当前蛋白身份：Q13547
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4BKX The structure of HDAC1 in complex with the dimeric ELM2-SANT domain of MTA1 from the NuRD complex 提交 2013-04-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–482（482 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1M NA HEPES PH7.5, 2M AMMONIUM SULPHATE, 5% PEG400
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.261 |
| 5ICN HDAC1:MTA1 in complex with inositol-6-phosphate and a novel peptide inhibitor based on histone H4 提交 2016-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
1–376（376 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M NA HEPES PH7.5, 2M AMMONIUM SULPHATE, 5% PEG400
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.299 |
| 6Z2J The structure of the dimeric HDAC1/MIDEAS/DNTTIP1 MiDAC deacetylase complex 提交 2020-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–482（482 aa）
链 E
1–482（482 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 3 sec, blot force 10.
|
分辨率 4.00 Å |
| 6Z2K The structure of the tetrameric HDAC1/MIDEAS/DNTTIP1 MiDAC deacetylase complex 提交 2020-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 C
1–482（482 aa）
链 E
1–482（482 aa）
链 I
1–482（482 aa）
链 K
1–482（482 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 8 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 3 sec, blot force 10.
|
分辨率 4.50 Å |
| 7AO8 Structure of the MTA1/HDAC1/MBD2 NURD deacetylase complex 提交 2020-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–482（482 aa）
链 E
1–482（482 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds, blot force 10
|
分辨率 4.50 Å |
| 7AO9 Structure of the core MTA1/HDAC1/MBD2 NURD deacetylase complex 提交 2020-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–482（482 aa）
链 E
1–482（482 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds, blot force 10
|
分辨率 6.10 Å |
| 7AOA Structure of the extended MTA1/HDAC1/MBD2/RBBP4 NURD deacetylase complex 提交 2020-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 B
1–482（482 aa）
链 E
1–482（482 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds, blot force 10
|
分辨率 19.40 Å |
| 7SME p107 pocket domain complexed with HDAC1 peptide 提交 2021-10-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
413–422（10 aa）
片段：UNP residues 413-422
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate
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分辨率 2.64 Å R-free 0.277 |
| 8VOJ The Cryo-EM structure of LSD1-CoREST-HDAC1 in complex with KBTBD4 enhanced by UM171 and IP6 提交 2024-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–482（482 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 8VPQ The structure of LSD1-CoREST-HDAC1 in complex with KBTBD4IPR310delinsTTYML 提交 2024-01-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–482（482 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VRT The structure of LSD1-CoREST-HDAC1 in complex with KBTBD4R313PRR mutant 提交 2024-01-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–482（482 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.42 Å |
| 9R4I An auto inhibitory loop in the MiDAC histone deacetylase complex 提交 2025-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–482（482 aa）
链 D
1–482（482 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM HEPES, 25 mM KCl, 1 micromolar Inositol Hexaphosphate
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |