当前蛋白身份：Q8K0F8
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1KN2 CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX 提交 2001-12-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 PNE PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL L-ALANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；PEG600, ZnSO4, cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.238 |
| 1KN2 CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX 提交 2001-12-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 PNE PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL L-ALANINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；PEG600, ZnSO4, cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.238 |
| 1KN2 CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX 提交 2001-12-18 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 PNE PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL L-ALANINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；PEG600, ZnSO4, cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.238 |
| 1KN2 CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX 提交 2001-12-18 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 PNE PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL L-ALANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；PEG600, ZnSO4, cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.238 |
| 1KN4 CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX 提交 2001-12-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 PDE PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL D-ALANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；PEG600, ZnSO4, Cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 1KN4 CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX 提交 2001-12-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 PDE PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL D-ALANINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；PEG600, ZnSO4, Cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 1KN4 CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX 提交 2001-12-18 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 PDE PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL D-ALANINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；PEG600, ZnSO4, Cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 1KN4 CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX 提交 2001-12-18 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 PDE PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL D-ALANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；PEG600, ZnSO4, Cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
21–239（219 aa）
片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain
链 C
21–239（219 aa）
片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain
|
未记录 | DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.286 |
| 1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
21–239（219 aa）
片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain
链 G
21–239（219 aa）
片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain
|
未记录 | DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.286 |
| 1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–239（219 aa）
片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain
|
未记录 | DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.286 |
| 1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
21–239（219 aa）
片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain
|
未记录 | DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.286 |
| 1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
21–239（219 aa）
片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain
|
未记录 | DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.286 |
| 1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
21–239（219 aa）
片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, light chain
|
未记录 | DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.286 |
| 1RU9 Crystal Structure (A) of u.v.-irradiated cationic cyclization antibody 4C6 Fab at pH 4.6 with a data set collected in-house. 提交 2003-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
片段：fab
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 5 ACT ACETATE ION × 1 BEZ BENZOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.247 |
| 1RUA Crystal structure (B) of u.v.-irradiated cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 4.6 with a data set collected at SSRL beamline 11-1. 提交 2003-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
片段：fab
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 BEZ BENZOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.251 |
| 1RUK Crystal structure (C) of native cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 4.6 with a data set collected at SSRL beamline 9-1 提交 2003-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
片段：fab
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 BEZ BENZOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.210 |
| 1RUL Crystal Structure (D) of u.v.-irradiated cationic cyclization antibody 4C6 Fab at pH 5.6 with a data set collected at SSRL beamline 11-1. 提交 2003-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
片段：fab
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 BEZ BENZOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；0.1 M tri-sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.283 |
| 1RUM Crystal structure (F) of H2O2-soaked cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 8.5 with a data set collected at SSRL beamline 9-1. 提交 2003-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
片段：fab
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BEZ BENZOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M tris hydrochloride, pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
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分辨率 1.48 Å R-free 0.245 |
| 1RUP Crystal structure (G) of native cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 8.5 with a data set collected at APS beamline 19-ID 提交 2003-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
21–239（219 aa）
片段：fab
|
未记录 | BEZ BENZOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M tris hydrochloride, 0.2 M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 4000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
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分辨率 1.40 Å R-free 0.212 |