当前蛋白身份：Q99836
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2JS7 Solution NMR structure of human myeloid differentiation primary response (MyD88). Northeast Structural Genomics target HR2869A 提交 2007-06-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
146–296（151 aa）
片段：C-Terminal TIR domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；303 K；压力 ambient
NMR样品组成
0.8 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM DTT, 40 mM ammonium acetate, 5 % acetonitrile, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2Z5V Solution structure of the TIR domain of human MyD88 提交 2007-07-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
148–296（149 aa）
片段：MyD88 TIR domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
298 K；压力 1
|
分辨率未提供 |
| 3MOP The ternary Death Domain complex of MyD88, IRAK4, and IRAK2 提交 2010-04-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
20–117（98 aa）
片段：death domain residues 20-117
链 B
20–117（98 aa）
片段：death domain residues 20-117
链 C
20–117（98 aa）
片段：death domain residues 20-117
链 D
20–117（98 aa）
片段：death domain residues 20-117
链 E
20–117（98 aa）
片段：death domain residues 20-117
链 F
20–117（98 aa）
片段：death domain residues 20-117
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100-250 mM MgCl2, 8-15 % ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.261 |
| 4DOM Crystal Structure of the TIR-domain of Human Myeloid Differentiation Primary Response protein (MyD88) 提交 2012-02-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
157–296（140 aa）
片段：TIR domain, UNP residues 157-296
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；30% PEG 8000, 0.1M Immidazole pH 8.0, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.216 |
| 4EO7 Crystal structure of the TIR domain of human myeloid differentiation primary response protein 88. 提交 2012-04-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
157–296（140 aa）
片段：TIR domain, UNP residues 157-296
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5,0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.208 |
| 7BEQ MicroED structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly 提交 2020-12-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
155–296（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.280 |
| 7BER SFX structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly (solved, rebuilt and refined using an identical protocol to the MicroED structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly) 提交 2020-12-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
155–296（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；310 K；MAL TIR (0.5-3 mM) incubated with MyD88 TIR (60-100 mM) in 10 mM HEPES pH 7.5-8, 150 mM NaCl at 310K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.281 |
| 7L6W SFX structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly 提交 2020-12-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
159–296（138 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；310 K；MAL TIR (0.5-3 micromolar) was incubated with MyD88 TIR domain (60-100 micromolar) in 10 millimolar HEPES at pH 7.5-8, 150 millimolar NaCl at 298-310K.
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.288 |
| 8S78 MicroED Structure of TLR2 TIR domain-induced MyD88 TIR domain higher-order assembly 提交 2024-02-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
154–296（143 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；TLR2 TIR protein, 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.267 |
| 8W8M Cryo-EM structure of helical filament of MyD88 TIR 提交 2023-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 102 PDB 声明：102-meric（102） 与蛋白数一致 |
链 1A
153–296（144 aa）
链 1B
153–296（144 aa）
链 1C
153–296（144 aa）
链 1D
153–296（144 aa）
链 1E
153–296（144 aa）
链 1F
153–296（144 aa）
链 2A
153–296（144 aa）
链 2B
153–296（144 aa）
链 2C
153–296（144 aa）
链 2D
153–296（144 aa）
链 2E
153–296（144 aa）
链 2F
153–296（144 aa）
链 3A
153–296（144 aa）
链 3B
153–296（144 aa）
链 3C
153–296（144 aa）
链 3D
153–296（144 aa）
链 3E
153–296（144 aa）
链 3F
153–296（144 aa）
链 A1
153–296（144 aa）
链 A2
153–296（144 aa）
链 A3
153–296（144 aa）
链 B1
153–296（144 aa）
链 B2
153–296（144 aa）
链 B3
153–296（144 aa）
链 C1
153–296（144 aa）
链 C2
153–296（144 aa）
链 C3
153–296（144 aa）
链 D1
153–296（144 aa）
链 D2
153–296（144 aa）
链 D3
153–296（144 aa）
链 E1
153–296（144 aa）
链 E2
153–296（144 aa）
链 E3
153–296（144 aa）
链 F1
153–296（144 aa）
链 F2
153–296（144 aa）
链 F3
153–296（144 aa）
链 G1
153–296（144 aa）
链 G2
153–296（144 aa）
链 G3
153–296（144 aa）
链 H1
153–296（144 aa）
链 H2
153–296（144 aa）
链 H3
153–296（144 aa）
链 I1
153–296（144 aa）
链 I2
153–296（144 aa）
链 I3
153–296（144 aa）
链 J1
153–296（144 aa）
链 J2
153–296（144 aa）
链 J3
153–296（144 aa）
链 K1
153–296（144 aa）
链 K2
153–296（144 aa）
链 K3
153–296（144 aa）
链 L1
153–296（144 aa）
链 L2
153–296（144 aa）
链 L3
153–296（144 aa）
链 M1
153–296（144 aa）
链 M2
153–296（144 aa）
链 M3
153–296（144 aa）
链 N1
153–296（144 aa）
链 N2
153–296（144 aa）
链 N3
153–296（144 aa）
链 O1
153–296（144 aa）
链 O2
153–296（144 aa）
链 O3
153–296（144 aa）
链 P1
153–296（144 aa）
链 P2
153–296（144 aa）
链 P3
153–296（144 aa）
链 Q1
153–296（144 aa）
链 Q2
153–296（144 aa）
链 Q3
153–296（144 aa）
链 R1
153–296（144 aa）
链 R2
153–296（144 aa）
链 R3
153–296（144 aa）
链 S1
153–296（144 aa）
链 S2
153–296（144 aa）
链 S3
153–296（144 aa）
链 T1
153–296（144 aa）
链 T2
153–296（144 aa）
链 T3
153–296（144 aa）
链 U1
153–296（144 aa）
链 U2
153–296（144 aa）
链 U3
153–296（144 aa）
链 V1
153–296（144 aa）
链 V2
153–296（144 aa）
链 V3
153–296（144 aa）
链 W1
153–296（144 aa）
链 W2
153–296（144 aa）
链 W3
153–296（144 aa）
链 X1
153–296（144 aa）
链 X2
153–296（144 aa）
链 X3
153–296（144 aa）
链 Y1
153–296（144 aa）
链 Y2
153–296（144 aa）
链 Y3
153–296（144 aa）
链 YD
153–296（144 aa）
链 YE
153–296（144 aa）
链 YF
153–296（144 aa）
链 Z1
153–296（144 aa）
链 Z2
153–296（144 aa）
链 Z3
153–296（144 aa）
链 ZD
153–296（144 aa）
链 ZE
153–296（144 aa）
链 ZF
153–296（144 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 8YYM Cryo-EM structure of cylindrical fiber of MyD88 TIR 提交 2024-04-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 104 PDB 声明：104-meric（104） 与蛋白数一致 |
链 A
153–296（144 aa）
链 AA
153–296（144 aa）
链 AB
153–296（144 aa）
链 AC
153–296（144 aa）
链 B
153–296（144 aa）
链 BA
153–296（144 aa）
链 BB
153–296（144 aa）
链 BC
153–296（144 aa）
链 C
153–296（144 aa）
链 CA
153–296（144 aa）
链 CB
153–296（144 aa）
链 CC
153–296（144 aa）
链 D
153–296（144 aa）
链 DA
153–296（144 aa）
链 DB
153–296（144 aa）
链 DC
153–296（144 aa）
链 E
153–296（144 aa）
链 EA
153–296（144 aa）
链 EB
153–296（144 aa）
链 EC
153–296（144 aa）
链 F
153–296（144 aa）
链 FA
153–296（144 aa）
链 FB
153–296（144 aa）
链 FC
153–296（144 aa）
链 G
153–296（144 aa）
链 GA
153–296（144 aa）
链 GB
153–296（144 aa）
链 GC
153–296（144 aa）
链 H
153–296（144 aa）
链 HA
153–296（144 aa）
链 HB
153–296（144 aa）
链 HC
153–296（144 aa）
链 I
153–296（144 aa）
链 IA
153–296（144 aa）
链 IB
153–296（144 aa）
链 IC
153–296（144 aa）
链 J
153–296（144 aa）
链 JA
153–296（144 aa）
链 JB
153–296（144 aa）
链 JC
153–296（144 aa）
链 K
153–296（144 aa）
链 KA
153–296（144 aa）
链 KB
153–296（144 aa）
链 KC
153–296（144 aa）
链 L
153–296（144 aa）
链 LA
153–296（144 aa）
链 LB
153–296（144 aa）
链 LC
153–296（144 aa）
链 M
153–296（144 aa）
链 MA
153–296（144 aa）
链 MB
153–296（144 aa）
链 MC
153–296（144 aa）
链 N
153–296（144 aa）
链 NA
153–296（144 aa）
链 NB
153–296（144 aa）
链 NC
153–296（144 aa）
链 O
153–296（144 aa）
链 OA
153–296（144 aa）
链 OB
153–296（144 aa）
链 OC
153–296（144 aa）
链 P
153–296（144 aa）
链 PA
153–296（144 aa）
链 PB
153–296（144 aa）
链 PC
153–296（144 aa）
链 Q
153–296（144 aa）
链 QA
153–296（144 aa）
链 QB
153–296（144 aa）
链 QC
153–296（144 aa）
链 R
153–296（144 aa）
链 RA
153–296（144 aa）
链 RB
153–296（144 aa）
链 RC
153–296（144 aa）
链 S
153–296（144 aa）
链 SA
153–296（144 aa）
链 SB
153–296（144 aa）
链 SC
153–296（144 aa）
链 T
153–296（144 aa）
链 TA
153–296（144 aa）
链 TB
153–296（144 aa）
链 TC
153–296（144 aa）
链 U
153–296（144 aa）
链 UA
153–296（144 aa）
链 UB
153–296（144 aa）
链 UC
153–296（144 aa）
链 V
153–296（144 aa）
链 VA
153–296（144 aa）
链 VB
153–296（144 aa）
链 VC
153–296（144 aa）
链 W
153–296（144 aa）
链 WA
153–296（144 aa）
链 WB
153–296（144 aa）
链 WC
153–296（144 aa）
链 X
153–296（144 aa）
链 XA
153–296（144 aa）
链 XB
153–296（144 aa）
链 XC
153–296（144 aa）
链 Y
153–296（144 aa）
链 YA
153–296（144 aa）
链 YB
153–296（144 aa）
链 YC
153–296（144 aa）
链 Z
153–296（144 aa）
链 ZA
153–296（144 aa）
链 ZB
153–296（144 aa）
链 ZC
153–296（144 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9HFV MyD88 peptide_2 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
127–146（20 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.214 |
| 9HGH MyD88 peptide_1 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
125–141（17 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M diethyleneglycol, 0.03 M triethyleneglycol, 0.03 M tetraethyleneglycol, 0.03 M pentaethyleneglycol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |