当前蛋白身份：Q72GV9
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4V4I Crystal Structure of a 70S Ribosome-tRNA Complex Reveals Functional Interactions and Rearrangements. 提交 2007-02-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–229（229 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；24-26% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.353 |
| 4V4J Interactions and Dynamics of the Shine-Dalgarno Helix in the 70S Ribosome. 提交 2007-07-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–229（229 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；298 K；Buffer conditions: 25 mM K-HEPES (pH 7.5), 12.5 mM Na-cacodylate pH 5.5, 2.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 80 mM NH_4 Cl, 80 mM KCl, 11 mM MgCl_2, 6.5 mM Thermine HCl and 0.2 M KSCN. Crystallization by the hanging drop method over 26-30% MPD in the above buffer mix, using 2 uL of ribosome complex mixed with 2 uL of well mixture on siliconized cover slips, temperature 298K
|
分辨率 3.83 Å R-free 0.351 |
| 4V9J 70S ribosome translocation intermediate GDPNP-II containing elongation factor EFG/GDPNP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. 提交 2013-04-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 BC
2–229（228 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2.9% PEG20000, 2.8% PPG P400, 5.1% PEG550 MME, 200 mM potassium thiocyanate, Tris acetate
|
分辨率 3.86 Å R-free 0.317 |
| 4V9J 70S ribosome translocation intermediate GDPNP-II containing elongation factor EFG/GDPNP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. 提交 2013-04-23 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 DC
2–229（228 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2.9% PEG20000, 2.8% PPG P400, 5.1% PEG550 MME, 200 mM potassium thiocyanate, Tris acetate
|
分辨率 3.86 Å R-free 0.317 |
| 4V9K 70S ribosome translocation intermediate GDPNP-I containing elongation factor EFG/GDPNP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. 提交 2013-04-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 BC
2–229（228 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2.9% PEG 20K, 2.8% PPG P400, 5.1% MME 550, KSCN 200 mM, TRIS ACETATE 100mM
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分辨率 3.50 Å R-free 0.309 |
| 4V9K 70S ribosome translocation intermediate GDPNP-I containing elongation factor EFG/GDPNP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. 提交 2013-04-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 DC
2–229（228 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2.9% PEG 20K, 2.8% PPG P400, 5.1% MME 550, KSCN 200 mM, TRIS ACETATE 100mM
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.309 |
| 4V9L 70S Ribosome translocation intermediate FA-3.6A containing elongation factor EFG/FUSIDIC ACID/GDP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. 提交 2013-04-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 BC
2–229（228 aa）
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未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2.9% PEG 20K, 2.8% PPG P400, 5.1% MME 550, KSCN 200 mM, TRIS ACETATE 100mM
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分辨率 3.50 Å R-free 0.328 |
| 4V9L 70S Ribosome translocation intermediate FA-3.6A containing elongation factor EFG/FUSIDIC ACID/GDP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. 提交 2013-04-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 DC
2–229（228 aa）
|
未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2.9% PEG 20K, 2.8% PPG P400, 5.1% MME 550, KSCN 200 mM, TRIS ACETATE 100mM
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.328 |
| 4V9M 70S Ribosome translocation intermediate FA-4.2A containing elongation factor EFG/FUSIDIC ACID/GDP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. 提交 2013-04-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 BC
2–229（228 aa）
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未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2.9% PEG 20K, 2.8% PPG P400, 5.1% MME 550, KSCN 200 mM, TRIS ACETATE 100mM
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.329 |
| 4V9M 70S Ribosome translocation intermediate FA-4.2A containing elongation factor EFG/FUSIDIC ACID/GDP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. 提交 2013-04-25 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 DC
2–229（228 aa）
|
未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2.9% PEG 20K, 2.8% PPG P400, 5.1% MME 550, KSCN 200 mM, TRIS ACETATE 100mM
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.329 |
| 5A9Z Complex of Thermous thermophilus ribosome bound to BipA-GDPCP 提交 2015-07-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 AC
2–229（228 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
5 MM HEPES PH 7.5, 10 MM MGAC, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, AND 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL；pH 7.5；5 MM HEPES PH 7.5, 10 MM MGAC, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, AND 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 4.70 Å |
| 5AA0 Complex of Thermous thermophilus ribosome (A-and P-site tRNA) bound to BipA-GDPCP 提交 2015-07-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 AC
2–229（228 aa）
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未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
5 MM HEPES PH 7.5, 10 MM MGAC, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, AND 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL；pH 7.5；5 MM HEPES PH 7.5, 10 MM MGAC, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, AND 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 5.00 Å |
| 5E81 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with wobble pair 提交 2015-10-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 71
1–229（229 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 772 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
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分辨率 2.95 Å R-free 0.242 |
| 5E81 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with wobble pair 提交 2015-10-13 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：55-meric（55） 待复核 |
链 79
1–229（229 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 631 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.242 |
| 7A5F Structure of the stalled human mitoribosome with P- and E-site mt-tRNAs 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 85 PDB 声明：91-meric（91） 与全部聚合物一致 |
链 n
1–229（229 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 128 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLI MALONATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.40 Å |
| 7A5G Structure of the elongating human mitoribosome bound to mtEF-Tu.GMPPCP and A/T mt-tRNA 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：94-meric（94） 与全部聚合物一致 |
链 n
1–229（229 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 128 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 NA SODIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 MLI MALONATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.33 Å |
| 7A5J Structure of the split human mitoribosomal large subunit with P-and E-site mt-tRNAs 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 n
1–229（229 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |