当前蛋白身份：Q9H3H5
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5LEV Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) 提交 2016-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–408（408 aa）
|
突变：V264G | UNL UNKNOWN LIGAND × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine pH 9.0, 0.05M sodium chloride, 38% PEG300, 5mM Na2WO4
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.240 |
| 5O5E Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with tunicamycin 提交 2017-06-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–408（408 aa）
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突变：V264G | P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2 9LH Tunicamycin × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M bicine pH 8.5 -- 0.05M sodium chloride -- 36% PEG200
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.236 |
| 6BW5 Human GPT (DPAGT1) in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–408（408 aa）
链 B
1–408（408 aa）
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未记录 | TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 6BW5 Human GPT (DPAGT1) in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–408（408 aa）
链 D
1–408（408 aa）
|
未记录 | TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 6BW6 Human GPT (DPAGT1) H129 variant in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–408（408 aa）
链 B
1–408（408 aa）
|
未记录 | TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.291 |
| 6BW6 Human GPT (DPAGT1) H129 variant in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–408（408 aa）
链 D
1–408（408 aa）
|
未记录 | TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.291 |
| 6FM9 Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) 提交 2018-01-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–408（408 aa）
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未记录 | P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05M ADA pH 6.5 -- 24% PEG400
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分辨率 3.60 Å R-free 0.270 |
| 6FWZ Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with UDP-GlcNAc 提交 2018-03-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–408（408 aa）
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突变：V264G | MG MAGNESIUM ION × 2 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2 P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine pH 9.0 -- 0.05M sodium chloride -- 37.5% PEG300
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分辨率 3.10 Å R-free 0.236 |
| 9ZNN Cryo-EM structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) in complex with APPB 提交 2025-12-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–408（408 aa）
链 B
1–408（408 aa）
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未记录 | A1C3G 4-({(2S,3S)-1-amino-3-{[(2S,3R,4S,5R)-5-(aminomethyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]oxy}-3-[(2S,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-1-oxopropan-2-yl}amino)-N-[(4-{4-[4-(trifluoromethoxy)phenoxy]piperidin-1-yl}phenyl)methyl]butanamide (non-preferred name) × 2 A1C3H (2R)-3-{[(S)-[(2R)-2,3-dihydroxypropoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-octadec-9-enoyl]oxy}propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.022% (w/v) DDM, and 2 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2-3 uL of sample distributed on grid with blot force +8 and blot time 3 seconds
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分辨率 2.90 Å |