当前蛋白身份:Q13098 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

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PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
4D10 Crystal structure of the COP9 signalosome 提交 2014-04-30 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 I 12–487(476 aa) 片段:RESIDUES 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;pH 5.4;CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4, 10 MM UREA.
分辨率 3.80 Å R-free 0.228
4D10 Crystal structure of the COP9 signalosome 提交 2014-04-30 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 12–487(476 aa) 片段:RESIDUES 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;pH 5.4;CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4, 10 MM UREA.
分辨率 3.80 Å R-free 0.228
4D18 Crystal structure of the COP9 signalosome 提交 2014-05-01 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 52–527(476 aa) 片段:RESIDUES 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;pH 5.4;CRYSTAL GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4. CRYSTAL DEHYDRATED OVERNIGHT WITH 20% PEG 6000 IN WELL
分辨率 4.08 Å R-free 0.253
4D18 Crystal structure of the COP9 signalosome 提交 2014-05-01 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 I 52–527(476 aa) 片段:RESIDUES 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;pH 5.4;CRYSTAL GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4. CRYSTAL DEHYDRATED OVERNIGHT WITH 20% PEG 6000 IN WELL
分辨率 4.08 Å R-free 0.253
4WSN Crystal structure of the COP9 signalosome, a P1 crystal form 提交 2014-10-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 52–527(476 aa) 片段:UNP residues 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4.
分辨率 5.50 Å R-free 0.282
4WSN Crystal structure of the COP9 signalosome, a P1 crystal form 提交 2014-10-28 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 I 52–527(476 aa) 片段:UNP residues 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4.
分辨率 5.50 Å R-free 0.282
4WSN Crystal structure of the COP9 signalosome, a P1 crystal form 提交 2014-10-28 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 Q 52–527(476 aa) 片段:UNP residues 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4.
分辨率 5.50 Å R-free 0.282
4WSN Crystal structure of the COP9 signalosome, a P1 crystal form 提交 2014-10-28 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 Y 52–527(476 aa) 片段:UNP residues 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4.
分辨率 5.50 Å R-free 0.282
4WSN Crystal structure of the COP9 signalosome, a P1 crystal form 提交 2014-10-28 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 g 52–527(476 aa) 片段:UNP residues 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4.
分辨率 5.50 Å R-free 0.282
4WSN Crystal structure of the COP9 signalosome, a P1 crystal form 提交 2014-10-28 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 o 52–527(476 aa) 片段:UNP residues 52-527
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4.
分辨率 5.50 Å R-free 0.282
6R6H Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:tridecameric(13) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM Hepes pH 7.5 100 mM NaCl 0.5 mM DTT 1% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.40 Å
6R7F Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome 提交 2019-03-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白数一致
链 A 37–469(433 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM HEPES pH 7.5 100 mM NaCL 0.5 mM DTT 1% Glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.20 Å
6R7H Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome 提交 2019-03-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 37–469(433 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM HEPES pH 7.5 100 mM NaCl 0.5 mM DTT 1% Glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.80 Å
6R7I Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome 提交 2019-03-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:tridecameric(13) 与蛋白数一致
链 A 37–491(455 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
6R7N Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome 提交 2019-03-29 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM HEPES pH 7.5 100 mM NaCl 0.5 mM DTT 1% Glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
8H38 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate) complex 提交 2022-10-08 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:tridecameric(13) 与蛋白数一致
链 A 12–491(480 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
分辨率 4.25 Å
8H3A Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8(removed)-CSN complex 提交 2022-10-08 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 12–491(480 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.51 Å
8H3F Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3-CSN complex 提交 2022-10-08 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白数一致
链 A 12–491(480 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.73 Å
9E5Z Cryo-EM structure of COP9 signalosome 提交 2024-10-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E77 Cryo-EM structure of CSN-N8 in complex with CSN5i-3 提交 2024-11-01 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 6LT 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9E81 Cryo-EM structure of COP9 signalosome in complex with CSN5i-3 提交 2024-11-04 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 6LT 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9EFM Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-1 提交 2024-11-20 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9EFQ Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-2 提交 2024-11-20 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9EFV Cryo-EM structure of CSN-N8CUL1 in complex with CSN5i-3 提交 2024-11-20 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 6LT 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9EG1 COP9 signalosome deneddylation complex with cullin-5 提交 2024-11-20 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.52 Å
9EG8 Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-4A 提交 2024-11-21 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9EGL Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-3 提交 2024-11-21 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9PH4 Cryo-EM structure of COP9 signalosome in complex with CSN5i-1a 提交 2025-07-08 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CH3 6-[(4R,5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-carbonitrile × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9QO0 Pre-activated 9-subunit COP9 signalosome and neddylated SCF (Skp1-Skp2-Cks1) complex structure 提交 2025-03-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 15 PDB 声明:15-meric(15) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9QO1 Activated 9-subunit COP9 signalosome and neddylated SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex structure 提交 2025-03-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9QO2 Dissociation-state-1 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:14-meric(14) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9QO3 Dissociation-state-2 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:13-meric(13) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9QO4 Dissociation-state-3 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:14-meric(14) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9QO5 Dissociation-state-4 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:14-meric(14) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9QO6 9-subunit COP9 signalosome complex 提交 2025-03-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白数一致
链 A 1–491(491 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å