当前蛋白身份：Q9H0R8
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2L8J GABARAPL-1 NBR1-LIR complex structure 提交 2011-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–115（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
0.6 mM [U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2R2Q Crystal structure of human Gamma-Aminobutyric Acid Receptor-Associated Protein-like 1 (GABARAP1), Isoform CRA_a 提交 2007-08-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3–111（109 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Hepes, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.234 |
| 2R2Q Crystal structure of human Gamma-Aminobutyric Acid Receptor-Associated Protein-like 1 (GABARAP1), Isoform CRA_a 提交 2007-08-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
3–111（109 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Hepes, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.234 |
| 5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–117（116 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.260 |
| 5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–117（116 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.260 |
| 5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.237 |
| 5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.237 |
| 5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.237 |
| 5LXI GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
链 D
1–117（117 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PER PEROXIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MgCl2, 24.6 % PEG 400, 29.5 % PEG 8000, 0.1M TRIS 8.5
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.230 |
| 6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.166 |
| 6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.166 |
| 6HOL Structure of ATG14 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；289 K；1M LiCl, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 6000
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.203 |
| 6HOL Structure of ATG14 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；289 K；1M LiCl, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 6000
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.203 |
| 6YOO Structure of SAMM50 LIR bound to GABARAPL1 提交 2020-04-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% w/v PEG 6000, 10 mM ZnCl2 and 0.1 M Tris pH 7.5
|
分辨率 1.06 Å R-free 0.147 |
| 7AA7 Structure of SCOC pS12/pS18 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | SAT sulfoacetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M MES pH 6.5,
3.5M AMSO4,
1% MPD
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.189 |
| 7AA7 Structure of SCOC pS12/pS18 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
|
未记录 | SAT sulfoacetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M MES pH 6.5,
3.5M AMSO4,
1% MPD
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.189 |
| 7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500
0.1M TRIS 8
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.261 |
| 7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500
0.1M TRIS 8
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.261 |
| 7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500
0.1M TRIS 8
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.261 |
| 7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500
0.1M TRIS 8
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.261 |
| 7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500
0.1M TRIS 8
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.261 |
| 7AA9 Structure of SCOC pT13/pT15 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2020-09-03 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 1500
0.1M TRIS 8
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.261 |
| 7JHX Crystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex 提交 2020-07-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5, 29% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.245 |
| 7JHX Crystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex 提交 2020-07-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5, 29% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.245 |
| 8X8A Crystal structure of STBD1 LIR motif in complex with GABARAPL1 提交 2023-11-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；25% w/v Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH), 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 0.05 M Magnesium chloride
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.187 |
| 9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.259 |
| 9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–117（117 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.259 |
| 9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–117（117 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.259 |
| 9HGC Crystal structure of human GABARAPL1 in complex with cyclic peptide GAB_D8 提交 2024-11-19 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–117（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.259 |
| 9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.215 |
| 9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.215 |