当前蛋白身份：Q86TI2
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6EOQ DPP9 - Apo 提交 2017-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–863（863 aa）
链 C
1–863（863 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25,
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.334 |
| 6EOQ DPP9 - Apo 提交 2017-10-10 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–863（863 aa）
链 D
1–863（863 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25,
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.334 |
| 6EOR DPP9 - 1G244 提交 2017-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–863（863 aa）
链 B
1–863（863 aa）
|
未记录 | 9XH (2~{S})-2-azanyl-4-[4-[bis(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]-1-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)butane-1,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Cacodilate pH 6.25
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.332 |
| 6EOR DPP9 - 1G244 提交 2017-10-10 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–863（863 aa）
链 D
1–863（863 aa）
|
未记录 | 9XH (2~{S})-2-azanyl-4-[4-[bis(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]-1-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)butane-1,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Cacodilate pH 6.25
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.332 |
| 6QZV DPP9 bound to a dipeptide (MP) from the N-terminus of BRCA2 提交 2019-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–892（892 aa）
链 B
1–892（892 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；20 mg/ml of protein, 10% PEG 8000, 25% glycerol, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M cacodilate pH 6.25. Drops are set in a 1:1 ratio.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.345 |
| 6QZV DPP9 bound to a dipeptide (MP) from the N-terminus of BRCA2 提交 2019-03-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–892（892 aa）
链 D
1–892（892 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；20 mg/ml of protein, 10% PEG 8000, 25% glycerol, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M cacodilate pH 6.25. Drops are set in a 1:1 ratio.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.345 |
| 6X6A Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9 complex 提交 2020-05-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–863（863 aa）
链 D
1–863（863 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6X6C Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9-VbP complex 提交 2020-05-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–863（863 aa）
链 D
1–863（863 aa）
|
未记录 | GK2 [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7A3F Crystal structure of apo DPP9 提交 2020-08-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–892（892 aa）
链 B
1–892（892 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.08 M Na-Cacodilate pH 5.25, 0.16 M Ca-Acetate, 30 % Glycerol, 10 % PEG 8K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.290 |
| 7A3F Crystal structure of apo DPP9 提交 2020-08-18 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–892（892 aa）
链 D
1–892（892 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.08 M Na-Cacodilate pH 5.25, 0.16 M Ca-Acetate, 30 % Glycerol, 10 % PEG 8K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.290 |
| 7JKQ Human DPP9-CARD8 complex 提交 2020-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–863（863 aa）
链 D
1–863（863 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JN7 Human DPP9-CARD8 complex 提交 2020-08-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–863（863 aa）
链 D
1–863（863 aa）
|
未记录 | GK2 [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7SVL DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-2 提交 2021-11-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–863（863 aa）
链 B
1–863（863 aa）
|
未记录 | D06 (2S)-2-amino-1-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-[(1r,4S)-4-(pyrrolidin-1-yl)cyclohexyl]ethan-1-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000
25% Glycerol
0.16 M Calcium Acetate
0.08 M Cacodilate pH 6.25
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.341 |
| 7SVL DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-2 提交 2021-11-19 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–863（863 aa）
链 D
1–863（863 aa）
|
未记录 | D06 (2S)-2-amino-1-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-[(1r,4S)-4-(pyrrolidin-1-yl)cyclohexyl]ethan-1-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000
25% Glycerol
0.16 M Calcium Acetate
0.08 M Cacodilate pH 6.25
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.341 |
| 7SVN DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-1 提交 2021-11-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–863（863 aa）
链 B
1–863（863 aa）
|
未记录 | CW8 (2S,4S)-1-[(2S)-2-amino-2-cyclohexylacetyl]-4-fluoropyrrolidine-2-carbonitrile × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000
25% glycerol
0.16 M calcium acetate
0.08 M cacodilate pH 6.25
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.349 |
| 7SVN DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-1 提交 2021-11-19 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–863（863 aa）
链 D
1–863（863 aa）
|
未记录 | CW8 (2S,4S)-1-[(2S)-2-amino-2-cyclohexylacetyl]-4-fluoropyrrolidine-2-carbonitrile × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000
25% glycerol
0.16 M calcium acetate
0.08 M cacodilate pH 6.25
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.349 |
| 7ZXS Crystal structure of DPP9 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, A295 提交 2022-05-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
20–863（844 aa）
片段：extcolor{red}{>FRAGMENT<}
链 C
20–863（844 aa）
片段：extcolor{red}{>FRAGMENT<}
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | KBO 2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(quinolin-8-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The crystal is grown in a condition containing PEG 2K MME buffered by Tris pH 7
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.203 |
| 7ZXS Crystal structure of DPP9 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, A295 提交 2022-05-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
20–863（844 aa）
链 D
20–863（844 aa）
|
未记录 | KBO 2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(quinolin-8-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The crystal is grown in a condition containing PEG 2K MME buffered by Tris pH 7
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.203 |
| 9GOC Crystal structure of DPP9 Ser730Ala in complex with sulphostin. 提交 2024-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
20–863（844 aa）
链 B
20–863（844 aa）
|
未记录 | A1INE Sulphostin × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 28 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG2000 MME 20% (w/v), 0.1 M Tris pH 6.75
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.199 |
| 9GOC Crystal structure of DPP9 Ser730Ala in complex with sulphostin. 提交 2024-09-05 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
20–863（844 aa）
链 D
20–863（844 aa）
|
未记录 | A1INE Sulphostin × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG2000 MME 20% (w/v), 0.1 M Tris pH 6.75
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.199 |
| 9GOD Crystal structure of DPP9 in complex with N-phosphono-(S)-3-aminopiperidine-2-one-based inhibitor 提交 2024-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
20–863（844 aa）
链 D
20–863（844 aa）
|
未记录 | A1INH ethoxy-[2-(4-pentylphenyl)sulfanylethyl]phosphinous acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18.0% w/v PEG 2K MME; 0.1 M Tris pH 7.25
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.219 |
| 9GOD Crystal structure of DPP9 in complex with N-phosphono-(S)-3-aminopiperidine-2-one-based inhibitor 提交 2024-09-05 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
20–863（844 aa）
链 C
20–863（844 aa）
|
未记录 | A1INH ethoxy-[2-(4-pentylphenyl)sulfanylethyl]phosphinous acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 23 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18.0% w/v PEG 2K MME; 0.1 M Tris pH 7.25
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.219 |
| 9GON Crystal structure of DPP9 in complex with sulphostin 提交 2024-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
20–863（844 aa）
链 B
20–863（844 aa）
|
未记录 | A1INF azanyl-oxidanylidene-(sulfoamino)phosphanium × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 37 CL CHLORIDE ION × 7 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Tris pH 6.75
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.206 |
| 9GON Crystal structure of DPP9 in complex with sulphostin 提交 2024-09-05 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
20–863（844 aa）
链 D
20–863（844 aa）
|
未记录 | A1INF azanyl-oxidanylidene-(sulfoamino)phosphanium × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 34 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Tris pH 6.75
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.206 |