当前蛋白身份：Q96LW4
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5L2X Crystal structure of human PrimPol ternary complex 提交 2016-08-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–353（353 aa）
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未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；17-23% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.255 |
| 5L2X Crystal structure of human PrimPol ternary complex 提交 2016-08-02 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–353（353 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；17-23% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.255 |
| 5N85 Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 514-525) 提交 2017-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
514–528（15 aa）
片段：UNP Residues 514-528
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium acetate 4.5 20 % w/v PEG 3350
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分辨率 2.00 Å R-free 0.228 |
| 5N8A Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 480-560) 提交 2017-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 X
480–560（81 aa）
片段：UNP residues 479-559
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；0.2M imidazole malate, 30% w/v PEG 4000
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分辨率 1.28 Å R-free 0.178 |
| 7JK1 Human PrimPol inserting correct dCTP opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–354（354 aa）
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未记录 | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2
16-19% PEG 3350
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.286 |
| 7JK1 Human PrimPol inserting correct dCTP opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-27 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–354（354 aa）
|
未记录 | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2
16-19% PEG 3350
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.286 |
| 7JKL Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion (3'-end base of the primer strand is 2',3'-dideoxy-terminated). 提交 2020-07-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–354（354 aa）
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未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225- 250 mM CaCl2, 16 -19% PEG 3350
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分辨率 2.38 Å R-free 0.277 |
| 7JKL Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion (3'-end base of the primer strand is 2',3'-dideoxy-terminated). 提交 2020-07-28 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–354（354 aa）
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未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225- 250 mM CaCl2, 16 -19% PEG 3350
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.277 |
| 7JKP Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–354（354 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225- 250 mM CaCl2
16 -19% PEG 3350
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.307 |
| 7JKP Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-28 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–354（354 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225- 250 mM CaCl2
16 -19% PEG 3350
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.307 |
| 7JL8 Human PrimPol extending from the correct primer base C opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–354（354 aa）
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未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350
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分辨率 2.10 Å R-free 0.213 |
| 7JL8 Human PrimPol extending from the correct primer base C opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-29 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–354（354 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.213 |
| 7JLG Human PrimPol extending from the erroneous primer base A opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–354（354 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.219 |
| 7JLG Human PrimPol extending from the erroneous primer base A opposite the 8-oxoguanine lesion 提交 2020-07-29 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–354（354 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.219 |