当前蛋白身份：Q92133
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
62–136（75 aa）
片段：residues 62-136
|
突变：G103A | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
62–136（75 aa）
片段：residues 62-136
|
突变：G103A | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
62–136（75 aa）
片段：residues 62-136
|
突变：G103A | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
62–136（75 aa）
片段：residues 62-136
|
突变：G103A | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2L11 Solution NMR structure of the Cbx3 in complex with H3K9me3 peptide 提交 2010-07-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–16（15 aa）
片段：UNP Residues 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient
NMR样品组成
20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L12 Solution NMR structure of the chromobox protein 7 with H3K9me3 提交 2010-07-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–16（15 aa）
片段：UNP Residues 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM Benzamidine, 0.5 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L1B Solution NMR structure of the chromobox protein Cbx7 with H3K27me3 提交 2010-07-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
20–34（15 aa）
片段：UNP Residues 20-34
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 2.7 mM peptide, 10 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM TCEP, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3GV6 Crystal Structure of human chromobox homolog 6 (CBX6) with H3K9 peptide 提交 2009-03-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–15（15 aa）
片段：UNP residues 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；14% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, pH7.5
, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.266 |
| 3ME9 Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me3 peptide 提交 2010-03-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
2–12（11 aa）
片段：UNP Residues 2-9
链 D
2–12（11 aa）
片段：UNP Residues 2-9
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 11 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.214 |
| 3ME9 Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me3 peptide 提交 2010-03-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–12（11 aa）
片段：UNP Residues 2-9
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 6 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.214 |
| 3ME9 Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me3 peptide 提交 2010-03-31 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
2–12（11 aa）
片段：UNP Residues 2-9
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.214 |
| 3MEA Crystal structure of the SGF29 in complex with H3K4me3 提交 2010-03-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–12（11 aa）
片段：UNP Residues 2-4
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；22% peg3350, 0.1M HEPES. 0.004M trimethylated H3K3 peptide was present in the protein stock solution, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.200 |
| 3MET Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me2 提交 2010-03-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–12（11 aa）
片段：UNP Residues 2-12
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 3MET Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me2 提交 2010-03-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
2–12（11 aa）
片段：UNP Residues 2-12
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 3MEU Crystal structure of SGF29 in complex with H3R2me2sK4me3 提交 2010-03-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
2–14（13 aa）
片段：UNP Residues 2-14
链 D
2–14（13 aa）
片段：UNP Residues 2-14
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.228 |
| 3MEV Crystal structure of SGF29 in complex with R2AK4me3 提交 2010-03-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
2–9（8 aa）
片段：UNP Residues 2-9
链 D
2–9（8 aa）
片段：UNP Residues 2-9
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.282 |
| 3O7A Crystal structure of PHF13 in complex with H3K4me3 提交 2010-07-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–12（11 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5;
1.5M Na-Citrate,
PEG400 6%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.224 |
| 4HSU Crystal structure of LSD2-NPAC with H3(1-26)in space group P21 提交 2012-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
2–31（30 aa）
片段：UNP residues 2-31
|
突变：K4M | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.232 |
| 4QEO crystal structure of KRYPTONITE in complex with mCHH DNA, H3(1-15) peptide and SAH 提交 2014-05-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 P
2–16（15 aa）
片段：unp residues 2-16
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；30% PEG200, 5% PEG3000, and 0.1 M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.226 |
| 5OY7 Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (P1 form) 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 I
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
链 U
2–136（135 aa）
链 Y
2–136（135 aa）
链 c
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodyalte, pH 6.0
|
分辨率 5.77 Å R-free 0.238 |
| 6G0L Structure of two molecules of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a nucleosome 提交 2018-03-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å |
| 6UGM Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6UH5 Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6VZ4 Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state 提交 2020-02-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20
|
分辨率 3.90 Å |
| 7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
|
突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.75 Å |
| 7CRP NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode) 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
|
突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7CRQ NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode) 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
|
突变：K36Nle,M90Nle,M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K36Nle,M90Nle,M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.15 Å |
| 7CRR Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
|
突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.48 Å |
| 7UNK Structure of Importin-4 bound to the H3-H4-ASF1 histone-histone chaperone complex 提交 2022-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |