当前蛋白身份：Q96CV9
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2LO4 NMR Solution Structure of Optineurin Zinc-finger Domain 提交 2012-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–577（28 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.3；273 K；压力 ambient
NMR样品组成
1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] optn550, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.12 mM DSS, 90 % H2O, 10 % D2O, 0.9 % sodium azide, 100 uM ZnSO4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.1 mM [U-100% 15N] optn550, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.12 mM DSS, 90 % H2O, 10 % D2O, 0.9 % sodium azide, 100 uM ZnSO4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LUE LC3B OPTN-LIR Ptot complex structure 提交 2012-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
169–185（17 aa）
片段：UNP RESIDUES 169-185
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] entity_1-1, 4.9 mM entity_2-2, 70 mM sodium phosphate-3, 30 mM sodium chloride-4, 0.3 mM DSS-5, 5 mM Protease inhibitors cocktail-6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
2.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] entity_1-7, 0.4 mM entity_2-8, 70 mM sodium phosphate-9, 30 mM sodium chloride-10, 0.3 mM DSS-11, 5 mM Protease inhibitors cocktail-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3VTV Crystal structure of Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
170–181（12 aa）
片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119
|
突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 10% PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.252 |
| 3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
170–181（12 aa）
片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119
|
突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.280 |
| 3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
170–181（12 aa）
片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119
|
突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.280 |
| 3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
170–181（12 aa）
片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119
|
突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.280 |
| 5AAZ TBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bacterial autophagy 提交 2015-07-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
548–577（30 aa）
片段：RESIDES 548-577
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1.0
NMR样品组成
95% WATER/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5B83 Crystal structure of Optineurin UBAN in complex with linear ubiquitin 提交 2016-06-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
416–510（95 aa）
片段：UNP residues 416-510
链 C
416–510（95 aa）
片段：UNP residues 416-510
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16% PEG 3350, 250mM Potassium formate
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.254 |
| 5B83 Crystal structure of Optineurin UBAN in complex with linear ubiquitin 提交 2016-06-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
416–510（95 aa）
片段：UNP residues 416-510
链 F
416–510（95 aa）
片段：UNP residues 416-510
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16% PEG 3350, 250mM Potassium formate
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.254 |
| 5EOA Crystal structure of OPTN E50K mutant and TBK1 complex 提交 2015-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
26–103（78 aa）
片段：UNP RESIDUES 26-103
链 B
26–103（78 aa）
片段：UNP RESIDUES 26-103
|
突变：E50K 突变：E50K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；291.5 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/V Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.267 |
| 5EOF Crystal structure of OPTN NTD and TBK1 CTD complex 提交 2015-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
26–103（78 aa）
片段：UNP RESIDUES 26-103
链 B
26–103（78 aa）
片段：UNP RESIDUES 26-103
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291.15 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.245 |
| 7CZM Crystal structure of FIP200 Claw/p-OPtineurin LIR complex 提交 2020-09-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
173–185（13 aa）
链 D
173–185（13 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Potassium iodide, MES pH 6.5, PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 9B0B Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain 提交 2024-03-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
419–512（94 aa）
片段：Optineurin UBAN domain, residues 419-512
链 B
419–512（94 aa）
片段：Optineurin UBAN domain, residues 419-512
|
突变：C472S, S473E 突变：C472S, S473E | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；3:1 (protein:mother liquor: 10% PEG 8K, 20% ethylene glycol, 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.03 M MgCl2 and 0.03 M CaCl2. cryoprotected in mother liquor containing 10% glycerol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.222 |
| 9B0B Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain 提交 2024-03-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
419–512（94 aa）
片段：Optineurin UBAN domain, residues 419-512
链 D
419–512（94 aa）
片段：Optineurin UBAN domain, residues 419-512
|
突变：C472S, S473E 突变：C472S, S473E | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；3:1 (protein:mother liquor: 10% PEG 8K, 20% ethylene glycol, 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.03 M MgCl2 and 0.03 M CaCl2. cryoprotected in mother liquor containing 10% glycerol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.222 |
| 9B0Z Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 2 提交 2024-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
419–512（94 aa）
链 B
419–512（94 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；20% PEG 2K MME, 0.2 M TAO and 0.1 M Tris pH 8.5. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.270 |
| 9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
419–512（94 aa）
链 D
419–512（94 aa）
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.269 |
| 9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
419–512（94 aa）
链 F
419–512（94 aa）
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.269 |
| 9IKQ Crystal structure of OPTN LZD in complex with GTP-bound Rab8a(Q67L) 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
133–170（38 aa）
链 D
133–170（38 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 16% (w/v) PEG 10000
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.218 |
| 9M0O Crystal structure of OPTN 138-170 in complex with GTP-bound RAB8A1-176 (Q67L) 提交 2025-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
138–170（33 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 6 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 M Imidazole pH 6.5, 0.5 M Sodium acetate trihydrate
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分辨率 1.83 Å R-free 0.222 |