当前蛋白身份：Q2N0S5
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4TVP Crystal Structure of the HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env Trimer Ectodomain, Comprising Atomic-Level Definition of Pre-Fusion gp120 and gp41, in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 提交 2014-06-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 SO4 SULFATE ION × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；16% isopropanol, 5.32% PEG1500, 0.2M LiSO4, 0.1M Sodium acetate pH 5.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.248 |
| 5U7M Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-378806 in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 at 3.8 Angstrom 提交 2016-12-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-505
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 83G 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；6% ISOPROPANOL, 5.32% PEG1500, 0.2M LISO4, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.5
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.289 |
| 5U7O Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-626529 in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 at 3.8 Angstrom 提交 2016-12-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 83J 1-[4-(benzenecarbonyl)piperazin-1-yl]-2-[4-methoxy-7-(3-methyl-1H-1,2,4-triazol-1-yl)-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-3-yl]ethane-1,2-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；16% ISOPROPANOL, 5.32% PEG1500, 0.2M LISO4, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.5
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.325 |
| 6CDE Cryo-EM structure at 3.8 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP20.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-02-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 2
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 c
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6CDI Cryo-EM structure at 3.6 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP16.02 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-02-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 2
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 d
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6CE0 Crystal structure of a HIV-1 clade B tier-3 isolate H078.14 UFO-BG Env trimer in complex with broadly neutralizing Fabs PGT124 and 35O22 at 4.6 Angstrom 提交 2018-02-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
567–661（95 aa）
|
突变：T602C,T602C,T602C,T602C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277.15 K；0.1 Tris (pH 7.4), 0.2 M lithium sulfate, 6% (w/v) polyethylene glycol 4000
|
分辨率 4.60 Å R-free 0.341 |
| 6CM3 BG505 SOSIP in complex with sCD4, 17b, 8ANC195 提交 2018-03-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 D
30–508（479 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
30–508（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 6CRQ Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab 提交 2018-03-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
31–505（475 aa）
链 B
31–505（475 aa）
链 F
31–505（475 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.3 mM DDM.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6DFH BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverted BG18 fragment antigen binding 提交 2018-05-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time
|
分辨率 3.85 Å |
| 6UDA Cryo-EM structure of CH235UCA bound to Man5-enriched CH505.N279K.G458Y.SOSIP.664 提交 2019-09-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 F
508–661（154 aa）
链 J
508–661（154 aa）
链 Z
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6VY2 Cryo-EM structure of M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer 提交 2020-02-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
508–661（154 aa）
链 D
508–661（154 aa）
链 F
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.86 Å |
| 7KLC Crystal structure of M4H2K1 Fab bound to HIV-1 BG505 gp120 core and to 17b Fab 提交 2020-10-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
43–126（84 aa）
片段：UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489
链 A
194–489（296 aa）
片段：UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1M Tris, pH 7, 1.825 M ammonium sulfate, 0.29 M lithium sulfate, 15% ethylene glycol
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.334 |
| 7L8E BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.33172 (Wk38 time point) 提交 2020-12-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 B
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 C
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 D
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 E
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 F
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 44 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；TBS buffer prepared from a 10X stock
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting time varied between 3 and 7 seconds.
|
分辨率 4.20 Å |
| 7L8F BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-2 from animal Rh.33172 (Wk38 time point) 提交 2020-12-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 B
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 C
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 D
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 E
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 F
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 49 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；TBS buffer prepared from a 10X stock
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting time varied between 3 and 7 seconds.
|
分辨率 3.66 Å |
| 7L8G BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-3 from animal Rh.33172 (Wk38 time point) 提交 2020-12-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 B
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 C
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 D
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 E
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
链 F
30–661（632 aa）
片段：GP120 domain, residues 30-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；TBS buffer prepared from a 10X stock
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting time varied between 3 and 7 seconds.
|
分辨率 4.30 Å |
| 7T9T Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with complex glycans 提交 2021-12-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
508–661（154 aa）
链 F
508–661（154 aa）
链 J
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 S before plunging
|
分辨率 3.70 Å |
| 7TCN Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans 提交 2021-12-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
508–661（154 aa）
链 F
508–661（154 aa）
链 J
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；BLOT FOR 2.5 S BEFORE PLUNGING
|
分辨率 4.10 Å |
| 7TCO Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.G458Y.SOSIP.664 with high-mannose glycans 提交 2021-12-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
508–661（154 aa）
链 F
508–661（154 aa）
链 N
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；BLOT FOR 2.5 S BEFORE PLUNGING
|
分辨率 4.19 Å |
| 7UGN Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 - Class 1 提交 2022-03-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
31–503（473 aa）
链 B
31–503（473 aa）
链 C
31–503（473 aa）
链 D
515–661（147 aa）
链 E
515–661（147 aa）
链 F
515–661（147 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7UGO Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with mature CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 提交 2022-03-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
31–503（473 aa）
链 B
31–503（473 aa）
链 C
31–503（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7UGP Cryo-EM structure of BG24 Fabs with an inferred germline light chain and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 containing the N276 gp120 glycan- Class 1 提交 2022-03-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
31–503（473 aa）
链 B
31–503（473 aa）
链 C
31–503（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8C8T cryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with bNAbs EPTC112 and 3BNC117 提交 2023-01-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
33–501（469 aa）
链 F
33–501（469 aa）
链 G
33–501（469 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8FYI Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT1 in complex with one CD4 molecule 提交 2023-01-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
32–505（474 aa）
链 B
32–505（474 aa）
链 C
32–505（474 aa）
|
突变：D368R 突变：D368R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8FYJ Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT2 in complex with two CD4 molecules (class I) 提交 2023-01-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
32–505（474 aa）
链 B
32–505（474 aa）
链 C
32–505（474 aa）
|
突变：D368R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8TKC CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-b.01 FAB 提交 2023-07-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8TL2 CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-c.01 FAB 提交 2023-07-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8TL3 CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-d.01 FAB 提交 2023-07-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8TL4 CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-e.01 FAB 提交 2023-07-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8TL5 CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO HERH-c.01 FAB 提交 2023-07-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8TNU Cryo-EM structure of TRNM-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP 提交 2023-08-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 E
30–508（479 aa）
链 F
30–508（479 aa）
链 G
30–508（479 aa）
链 X
509–661（153 aa）
链 Y
509–661（153 aa）
链 Z
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 8TO7 Cryo-EM structure of HERH-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP 提交 2023-08-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 D
30–508（479 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
30–508（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 8TQ1 HIV-1 BG505 Env SOSIP in complex with bovine Fab Bess4 and non-human primate Fab RM20A3 提交 2023-08-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric（13） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 K
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8TTW Cryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with temsavir, 8ANC195, and 10-1074 提交 2023-08-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
突变：I559P T605C 突变：I559P T605C 突变：I559P T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 83J 1-[4-(benzenecarbonyl)piperazin-1-yl]-2-[4-methoxy-7-(3-methyl-1H-1,2,4-triazol-1-yl)-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-3-yl]ethane-1,2-dione × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 8ULR Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 05_B08 Fabs 提交 2023-10-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.30 Å |
| 8ULS Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 01_D03 Fabs 提交 2023-10-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.20 Å |
| 8ULT Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 04_A06 Fabs 提交 2023-10-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.80 Å |
| 8ULU Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 04_A06 and PGDM1400 Fabs 提交 2023-10-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric（14） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.80 Å |
| 9D7O Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP.664 with 1 CH103 Fab bound 提交 2024-08-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
9–501（493 aa）
链 B
502–661（160 aa）
链 C
9–501（493 aa）
链 D
502–661（160 aa）
链 E
9–501（493 aa）
链 F
502–661（160 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
|
分辨率 3.56 Å |
| 9D8V Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 提交 2024-08-20 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
32–501（470 aa）
片段：UNP residues 32-501
链 B
516–661（146 aa）
片段：UNP residues 516-661
链 C
32–501（470 aa）
片段：UNP residues 32-501
链 D
516–661（146 aa）
片段：UNP residues 516-661
链 E
32–501（470 aa）
片段：UNP residues 32-501
链 F
516–661（146 aa）
片段：UNP residues 516-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 2.90 Å |
| 9D8Y Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with one gp120 rotated, Population 4 提交 2024-08-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
32–500（469 aa）
链 B
32–500（469 aa）
链 C
32–500（469 aa）
|
突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.06 Å |
| 9D90 Cryo-EM structure of partially open HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-17b Fab and 3-VRC34.01 Fab, Population 1 提交 2024-08-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 A
32–500（469 aa）
链 B
32–500（469 aa）
链 C
32–500（469 aa）
链 D
509–657（149 aa）
链 E
509–657（149 aa）
链 F
509–657（149 aa）
|
突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.91 Å |
| 9D98 Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with two gp120 protomers rotated, Population 5 提交 2024-08-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
32–500（469 aa）
链 B
32–500（469 aa）
链 C
32–500（469 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.19 Å |
| 9DMB Rhesus RHA10.01 Fab in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP trimer 提交 2024-09-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 E
509–661（153 aa）
链 I
509–661（153 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.27 Å |
| 9EHL Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class I 提交 2024-11-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 B
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 C
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
突变：T326N,A494C 突变：T326N,A494C 突变：T326N,A494C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9EHM Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class II 提交 2024-11-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 A
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 B
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 C
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
突变：T326N,A494C 突变：T326N,A494C 突变：T326N,A494C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9P6E N49P7-FR Fab in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM20A3 Fab 提交 2025-06-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
30–510（481 aa）
链 C
30–510（481 aa）
链 E
30–510（481 aa）
|
突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R 突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R 突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9P6G eN49P7-FRv1-23 Fab in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM20A3 Fab 提交 2025-06-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
30–510（481 aa）
链 C
30–510（481 aa）
链 E
30–510（481 aa）
|
突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R 突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R 突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9PIT HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R 提交 2025-07-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
30–510（481 aa）
链 E
30–510（481 aa）
链 F
30–510（481 aa）
|
突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9PIV HIV-1 bnAb 9-71 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R 提交 2025-07-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
30–510（481 aa）
链 E
30–510（481 aa）
链 F
30–510（481 aa）
|
突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9Q09 Cryo-EM structure of PGT121 Fab and Rhesus macaque Ab76 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 提交 2025-08-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 G
30–508（479 aa）
链 I
30–508（479 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1X PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 9Q0W Cryo-EM Structure of HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 Env Trimer Bound to DFPH-a.01_10R59P_LC Fab 提交 2025-08-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9Q3S Cryo-EM structure of PGT121 Fab and Rhesus macaque Ab4 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 提交 2025-08-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 G
30–508（479 aa）
链 I
30–508（479 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9Q3X The CryoEM structure of Rhesus macaque 1G3 and PGT121 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664 提交 2025-08-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 G
30–508（479 aa）
链 I
30–508（479 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；phosphate buffered saline
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 9Y9V THE CRYOEM STRUCTURE OF RHESUS MACAQUE 1A8 AND PGT121 FABS IN COMPLEX WITH BG505 SOSIP.664. 提交 2025-09-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 G
30–508（479 aa）
链 I
30–508（479 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |