当前蛋白身份：Q13191
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2AK5 beta PIX-SH3 complexed with a Cbl-b peptide 提交 2005-08-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
904–911（8 aa）
片段：residues 904-911
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；PEG 3000, SODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 6.50
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.269 |
| 2BZ8 N-terminal Sh3 domain of CIN85 bound to Cbl-b peptide 提交 2005-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
902–912（11 aa）
片段：POLYPROLINE RICH REGION RESIDUES 902-912
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.8 M NA CITRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 0.2 M NACL
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 2DO6 Solution structure of RSGI RUH-065, a UBA domain from human cDNA 提交 2006-04-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
931–970（40 aa）
片段：UBA domain
链 B
931–970（40 aa）
片段：UBA domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.1mM UBA domain U-15N,13C, 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0mM UBA domain U-15N,13C, 1.0mM UBA domain, 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2J6F N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) BOUND TO CBL-B PEPTIDE 提交 2006-09-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
902–912（11 aa）
片段：PEPTIDE, RESIDUES 902-912
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.218 |
| 2JNH Solution Structure of the UBA Domain from Cbl-b 提交 2007-01-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
926–971（46 aa）
片段：UBA domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] entity, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LDR Solution structure of Helix-RING domain of Cbl-b in the Tyr363 phosphorylated form 提交 2011-06-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
351–426（76 aa）
片段：Helix-RING domain, residues 345-426
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成
20mM MES-1, 2mM DTT-2, 150mM sodium chloride-3, 0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2OOA crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase 提交 2007-01-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
924–973（50 aa）
片段：UBA domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.2M sodium/potassium phosphate, 12% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.240 |
| 2OOA crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase 提交 2007-01-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
924–973（50 aa）
片段：UBA domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.2M sodium/potassium phosphate, 12% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.240 |
| 2OOB crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
924–973（50 aa）
片段：UBA domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 20% PEG6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.256 |
| 3PFV Crystal structure of Cbl-b TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide 提交 2010-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
38–344（307 aa）
片段：N-terminal TKB domain (UNP residues 38-344)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.262 |
| 3PFV Crystal structure of Cbl-b TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide 提交 2010-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
38–344（307 aa）
片段：N-terminal TKB domain (UNP residues 38-344)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.262 |
| 3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
39–426（388 aa）
片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.328 |
| 3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
39–426（388 aa）
片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.328 |
| 3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
39–426（388 aa）
片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.328 |
| 3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
片段：RESIDUES 36-427
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.211 |
| 3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
36–427（392 aa）
片段：RESIDUES 36-427
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.211 |
| 3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
36–427（392 aa）
片段：RESIDUES 36-427
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.211 |
| 3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 M
36–427（392 aa）
片段：RESIDUES 36-427
|
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.211 |
| 8GCY Co-crystal structure of CBL-B in complex with N-Aryl isoindolin-1-one inhibitor 提交 2023-03-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
38–427（390 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 Z3N 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Imidazole, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5
0.09 M Sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate
12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.230 |
| 8QNG Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine HTS hit compound 1) 提交 2023-09-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
|
未记录 | W89 2-(morpholin-4-ylmethyl)-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydro-1,4-benzodiazepin-3-yl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 7.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 8QNH Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (WO2020264398 Ex23) 提交 2023-09-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
|
未记录 | Z3N 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 8QNI Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine compound 25) 提交 2023-09-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
|
未记录 | W7R 2-[[(2~{S})-2-methylmorpholin-4-yl]methyl]-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydropyrido[3,4-e][1,4]diazepin-3-yl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCPT pH 8.0
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.286 |
| 8QTG Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 9) 提交 2023-10-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
|
未记录 | WUQ 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-5-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyridin-2-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.243 |
| 8QTH Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 8) 提交 2023-10-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
|
未记录 | WX0 1-methyl-5-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-(trifluoromethyl)-7H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.260 |
| 8QTJ Crystal structure of Cbl-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 30) 提交 2023-10-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 WUI 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-1-[(1~{R})-1-(1-methylpyrazol-4-yl)ethyl]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.232 |
| 8QTK Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 31) 提交 2023-10-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 WX9 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-1-[(1S)-1-(1-methylpyrazol-4-yl)ethyl]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.268 |
| 8VW4 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–343（308 aa）
片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1AEG (7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M NaCitrate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.253 |
| 8VW4 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26 提交 2024-01-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–343（308 aa）
片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1AEG (7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M NaCitrate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.253 |
| 8VW5 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–343（308 aa）
片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 A1AD4 [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.204 |
| 8VW5 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 提交 2024-01-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–343（308 aa）
片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 A1AD4 [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.204 |
| 9FQH E3 ligase Cbl-b in complex with a triazolone core inhibitor (compound 1) 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
|
未记录 | A1IEW 8-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-[[(3~{S})-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-5-(trifluoromethyl)-1$l^{4},7,8-triazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-9-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
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分辨率 1.79 Å R-free 0.249 |
| 9FQI E3 ligase Cbl-b in complex with a lactam scaffold inhibitor (compound 7) 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
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未记录 | A1IEV 8-[3-[(4~{R})-4-methyl-2-oxidanylidene-piperidin-4-yl]phenyl]-3-[[(3~{S})-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-5-(trifluoromethyl)-1$l^{4},7,8-triazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-9-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0
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分辨率 1.95 Å R-free 0.291 |
| 9FQJ E3 ligase Cbl-b in complex with a carbamate scaffold inhibitor (compound 12) 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–427（392 aa）
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突变：EC:2.3.2.27 | A1IE5 2-cyclopropyl-6-methyl-~{N}-[3-[(6~{S})-6-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-6-yl]phenyl]pyrimidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0
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分辨率 1.56 Å R-free 0.222 |
| 9FQJ E3 ligase Cbl-b in complex with a carbamate scaffold inhibitor (compound 12) 提交 2024-06-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–427（392 aa）
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突变：EC:2.3.2.27 | A1IE5 2-cyclopropyl-6-methyl-~{N}-[3-[(6~{S})-6-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-6-yl]phenyl]pyrimidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0
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分辨率 1.56 Å R-free 0.222 |