当前蛋白身份：Q9BYM8
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2CRC Solution structure of the zf-RanBP domain of the protein HBV associated factor 提交 2005-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
184–222（39 aa）
片段：zf-RanBP domain
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
2.17mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3, 0.05mM ZnCl2, 0.1mM NTA | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2LGY Ubiquitin-like domain from HOIL-1 提交 2011-08-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
51–139（89 aa）
片段：sequence database residues 51-139
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）61；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 mM potassium chloride, 30 uM DSS, 0.2 mM [U-15N] HOIL-1 Ubl, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 mM potassium chloride, 30 uM DSS, 0.2 mM [U-13C; U-15N] HOIL-1 Ubl, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
10 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 mM potassium chloride, 30 uM DSS, 0.2 mM [U-13C; U-15N] HOIL-1 Ubl, 100% D2O | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 4DBG Crystal structure of HOIL-1L-UBL complexed with a HOIP-UBA derivative 提交 2012-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
37–137（101 aa）
片段：Ub-like domain, residues 37-137
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；15%(w/v) PEG6000, 0.1M KCl, 0.1M HEPES-Na buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
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分辨率 2.71 Å R-free 0.253 |
| 7V8E Crystal structure of IpaH1.4 LRR domain bound to HOIL-1L UBL domain. 提交 2021-08-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
53–135（83 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), and 25% (w/v) PEG3350
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分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 7V8E Crystal structure of IpaH1.4 LRR domain bound to HOIL-1L UBL domain. 提交 2021-08-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
53–135（83 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), and 25% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 7YUI Crystal structure of HOIL-1L(195-423) in complex with the linear tetra-ubiquitin 提交 2022-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
195–424（230 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Tris(pH 8), 20 %(w/v)PEG 8000
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分辨率 2.60 Å R-free 0.258 |
| 7YUJ Crystal structure of HOIL-1L(365-510) 提交 2022-08-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
365–510（146 aa）
链 B
365–510（146 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；22 % w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5,100, 100 mM HEPES(pH 7.5), 20 mM Magnesium chloride
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分辨率 1.86 Å R-free 0.187 |
| 8BVL Crystal structure of the IBR-RING2 domain of HOIL-1 提交 2022-12-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
368–510（143 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；200 mM magnesium chloride hexahydrate
100mM Tris-HCl pH 7.0
10% PEG 8000
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.296 |
| 8BVL Crystal structure of the IBR-RING2 domain of HOIL-1 提交 2022-12-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
368–510（143 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；200 mM magnesium chloride hexahydrate
100mM Tris-HCl pH 7.0
10% PEG 8000
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.296 |
| 8EAZ HOIL-1/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
232–510（279 aa）
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突变：C460A | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；28% PEG smear broad, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate, pH 6.2
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.266 |
| 8EAZ HOIL-1/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
232–510（279 aa）
|
突变：C460A | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；28% PEG smear broad, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate, pH 6.2
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.266 |
| 8K6Q Crystal structure of HOIL-1L LTM domain 提交 2023-07-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–51（51 aa）
片段：LTM domain
链 D
1–51（51 aa）
片段：LTM domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；100 mM sodium acetate, 1 M di-ammonium hydrogen phosphate (pH 4.5).
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分辨率 1.59 Å R-free 0.206 |
| 8K6Q Crystal structure of HOIL-1L LTM domain 提交 2023-07-25 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–51（51 aa）
片段：LTM domain
链 C
1–51（51 aa）
片段：LTM domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；100 mM sodium acetate, 1 M di-ammonium hydrogen phosphate (pH 4.5).
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.206 |
| 9EGV HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin 提交 2024-11-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
425–510（86 aa）
链 B
425–510（86 aa）
|
突变：C460A 突变：C460A | ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH 6.2, 1.8 M lithium sulfate monohydrate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.208 |
| 9EGV HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin 提交 2024-11-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：dimeric（2） 待复核 |
链 A
425–510（86 aa）
链 B
425–510（86 aa）
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突变：C460A 突变：C460A | ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH 6.2, 1.8 M lithium sulfate monohydrate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.208 |
| 9EGW HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin-maltose (maltose not modelled) 提交 2024-11-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
425–510（86 aa）
链 B
425–510（86 aa）
|
突变：C460A 突变：C460A | ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.02 M MgCl2, 0.05 M MES pH6 and 1.8 M LiSO4
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.182 |
| 9EGW HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin-maltose (maltose not modelled) 提交 2024-11-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
425–510（86 aa）
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突变：C460A | ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.02 M MgCl2, 0.05 M MES pH6 and 1.8 M LiSO4
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.182 |
| 9EGW HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin-maltose (maltose not modelled) 提交 2024-11-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
425–510（86 aa）
|
突变：C460A | ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.02 M MgCl2, 0.05 M MES pH6 and 1.8 M LiSO4
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.182 |