当前蛋白身份：Q8TDX7
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2WQM Structure of apo human Nek7 提交 2009-08-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
100 MM HEPES, PH 7.5, 15% PEG 5000 MME, 400 MM AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.215 |
| 2WQN Structure of ADP-bound human Nek7 提交 2009-08-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
100MM HEPES 7.5, 15% PEG 5000MME, 400MM AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 5DE2 Structural mechanism of Nek7 activation by Nek9-induced dimerisation 提交 2015-08-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
|
突变：Y97F | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；The composition of the reservoir buffer was: 0.2M Potassium thiocyanate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350.
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.254 |
| 5DE2 Structural mechanism of Nek7 activation by Nek9-induced dimerisation 提交 2015-08-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–302（302 aa）
|
突变：Y97F | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；The composition of the reservoir buffer was: 0.2M Potassium thiocyanate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350.
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.254 |
| 6NPY Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7 提交 2019-01-18 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
34–302（269 aa）
|
突变：L54R,V58K,P59T,K87A,A99V,S100C,E103T,D104G | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6S73 Crystal structure of Nek7 SRS mutant bound to compound 51 提交 2019-07-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
|
突变：L86H, Y97F, L180F | F9N 3-[[6-(cyclohexylmethoxy)-7~{H}-purin-2-yl]amino]-~{N}-[3-(dimethylamino)propyl]benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.271 |
| 6S73 Crystal structure of Nek7 SRS mutant bound to compound 51 提交 2019-07-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–302（302 aa）
|
突变：L86H, Y97F, L180F | F9N 3-[[6-(cyclohexylmethoxy)-7~{H}-purin-2-yl]amino]-~{N}-[3-(dimethylamino)propyl]benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.271 |
| 6S73 Crystal structure of Nek7 SRS mutant bound to compound 51 提交 2019-07-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–302（302 aa）
|
突变：L86H, Y97F, L180F | F9N 3-[[6-(cyclohexylmethoxy)-7~{H}-purin-2-yl]amino]-~{N}-[3-(dimethylamino)propyl]benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.271 |
| 6S73 Crystal structure of Nek7 SRS mutant bound to compound 51 提交 2019-07-04 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–302（302 aa）
|
突变：L86H, Y97F, L180F | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.271 |
| 6S75 Crystal structure of Nek7 bound to compound 51 提交 2019-07-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
|
未记录 | F9N 3-[[6-(cyclohexylmethoxy)-7~{H}-purin-2-yl]amino]-~{N}-[3-(dimethylamino)propyl]benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 150 mM di-Sodium DL-malate; pH 7.0, 3% w/v 1,6-Hexanediol
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.317 |
| 6S75 Crystal structure of Nek7 bound to compound 51 提交 2019-07-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–302（302 aa）
|
未记录 | F9N 3-[[6-(cyclohexylmethoxy)-7~{H}-purin-2-yl]amino]-~{N}-[3-(dimethylamino)propyl]benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 150 mM di-Sodium DL-malate; pH 7.0, 3% w/v 1,6-Hexanediol
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.317 |
| 6S75 Crystal structure of Nek7 bound to compound 51 提交 2019-07-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–302（302 aa）
|
未记录 | F9N 3-[[6-(cyclohexylmethoxy)-7~{H}-purin-2-yl]amino]-~{N}-[3-(dimethylamino)propyl]benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 150 mM di-Sodium DL-malate; pH 7.0, 3% w/v 1,6-Hexanediol
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.317 |
| 6S75 Crystal structure of Nek7 bound to compound 51 提交 2019-07-04 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–302（302 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 150 mM di-Sodium DL-malate; pH 7.0, 3% w/v 1,6-Hexanediol
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.317 |
| 6S76 Crystal structure of human Nek7 提交 2019-07-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 150 mM di-Sodium DL-malate; pH 7.0
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.286 |
| 6S76 Crystal structure of human Nek7 提交 2019-07-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–302（302 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 150 mM di-Sodium DL-malate; pH 7.0
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.286 |
| 6S76 Crystal structure of human Nek7 提交 2019-07-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–302（302 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 150 mM di-Sodium DL-malate; pH 7.0
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.286 |
| 6S76 Crystal structure of human Nek7 提交 2019-07-04 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–302（302 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 150 mM di-Sodium DL-malate; pH 7.0
|
分辨率 3.38 Å R-free 0.286 |
| 8EJ4 Cryo-EM structure of the active NLRP3 inflammasome disk 提交 2022-09-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 K
20–297（278 aa）
链 L
20–297（278 aa）
链 M
20–297（278 aa）
链 N
20–297（278 aa）
链 O
20–297（278 aa）
链 P
20–297（278 aa）
链 Q
20–297（278 aa）
链 R
20–297（278 aa）
链 S
20–297（278 aa）
链 T
20–297（278 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 10 MG MAGNESIUM ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8SXN Structure of NLRP3 and NEK7 complex 提交 2023-05-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
链 B
1–302（302 aa）
|
未记录 | 7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.04 Å |
| 8WS0 Crystal structure of human NEK7 S195D mutant 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
链 B
1–302（302 aa）
|
突变：S195D 突变：S195D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.242 |
| 8WS1 Crystal structure of human NEK7 D161N mutant 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–302（302 aa）
链 B
1–302（302 aa）
|
突变：D161N 突变：D161N | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Tris pH 8.4, PEG 8000 15%
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.238 |
| 9H59 Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–302（302 aa）
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未记录 | A1ISP 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9NFQ Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-3486 in complex with NEK7 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–302（302 aa）
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未记录 | A1BX6 (3S)-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-2-(phenylmethanesulfonyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.029 M HEPES salt, 0.071 M MOPS acid, 0.06 M NaNO3, 0.06 M Na2HPO4, 0.06 M (NH4)2SO4, 11 % (w/v) PEG 8,000 and 25 % (v/v) ethylene glycol.
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分辨率 3.25 Å R-free 0.261 |