当前蛋白身份：Q6P5S8
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2NXY HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein(S334A) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.0 % PEG 8000, 7.5 % 1,6-Hexanediol, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.231 |
| 2NXZ HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (T257S, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 4000, 8.5% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.244 |
| 2NY0 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, T257S, V275C, S334A, S375W, A433M) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 8000, 7.5% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.242 |
| 2NY1 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (I109C, T257S, S334A, S375W, Q428C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 8000, 7.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.250 |
| 2NY2 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (T123C, T257S, S334A, S375W, G431C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.2% PEG 8000, 7.8% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 2NY3 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (K231C, T257S, E267C, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；8.5% PEG 4000, 8.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 2NY4 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (K231C, T257S, E268C, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.0% PEG 8000, 8.0% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.241 |
| 2NY5 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；9.2% PEG 4000, 9.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.255 |
| 2NY6 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, I109C, T123C, T257S, V275C,S334A, S375W, Q428C, G431C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
22–234（213 aa）
片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；8.3% PEG 8000, 7.4% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.276 |
| 5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
126–234（109 aa）
链 F
126–234（109 aa）
链 J
126–234（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate,
0.1 M citric acid pH 4.0
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.268 |
| 5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 D
126–234（109 aa）
链 H
126–234（109 aa）
链 L
126–234（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate,
0.1 M citric acid pH 4.0
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.268 |
| 6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
127–236（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.236 |
| 6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
127–236（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.236 |
| 6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
127–236（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.236 |
| 6AL5 COMPLEX BETWEEN CD19 (N138Q MUTANT) AND B43 FAB 提交 2017-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
127–236（110 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES PH 7.5, 23% PEG 8000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.263 |
| 6UGS Crystal structure of the Fab fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a C-centered orthorhombic crystal form, Lot A 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
129–236（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；10 mg/mL PF06438179 Fab lot A against 19.5% PEG 10000, 0.1 M HEPES pH 7.8, supplemented with 20% ethylene glycol as cryoprotectant, crystal tracking ID 267659h4, unique puck ID lqb9-8
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.198 |
| 6UGS Crystal structure of the Fab fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a C-centered orthorhombic crystal form, Lot A 提交 2019-09-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
129–236（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；10 mg/mL PF06438179 Fab lot A against 19.5% PEG 10000, 0.1 M HEPES pH 7.8, supplemented with 20% ethylene glycol as cryoprotectant, crystal tracking ID 267659h4, unique puck ID lqb9-8
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.198 |
| 6UGT Crystal structure of the Fab fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a I-centered orthorhombic crystal form, Lot A 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
129–236（108 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；10 mg/mL PF06438179 Fab lot A against 2.16 M sodium malonate, 4% v/v t-butanol, crystal tracking ID 267662h2, unique puck ID sdw5-8
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 6UGT Crystal structure of the Fab fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a I-centered orthorhombic crystal form, Lot A 提交 2019-09-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
129–236（108 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；10 mg/mL PF06438179 Fab lot A against 2.16 M sodium malonate, 4% v/v t-butanol, crystal tracking ID 267662h2, unique puck ID sdw5-8
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 6UGU Crystal structure of the Fab fragment of anti-TNFa antibody infliximab (Remicade) in a C-centered orthorhombic crystal form, Lot C 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
129–236（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；10 mg/mL PF06438179 Fab lot C against Wiz 34 screen condition B4 (20% PEG3350, 0.2 M potassium citrate tribasic), supplemented with 20% ethylene glycol as cryoprotectant, crystal tracking ID 267668b4, unique puck ID sdw5-4
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 6UGU Crystal structure of the Fab fragment of anti-TNFa antibody infliximab (Remicade) in a C-centered orthorhombic crystal form, Lot C 提交 2019-09-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
129–236（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；10 mg/mL PF06438179 Fab lot C against Wiz 34 screen condition B4 (20% PEG3350, 0.2 M potassium citrate tribasic), supplemented with 20% ethylene glycol as cryoprotectant, crystal tracking ID 267668b4, unique puck ID sdw5-4
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 6UGV Crystal structure of the Fab fragment of anti-TNFa antibody infliximab (Remicade) in a I-centered orthorhombic crystal form, Lot C 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
129–236（108 aa）
|
未记录 | MRY MESO-ERYTHRITOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；10 mg/mL PF06438179 Fab lot A against 2.16 M sodium malonate, 4% pentaerythritol ethoxylate, crystal tracking ID 267670e4, unique puck ID sar8-9
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.210 |
| 6UGV Crystal structure of the Fab fragment of anti-TNFa antibody infliximab (Remicade) in a I-centered orthorhombic crystal form, Lot C 提交 2019-09-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
129–236（108 aa）
|
未记录 | MRY MESO-ERYTHRITOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；10 mg/mL PF06438179 Fab lot A against 2.16 M sodium malonate, 4% pentaerythritol ethoxylate, crystal tracking ID 267670e4, unique puck ID sar8-9
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.210 |
| 6V8Z VRC03 and 10-1074 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 F
130–235（106 aa）
链 L
130–235（106 aa）
链 R
130–235（106 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |