当前蛋白身份：Q6NW40
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4BQ6 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 1 提交 2013-05-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
50–168（119 aa）
片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 50-168
链 F
169–410（242 aa）
片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 169-410
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M SODIUM ACETATE 30% PEG4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 4BQ6 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 1 提交 2013-05-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
50–168（119 aa）
片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 50-168
链 D
169–410（242 aa）
片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 169-410
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M SODIUM ACETATE 30% PEG4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 4BQ7 Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 提交 2013-05-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
50–168（119 aa）
片段：RESIDUES 50-168
链 F
169–410（242 aa）
片段：RESIDUES 169-410
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350
|
分辨率 6.60 Å R-free 0.280 |
| 4BQ7 Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 提交 2013-05-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
50–168（119 aa）
片段：RESIDUES 50-168
链 D
169–410（242 aa）
片段：RESIDUES 169-410
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350
|
分辨率 6.60 Å R-free 0.280 |
| 4BQ8 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 3 提交 2013-05-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
50–168（119 aa）
片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 50-168
链 C
169–410（242 aa）
片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 169-410
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.18 M POTASSIUM ACETATE, 18 % PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.199 |
| 4UHZ Crystal structure of the human RGMB-BMP2 complex, crystal form 1 提交 2015-03-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
52–137（86 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 52-137
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2 M AMMONIUM SULPHATE, 8% (V/V) 2,5- HEXANEDIOL
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.229 |
| 4UI0 Crystal structure of the human RGMB-BMP2 complex, crystal form 2 提交 2015-03-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
53–136（84 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 53-136
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 FLC CITRATE ANION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4；0.08 M CITRIC ACID PH 4.0, 15% (V/V) MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.267 |
| 4UI2 Crystal structure of the ternary RGMB-BMP2-NEO1 complex 提交 2015-03-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
50–168（119 aa）
片段：RESIDUES 50-168
链 D
169–410（242 aa）
片段：RESIDUES 169-240
|
未记录 | SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 6 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 12% (V/V) GLYCEROL
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.236 |
| 6Z3H Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 2) 提交 2020-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
53–136（84 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 35% w/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH; average MW 797 Da)
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.268 |
| 6Z3J Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 1) 提交 2020-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
53–136（84 aa）
链 D
53–136（84 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；294 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% v/v PEG 3350.
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.219 |
| 6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 C
53–412（360 aa）
链 D
53–412（360 aa）
链 S
53–412（360 aa）
链 T
53–412（360 aa）
链 c
53–412（360 aa）
链 d
53–412（360 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.428 |
| 6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 I
53–412（360 aa）
链 J
53–412（360 aa）
链 U
53–412（360 aa）
链 V
53–412（360 aa）
链 i
53–412（360 aa）
链 j
53–412（360 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.428 |
| 6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 O
53–412（360 aa）
链 P
53–412（360 aa）
链 W
53–412（360 aa）
链 X
53–412（360 aa）
链 o
53–412（360 aa）
链 p
53–412（360 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.428 |
| 7NDG Cryo-EM structure of the ternary complex between Netrin-1, Neogenin and Repulsive Guidance Molecule B 提交 2021-02-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric（15） 待复核 |
链 C
169–412（244 aa）
链 F
169–412（244 aa）
链 I
169–412（244 aa）
链 M
53–168（116 aa）
链 N
53–168（116 aa）
链 O
53–168（116 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM sucrose octasulfate, 0.01% NaN3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Lacey carbon grids with 3 nm ultrathin carbon support film were glow discharged for 30 seconds at high RF level using Harrick Plasma Cleaner, model PDC-002-CE, and then 3.5 microl of the sample was pipetted per grid. Excess protein was blotted away for 3 seconds using filter paper (round filter paper for Vitrobot from Agar Scientific, catalogue number 47000-100) and Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific) (relative force -15) at 95-100% humidity. Grids were plunge frozen in liquid ethane.
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分辨率 5.98 Å |
| 7NE0 Structure of the ternary complex between Netrin-1, Repulsive-Guidance Molecule-B (RGMB) and Neogenin 提交 2021-02-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
135–168（34 aa）
链 D
169–323（155 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298.15 K；0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate
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分辨率 3.25 Å R-free 0.263 |