7 % [U-2H] D2O, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 1 mM GluN2, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |