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蛋白结构与聚集状态

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当前蛋白身份：Q923J1 重新检索
14PDB条目
14Biological assembly
47链与assembly记录
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。

相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
1IA9 CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (AMPPNP COMPLEX) 提交 2001-03-22 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 1549–1828（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
链 B 1549–1828（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
未记录 ZN ZINC ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, ammonium phosphate, AMPPNP, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1IAH CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (ADP-MG COMPLEX) 提交 2001-03-22 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 1549–1828（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
链 B 1549–1828（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
未记录 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, ammonium phosphate, ADP, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
1IAJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (APO) 提交 2001-03-22 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 1549–1828（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
链 B 1549–1828（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；HEPES, PEG 4000, 2-propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
5ZX5 3.3 angstrom structure of mouse TRPM7 with EDTA 提交 2018-05-18 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1230（1229 aa）
链 B 2–1230（1229 aa）
链 C 2–1230（1229 aa）
链 D 2–1230（1229 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
8SI2 Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in apo state 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
链 B 2–1280（1279 aa）
链 C 2–1280（1279 aa）
链 D 2–1280（1279 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 64 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.19 Å
8SI3 Cryo-EM structure of TRPM7 in GDN detergent in apo state 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
链 B 2–1280（1279 aa）
链 C 2–1280（1279 aa）
链 D 2–1280（1279 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
8SI4 Cryo-EM structure of TRPM7 N1098Q mutant in GDN detergent in open state 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
链 B 2–1280（1279 aa）
链 C 2–1280（1279 aa）
链 D 2–1280（1279 aa）
突变：N1098Q 突变：N1098Q 突变：N1098Q 突变：N1098Q POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 8 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.46 Å
8SI5 Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in complex with agonist naltriben in open state 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
链 B 2–1280（1279 aa）
链 C 2–1280（1279 aa）
链 D 2–1280（1279 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 ZY8 (4bS,8R,8aS,14bR)-7-(cyclopropylmethyl)-5,6,7,8,9,14b-hexahydro-8aH-4,8-methanobis[1]benzofuro[3,2-e:2',3'-g]isoquinoline-1,8a-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.17 Å
8SI6 Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in complex with agonist naltriben in closed state 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
链 B 2–1280（1279 aa）
链 C 2–1280（1279 aa）
链 D 2–1280（1279 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 ZY8 (4bS,8R,8aS,14bR)-7-(cyclopropylmethyl)-5,6,7,8,9,14b-hexahydro-8aH-4,8-methanobis[1]benzofuro[3,2-e:2',3'-g]isoquinoline-1,8a-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.44 Å
8SI7 Cryo-EM structure of TRPM7 in GDN detergent in complex with inhibitor VER155008 in closed state 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
链 B 2–1280（1279 aa）
链 C 2–1280（1279 aa）
链 D 2–1280（1279 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 3FD 4-[[(2R,3S,4R,5R)-5-[6-amino-8-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]purin-9-yl]-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxymethyl]benzonitrile × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.59 Å
8SI8 Cryo-EM structure of TRPM7 N1098Q mutant in GDN detergent in complex with inhibitor VER155008 in closed state 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
链 B 2–1280（1279 aa）
链 C 2–1280（1279 aa）
链 D 2–1280（1279 aa）
突变：N1098Q 突变：N1098Q 突变：N1098Q 突变：N1098Q POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 3FD 4-[[(2R,3S,4R,5R)-5-[6-amino-8-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]purin-9-yl]-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxymethyl]benzonitrile × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8SIA Cryo-EM structure of TRPM7 N1098Q mutant in GDN detergent in complex with inhibitor NS8593 in closed state 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
链 B 2–1280（1279 aa）
链 C 2–1280（1279 aa）
链 D 2–1280（1279 aa）
突变：N1098Q 突变：N1098Q 突变：N1098Q 突变：N1098Q POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 6RA N-[(1R)-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]-1H-benzimidazol-2-amine × 4 CA CALCIUM ION × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
8SIB Cryo-EM structure of TRPM7 MHR1-3 domain 提交 2023-04-14 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 A 2–1280（1279 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å
8W2L TRPM7 structure in complex with anticancer agent CCT128930 in closed state 提交 2024-02-20 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致
链 A 3–1280（1278 aa） 片段：residues 3-1280 of the TRPM7 channel
链 B 3–1280（1278 aa） 片段：residues 3-1280 of the TRPM7 channel
链 C 3–1280（1278 aa） 片段：residues 3-1280 of the TRPM7 channel
链 D 3–1280（1278 aa） 片段：residues 3-1280 of the TRPM7 channel
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 M05 4-(4-chlorobenzyl)-1-(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)piperidin-4-aminium × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.45 Å

页面展示的是PDB/mmCIF中的结构证据。“未记录非水小分子”不等于实验样品绝对无配体； 实验环境属于整个PDB实验记录，配体与拷贝数按具体biological assembly展示。