当前蛋白身份：Q15078
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1H4L Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex 提交 2001-05-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
147–293（147 aa）
片段：RESIDUES 147-293
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.287 |
| 1H4L Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex 提交 2001-05-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
147–293（147 aa）
片段：RESIDUES 147-293
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.287 |
| 1UNG Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
100–307（208 aa）
片段：RESIDUES 100-307
|
未记录 | ALH 6-PHENYL[5H]PYRROLO[2,3-B]PYRAZINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.225 |
| 1UNG Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
100–307（208 aa）
片段：RESIDUES 100-307
|
未记录 | ALH 6-PHENYL[5H]PYRROLO[2,3-B]PYRAZINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.225 |
| 1UNH Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
100–307（208 aa）
片段：RESIDUES 100-307
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未记录 | IXM (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.230 |
| 1UNH Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
100–307（208 aa）
片段：RESIDUES 100-307
|
未记录 | IXM (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.230 |
| 1UNL Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
100–307（208 aa）
片段：RESIDUES 100-307
|
突变：YES | RRC R-ROSCOVITINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.219 |
| 1UNL Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
100–307（208 aa）
片段：RESIDUES 100-307
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.219 |
| 3O0G Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue 提交 2010-07-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
145–293（149 aa）
片段：UNP residues 146-293
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.256 |
| 3O0G Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue 提交 2010-07-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
145–293（149 aa）
片段：UNP residues 146-293
|
未记录 | 3O0 {4-amino-2-[(4-chlorophenyl)amino]-1,3-thiazol-5-yl}(3-nitrophenyl)methanone × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.256 |
| 6LDP Structure of CDK5R1-bound FEM1C 提交 2019-11-22 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
298–307（10 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Hcl pH 7.9
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.258 |
| 6LDP Structure of CDK5R1-bound FEM1C 提交 2019-11-22 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
298–307（10 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Hcl pH 7.9
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.258 |
| 7CNG Structure of CDK5R1 bound FEM1B 提交 2020-07-31 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
298–307（10 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Magnesium sulfate hydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.267 |
| 7CNG Structure of CDK5R1 bound FEM1B 提交 2020-07-31 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
298–307（10 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Magnesium sulfate hydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.267 |
| 7VDP The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 1 提交 2021-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
100–307（208 aa）
|
未记录 | 65L [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.229 |
| 7VDP The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 1 提交 2021-09-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
100–307（208 aa）
|
未记录 | 65L [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.229 |
| 7VDQ The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7 提交 2021-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
100–307（208 aa）
|
未记录 | 64V 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.284 |
| 7VDQ The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7 提交 2021-09-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
100–307（208 aa）
|
未记录 | 64V 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.284 |
| 7VDR The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 13 提交 2021-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
100–307（208 aa）
|
未记录 | 63I (1R)-1-[7-[(2-fluoranyl-4-pyrazol-1-yl-phenyl)amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)ethanol × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350
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分辨率 2.55 Å R-free 0.256 |
| 7VDR The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 13 提交 2021-09-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
100–307（208 aa）
|
未记录 | 63I (1R)-1-[7-[(2-fluoranyl-4-pyrazol-1-yl-phenyl)amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)ethanol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.256 |
| 7VDS The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24 提交 2021-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
100–307（208 aa）
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未记录 | 61U 5-fluoranyl-4-[[2-[(1R)-1-(1-methylpiperidin-4-yl)-1-oxidanyl-ethyl]-1,6-naphthyridin-7-yl]amino]-2-morpholin-4-yl-benzenecarbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 CL CHLORIDE ION × 19 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.272 |
| 7VDS The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24 提交 2021-09-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
100–307（208 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.272 |