当前蛋白身份：Q9BYG3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2AFF The solution structure of the Ki67FHA/hNIFK(226-269)3P complex 提交 2005-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
226–269（44 aa）
片段：residues 226-269
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
0.9 mM Ki67 FHA U-15N,13C; 1 mM hNIFK(226-269)3P unlabeled
5 mM HEPES, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.4 | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
0.9 mM Ki67 FHA U-15N,13C; 1 mM hNIFK(226-269)3P unlabeled
5 mM HEPES, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.4 | 100% D2O
NMR样品组成
1 mM Ki67 FHA unlabled; 0.9 mM hNIFK(226-269)3P U-15N,13C
5 mM HEPES, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.4 | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1 mM Ki67 FHA unlabled; 0.9 mM hNIFK(226-269)3P U-15N,13C
5 mM HEPES, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.4 | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8FKP Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State A1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 54 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the Vitrobot.
|
分辨率 2.85 Å |
| 8FKQ Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State A2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 51 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.76 Å |
| 8FKR Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 54 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.89 Å |
| 8FKS Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 61 ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.88 Å |
| 8FKT Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State C1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 64 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.81 Å |
| 8FKU Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State C2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 58 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.82 Å |
| 8FKV Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 65 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.47 Å |
| 8FKW Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 59 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.50 Å |
| 8FKX Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State E) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 61 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.59 Å |
| 8FKY Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State F) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 70 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.67 Å |
| 8FKZ Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State G) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 64 ZN ZINC ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 3.04 Å |
| 8FL2 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State I1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 100 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.67 Å |
| 8FL3 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State I2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 100 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.53 Å |
| 8FL6 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State J1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.62 Å |
| 8FL7 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State J2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.55 Å |
| 8FLA Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State K1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.63 Å |
| 8FLB Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State K2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.55 Å |
| 8FLD Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State L1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 87 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the Vitrobot.
|
分辨率 2.58 Å |
| 8FLE Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State L2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 SH
1–293（293 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 87 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the Vitrobot.
|
分辨率 2.48 Å |
| 8INE human nuclear pre-60S ribosomal particle - State G' 提交 2023-03-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–293（293 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8INF human nuclear pre-60S ribosomal particle - State F' 提交 2023-03-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–293（293 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8IPX human nuclear pre-60S ribosomal particle - State C' 提交 2023-03-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–293（293 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8IPY human nuclear pre-60S ribosomal particle - State D' 提交 2023-03-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–293（293 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8IR3 human nuclear pre-60S ribosomal particle - State B' 提交 2023-03-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 t
1–293（293 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |