当前蛋白身份：Q2N0S7
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6CDE Cryo-EM structure at 3.8 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP20.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-02-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 d
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6CDI Cryo-EM structure at 3.6 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP16.02 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-02-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 c
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6CH7 XFEL crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and 35O22 提交 2018-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；5% Tacismate pH 8.0, 14% PEG 3350, 0.1M Tris pH 8.0
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.262 |
| 6CH8 Crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and 35O22 提交 2018-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；5% Tacismate pH 8.0, 15% PEG 3350
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.274 |
| 6CHB Crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and IOMA 提交 2018-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；5% Tacismate pH 8.0, 15% PEG 3350
|
分辨率 6.80 Å R-free 0.417 |
| 6CM3 BG505 SOSIP in complex with sCD4, 17b, 8ANC195 提交 2018-03-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 6CRQ Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab 提交 2018-03-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 C
509–661（153 aa）
链 G
509–661（153 aa）
链 H
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.3 mM DDM.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6CUE Cryo-EM structure at 4.0 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP7.04 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-03-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 d
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6CUF Cryo-EM structure at 4.2 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP1.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-03-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 c
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6DE7 Crystal Structure at 4.3 A Resolution of Glycosylated HIV-1 Clade A BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer with Interdomain Stabilization 113C-429GCG in Complex with Broadly Neutralizing Antibodies PGT122 and 35O22 提交 2018-05-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；24%PEG400, 3% PEG3350, 0.1M sodium acetate 5.5, 0.2M LiSO4
|
分辨率 4.12 Å R-free 0.258 |
| 6DID HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3417 post-boost#1 提交 2018-05-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
片段：GP41 domain residues 509-661
链 I
509–661（153 aa）
片段：GP41 domain residues 509-661
链 J
509–661（153 aa）
片段：GP41 domain residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.71 Å |
| 6MAR HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151 提交 2018-08-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 B
503–708（206 aa）
链 D
503–708（206 aa）
链 F
503–708（206 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6MN7 Cryo-EM structure of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1 antigen binding fragment 提交 2018-10-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6MPG Cryo-EM structure at 3.2 A resolution of HIV-1 fusion peptide-directed antibody, A12V163-b.01, elicited by vaccination of Rhesus macaques, in complex with stabilized HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-10-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 U
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6MPH Cryo-EM structure at 3.8 A resolution of HIV-1 fusion peptide-directed antibody, DF1W-a.01, elicited by vaccination of Rhesus macaques, in complex with stabilized HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-10-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 6
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6N1W Cryo-EM structure at 4.2 A resolution of vaccine-elicited antibody DFPH-a.15 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-11-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 d
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6UM5 Cryo-EM structure of HIV-1 neutralizing antibody DH270 UCA3 in complex with CH848 10.17DT Env 提交 2019-10-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6UM6 Cryo-EM structure of HIV-1 neutralizing antibody DH270.6 in complex with CH848 10.17DT Env 提交 2019-10-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
508–661（154 aa）
链 F
508–661（154 aa）
链 J
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6UM7 Cryo-EM structure of vaccine-elicited HIV-1 neutralizing antibody DH270.mu1 in complex with CH848 10.17DT Env 提交 2019-10-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 1
508–661（154 aa）
链 D
508–661（154 aa）
链 H
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6V8Z VRC03 and 10-1074 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
515–661（147 aa）
片段：UNP residues 515-661
链 H
515–661（147 aa）
片段：UNP residues 515-661
链 N
515–661（147 aa）
片段：UNP residues 515-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7LL1 Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP in complex with glycan276-dependent broadly neutralizing antibody VRC40.01 Fab 提交 2021-02-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 I
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 S before plunging
|
分辨率 3.73 Å |
| 7LL2 Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody VRC33.01 Fab 提交 2021-02-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 S before plunging
|
分辨率 3.73 Å |
| 7N65 Complex structure of HIV superinfection Fab QA013.2 and BG505.SOSIP.664 提交 2021-06-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
508–661（154 aa）
链 F
508–661（154 aa）
链 J
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1X PBS at pH 7.4, made fresh.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3ul sample volume, blotted for 3-4 seconds
|
分辨率 4.15 Å |
| 8DOW Cryo-EM structure of HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab 提交 2022-07-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
508–661（154 aa）
链 F
508–661（154 aa）
链 J
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 8FR6 Antibody vFP53.02 in complex with HIV-1 envelope trimer BG505 DS-SOSIP 提交 2023-01-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP construct 突变：BG505 DS-SOSIP construct 突变：BG505 DS-SOSIP construct | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8G4M Vaccine-elicited human antibody 2C06 in complex with HIV-1 envelope trimer BG505 DS-SOSIP 提交 2023-02-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS + 0.005%(w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 8G4T Vaccine-elicited human antibody 2C09 in complex with HIV-1 envelope trimer BG505 DS-SOSIP 提交 2023-02-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS + 0.1mM DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 9PNI Cryo-EM structure of J601-1B2 Fab in complex with HIV-1 BG505 DS-SOSIP Env trimer 提交 2025-07-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS buffer supplemented with 0.1 mM DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.83 Å |
| 9PNN Cryo-EM structure of J601-A6 Fab in complex with HIV-1 BG505 DS-SOSIP Env trimer 提交 2025-07-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS + 0.005% (w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |