当前蛋白身份：Q9H0W8
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6L54 Structure of SMG189 提交 2019-10-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–520（520 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 6SYT Structure of the SMG1-SMG8-SMG9 complex 提交 2019-10-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–520（520 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 6Z3R Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ 提交 2020-05-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–520（520 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 7PW4 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–520（520 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 7PW5 Human SMG1-8-9 kinase complex with AlphaFold predicted SMG8 C-terminus, bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–520（520 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7PW7 Human SMG1-9 kinase complex bound to a SMG1 inhibitor 提交 2021-10-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–520（520 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 88C 1-[4-[4-[2-[[4-chloranyl-3-(diethylsulfamoyl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]phenyl]-3-methyl-urea × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 7PW8 Human SMG1-8-9 kinase complex bound to AMPPNP 提交 2021-10-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–520（520 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.82 Å |
| 7PW9 Human SMG1-9 kinase complex bound to AMPPNP 提交 2021-10-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
169–520（352 aa）
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未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8FE7 Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc 提交 2022-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
140–151（12 aa）
|
未记录 | UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.217 |
| 8FE7 Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc 提交 2022-12-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
140–151（12 aa）
|
未记录 | UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.217 |
| 8FE7 Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc 提交 2022-12-05 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
140–151（12 aa）
|
未记录 | UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.217 |
| 8FE7 Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc 提交 2022-12-05 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
140–151（12 aa）
|
未记录 | UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.217 |