当前蛋白身份：Q82122
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AYM HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN AT HIGH RESOLUTION 提交 1997-11-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 60 DAO LAURIC ACID × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.233 |
| 1AYM HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN AT HIGH RESOLUTION 提交 1997-11-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.233 |
| 1AYM HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN AT HIGH RESOLUTION 提交 1997-11-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 5 DAO LAURIC ACID × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.233 |
| 1AYM HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN AT HIGH RESOLUTION 提交 1997-11-06 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 6 DAO LAURIC ACID × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.233 |
| 1AYM HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN AT HIGH RESOLUTION 提交 1997-11-06 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.233 |
| 1AYM HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN AT HIGH RESOLUTION 提交 1997-11-06 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 30 DAO LAURIC ACID × 30 MYR MYRISTIC ACID × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.233 |
| 1AYN HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN 提交 1997-11-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 60 DAO LAURIC ACID × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000., vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 1AYN HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN 提交 1997-11-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000., vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 1AYN HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN 提交 1997-11-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 5 DAO LAURIC ACID × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000., vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 1AYN HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN 提交 1997-11-06 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 6 DAO LAURIC ACID × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000., vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 1AYN HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN 提交 1997-11-06 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000., vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 1AYN HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN 提交 1997-11-06 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
链 2
69–329（261 aa）
链 3
330–567（238 aa）
|
突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 突变：N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON VP4 | ZN ZINC ION × 30 DAO LAURIC ACID × 30 MYR MYRISTIC ACID × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000., vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 1C8M REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH VP63843 (PLECONARIL), AN ANTI-PICORNAVIRAL DRUG CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS 提交 2000-05-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
78–329（252 aa）
片段：RESIDUES 79-330
链 3
330–567（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
1–77（77 aa）
片段：RESIDUES 2-78
|
未记录 | ZN ZINC ION × 60 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 60 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, HEPES BUFFER, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.226 |
| 1C8M REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH VP63843 (PLECONARIL), AN ANTI-PICORNAVIRAL DRUG CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS 提交 2000-05-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
78–329（252 aa）
片段：RESIDUES 79-330
链 3
330–567（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
1–77（77 aa）
片段：RESIDUES 2-78
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, HEPES BUFFER, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.226 |
| 1C8M REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH VP63843 (PLECONARIL), AN ANTI-PICORNAVIRAL DRUG CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS 提交 2000-05-26 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
78–329（252 aa）
片段：RESIDUES 79-330
链 3
330–567（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
1–77（77 aa）
片段：RESIDUES 2-78
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, HEPES BUFFER, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.226 |
| 1C8M REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH VP63843 (PLECONARIL), AN ANTI-PICORNAVIRAL DRUG CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS 提交 2000-05-26 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
78–329（252 aa）
片段：RESIDUES 79-330
链 3
330–567（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
1–77（77 aa）
片段：RESIDUES 2-78
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, HEPES BUFFER, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.226 |
| 1C8M REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH VP63843 (PLECONARIL), AN ANTI-PICORNAVIRAL DRUG CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS 提交 2000-05-26 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
78–329（252 aa）
片段：RESIDUES 79-330
链 3
330–567（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
1–77（77 aa）
片段：RESIDUES 2-78
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, HEPES BUFFER, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.226 |
| 1C8M REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH VP63843 (PLECONARIL), AN ANTI-PICORNAVIRAL DRUG CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS 提交 2000-05-26 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120） 与蛋白数一致 |
链 1
568–852（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
78–329（252 aa）
片段：RESIDUES 79-330
链 3
330–567（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
1–77（77 aa）
片段：RESIDUES 2-78
|
未记录 | ZN ZINC ION × 30 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, HEPES BUFFER, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.226 |
| 1D3E CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 (HRV16) COMPLEXED WITH A TWO-DOMAIN FRAGMENT OF ITS CELLULAR RECEPTOR, INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 (D1D2-ICAM-1). IMPLICATIONS FOR VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS. ALPHA CARBONS ONLY 提交 1999-09-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-MERIC（300） 与蛋白数一致 |
链 1
573–852（280 aa）
链 2
78–329（252 aa）
链 3
330–567（238 aa）
链 4
1–68（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
HRV16 WAS INCUBATED WITH D1D2-ICAM-1 FOR 16 HOURS AT 34
DEGREES CELSIUS (307 KELVIN) USING A SIXTEEN-FOLD EXCESS
OF D1D2-ICAM-1 FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING
SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED
AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR
LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER
|
分辨率 28.00 Å |
| 1D3E CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 (HRV16) COMPLEXED WITH A TWO-DOMAIN FRAGMENT OF ITS CELLULAR RECEPTOR, INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 (D1D2-ICAM-1). IMPLICATIONS FOR VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS. ALPHA CARBONS ONLY 提交 1999-09-29 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 1
573–852（280 aa）
链 2
78–329（252 aa）
链 3
330–567（238 aa）
链 4
1–68（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
HRV16 WAS INCUBATED WITH D1D2-ICAM-1 FOR 16 HOURS AT 34
DEGREES CELSIUS (307 KELVIN) USING A SIXTEEN-FOLD EXCESS
OF D1D2-ICAM-1 FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING
SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED
AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR
LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER
|
分辨率 28.00 Å |
| 1D3E CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 (HRV16) COMPLEXED WITH A TWO-DOMAIN FRAGMENT OF ITS CELLULAR RECEPTOR, INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 (D1D2-ICAM-1). IMPLICATIONS FOR VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS. ALPHA CARBONS ONLY 提交 1999-09-29 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric（25） 与蛋白数一致 |
链 1
573–852（280 aa）
链 2
78–329（252 aa）
链 3
330–567（238 aa）
链 4
1–68（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
HRV16 WAS INCUBATED WITH D1D2-ICAM-1 FOR 16 HOURS AT 34
DEGREES CELSIUS (307 KELVIN) USING A SIXTEEN-FOLD EXCESS
OF D1D2-ICAM-1 FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING
SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED
AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR
LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER
|
分辨率 28.00 Å |
| 1D3E CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 (HRV16) COMPLEXED WITH A TWO-DOMAIN FRAGMENT OF ITS CELLULAR RECEPTOR, INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 (D1D2-ICAM-1). IMPLICATIONS FOR VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS. ALPHA CARBONS ONLY 提交 1999-09-29 | Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30） 与蛋白数一致 |
链 1
573–852（280 aa）
链 2
78–329（252 aa）
链 3
330–567（238 aa）
链 4
1–68（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
HRV16 WAS INCUBATED WITH D1D2-ICAM-1 FOR 16 HOURS AT 34
DEGREES CELSIUS (307 KELVIN) USING A SIXTEEN-FOLD EXCESS
OF D1D2-ICAM-1 FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING
SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED
AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR
LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER
|
分辨率 28.00 Å |
| 1D3E CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 (HRV16) COMPLEXED WITH A TWO-DOMAIN FRAGMENT OF ITS CELLULAR RECEPTOR, INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 (D1D2-ICAM-1). IMPLICATIONS FOR VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS. ALPHA CARBONS ONLY 提交 1999-09-29 | Assembly 5 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 1
573–852（280 aa）
链 2
78–329（252 aa）
链 3
330–567（238 aa）
链 4
1–68（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
HRV16 WAS INCUBATED WITH D1D2-ICAM-1 FOR 16 HOURS AT 34
DEGREES CELSIUS (307 KELVIN) USING A SIXTEEN-FOLD EXCESS
OF D1D2-ICAM-1 FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING
SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED
AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR
LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER
|
分辨率 28.00 Å |
| 1NCR The structure of Rhinovirus 16 when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 60 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.247 |
| 1NCR The structure of Rhinovirus 16 when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-05 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.247 |
| 1NCR The structure of Rhinovirus 16 when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-05 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.247 |
| 1NCR The structure of Rhinovirus 16 when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-05 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.247 |
| 1NCR The structure of Rhinovirus 16 when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-05 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.247 |
| 1ND2 The structure of Rhinovirus 16 提交 2002-12-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 60 MYR MYRISTIC ACID × 120 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.206 |
| 1ND2 The structure of Rhinovirus 16 提交 2002-12-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.206 |
| 1ND2 The structure of Rhinovirus 16 提交 2002-12-06 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 MYR MYRISTIC ACID × 10 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.206 |
| 1ND2 The structure of Rhinovirus 16 提交 2002-12-06 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MYR MYRISTIC ACID × 12 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.206 |
| 1ND2 The structure of Rhinovirus 16 提交 2002-12-06 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.206 |
| 1ND3 The structure of HRV16, when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 60 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 60 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.243 |
| 1ND3 The structure of HRV16, when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.243 |
| 1ND3 The structure of HRV16, when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-06 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 5 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.243 |
| 1ND3 The structure of HRV16, when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-06 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 6 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.243 |
| 1ND3 The structure of HRV16, when complexed with pleconaril, an antiviral compound 提交 2002-12-06 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W11 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.243 |
| 1QJU HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP61209 提交 1999-07-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 60 W01 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2N-METHYL-2H-TETRAZOL-5-YL]-PHENOL × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.212 |
| 1QJU HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP61209 提交 1999-07-05 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W01 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2N-METHYL-2H-TETRAZOL-5-YL]-PHENOL × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.212 |
| 1QJU HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP61209 提交 1999-07-05 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 W01 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2N-METHYL-2H-TETRAZOL-5-YL]-PHENOL × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.212 |
| 1QJU HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP61209 提交 1999-07-05 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 W01 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2N-METHYL-2H-TETRAZOL-5-YL]-PHENOL × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.212 |
| 1QJU HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP61209 提交 1999-07-05 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W01 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2N-METHYL-2H-TETRAZOL-5-YL]-PHENOL × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.212 |
| 1QJU HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP61209 提交 1999-07-05 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 30 W01 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2N-METHYL-2H-TETRAZOL-5-YL]-PHENOL × 30 MYR MYRISTIC ACID × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.212 |
| 1QJX HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND WIN68934 提交 1999-07-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 60 W02 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[4-METHYL-2H-TETRAZOL-2-YL]-PHENOL × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.235 |
| 1QJX HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND WIN68934 提交 1999-07-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W02 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[4-METHYL-2H-TETRAZOL-2-YL]-PHENOL × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.235 |
| 1QJX HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND WIN68934 提交 1999-07-06 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 W02 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[4-METHYL-2H-TETRAZOL-2-YL]-PHENOL × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.235 |
| 1QJX HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND WIN68934 提交 1999-07-06 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 W02 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[4-METHYL-2H-TETRAZOL-2-YL]-PHENOL × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.235 |
| 1QJX HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND WIN68934 提交 1999-07-06 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W02 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[4-METHYL-2H-TETRAZOL-2-YL]-PHENOL × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.235 |
| 1QJX HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND WIN68934 提交 1999-07-06 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 30 W02 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[4-METHYL-2H-TETRAZOL-2-YL]-PHENOL × 30 MYR MYRISTIC ACID × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.235 |
| 1QJY HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP65099 提交 1999-07-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 60 W03 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2-METHYL-4-ISOXAZOLYL]-PHENOL × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 1QJY HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP65099 提交 1999-07-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W03 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2-METHYL-4-ISOXAZOLYL]-PHENOL × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 1QJY HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP65099 提交 1999-07-06 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 W03 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2-METHYL-4-ISOXAZOLYL]-PHENOL × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 1QJY HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP65099 提交 1999-07-06 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 W03 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2-METHYL-4-ISOXAZOLYL]-PHENOL × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 1QJY HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP65099 提交 1999-07-06 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 W03 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2-METHYL-4-ISOXAZOLYL]-PHENOL × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 1QJY HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN IN COMPLEX WITH ANTIVIRAL COMPOUND VP65099 提交 1999-07-06 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120） 与蛋白数一致 |
链 1
569–853（285 aa）
片段：RESIDUES 569-853
链 2
70–330（261 aa）
片段：RESIDUES 70-330
链 3
331–568（238 aa）
片段：RESIDUES 331-568
链 4
2–69（68 aa）
片段：RESIDUES 2-69
|
未记录 | ZN ZINC ION × 30 W03 2,6-DIMETHYL-1-(3-[3-METHYL-5-ISOXAZOLYL]-PROPANYL)-4-[2-METHYL-4-ISOXAZOLYL]-PHENOL × 30 MYR MYRISTIC ACID × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VIRUS WAS CRYSTALLISED USING THE HANGING DROP METHOD. 5 MICROLITERS OF VIRUS SOLUTION IN 0.25M HEPES BUFFER (PH 7.5), WITH 0.25M NACL WAS MIXED WITH 5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION, 0.5-1.5% PEG 8000.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 1TP7 Crystal Structure of the RNA-dependent RNA Polymerase from Human Rhinovirus 16 提交 2004-06-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1694–2153（460 aa）
片段：RNA-directed RNA Polymerase (residues 1694-2153)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 DMX 3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；PEG 4000, ammonium sulfate, dimethylbenzylammonium propane sulfonate, sodium citrate, glycerol, dithiothreitol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.292 |
| 1TP7 Crystal Structure of the RNA-dependent RNA Polymerase from Human Rhinovirus 16 提交 2004-06-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1694–2153（460 aa）
片段：RNA-directed RNA Polymerase (residues 1694-2153)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；PEG 4000, ammonium sulfate, dimethylbenzylammonium propane sulfonate, sodium citrate, glycerol, dithiothreitol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.292 |
| 1TP7 Crystal Structure of the RNA-dependent RNA Polymerase from Human Rhinovirus 16 提交 2004-06-15 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1694–2153（460 aa）
片段：RNA-directed RNA Polymerase (residues 1694-2153)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；PEG 4000, ammonium sulfate, dimethylbenzylammonium propane sulfonate, sodium citrate, glycerol, dithiothreitol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.292 |
| 1TP7 Crystal Structure of the RNA-dependent RNA Polymerase from Human Rhinovirus 16 提交 2004-06-15 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1694–2153（460 aa）
片段：RNA-directed RNA Polymerase (residues 1694-2153)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；PEG 4000, ammonium sulfate, dimethylbenzylammonium propane sulfonate, sodium citrate, glycerol, dithiothreitol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.292 |
| 1XR7 Crystal structure of RNA-dependent RNA Polymerase 3D from human rhinovirus serotype 16 提交 2004-10-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1694–2153（460 aa）
片段：RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；286 K；ammonium sulfate, citrate, AMPPNP, MgCl2 or MnCl2, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.297 |
| 1XR7 Crystal structure of RNA-dependent RNA Polymerase 3D from human rhinovirus serotype 16 提交 2004-10-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1694–2153（460 aa）
片段：RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；286 K；ammonium sulfate, citrate, AMPPNP, MgCl2 or MnCl2, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.297 |
| 4K50 Rhinovirus 16 polymerase elongation complex (r1_form) 提交 2013-04-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1694–2153（460 aa）
片段：unp residues 1694-2153
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium acetate, pH 4.6, 20% (w/v) PEG 4000, and 20% (v/v) glycerol and directly frozen , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.247 |
| 4K50 Rhinovirus 16 polymerase elongation complex (r1_form) 提交 2013-04-12 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 E
1694–2153（460 aa）
片段：unp residues 1694-2153
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium acetate, pH 4.6, 20% (w/v) PEG 4000, and 20% (v/v) glycerol and directly frozen , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.247 |
| 4K50 Rhinovirus 16 polymerase elongation complex (r1_form) 提交 2013-04-12 | Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 I
1694–2153（460 aa）
片段：unp residues 1694-2153
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium acetate, pH 4.6, 20% (w/v) PEG 4000, and 20% (v/v) glycerol and directly frozen , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.247 |
| 4K50 Rhinovirus 16 polymerase elongation complex (r1_form) 提交 2013-04-12 | Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 M
1694–2153（460 aa）
片段：unp residues 1694-2153
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium acetate, pH 4.6, 20% (w/v) PEG 4000, and 20% (v/v) glycerol and directly frozen , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.247 |