当前蛋白身份：Q5ZSM7
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4I1M Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB 提交 2012-11-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
317–618（302 aa）
片段：GAP domain (UNP residues 317-618)
|
突变：K457A, E458A, K460A | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 0.75 M lithium chloride, 6% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.238 |
| 4I1M Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB 提交 2012-11-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
317–618（302 aa）
片段：GAP domain (UNP residues 317-618)
|
突变：K457A, E458A, K460A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 0.75 M lithium chloride, 6% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.238 |
| 4I1M Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB 提交 2012-11-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
317–618（302 aa）
片段：GAP domain (UNP residues 317-618)
|
突变：K457A, E458A, K460A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 0.75 M lithium chloride, 6% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.238 |
| 4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
317–618（302 aa）
片段：GAP domain (UNP residues 317-618)
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突变：K457A, E458A, K460A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.249 |
| 4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
317–618（302 aa）
片段：GAP domain (UNP residues 317-618)
|
突变：K457A, E458A, K460A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.249 |
| 4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
317–618（302 aa）
片段：GAP domain (UNP residues 317-618)
|
突变：K457A, E458A, K460A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.249 |
| 4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
317–618（302 aa）
片段：GAP domain (UNP residues 317-618)
|
突变：K457A, E458A, K460A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.249 |
| 4IRU Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3 提交 2013-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
326–623（298 aa）
片段：LepB GAP domain, catalytic core
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.288 |
| 4IRU Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3 提交 2013-01-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
326–623（298 aa）
片段：LepB GAP domain, catalytic core
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACT ACETATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.288 |
| 4IRU Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3 提交 2013-01-15 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
326–623（298 aa）
片段：LepB GAP domain, catalytic core
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 3.20 Å R-free 0.288 |