当前蛋白身份：Q9UBF8
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4D0L Phosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Rab11a- GTP gammaS 提交 2014-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
121–407（287 aa）
片段：RESIDUES 121-407,508-784
链 A
508–784（277 aa）
片段：RESIDUES 121-407,508-784
|
突变：YES 突变：YES | 093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；15% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.259 |
| 4D0L Phosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Rab11a- GTP gammaS 提交 2014-04-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
121–407（287 aa）
片段：RESIDUES 121-407,508-784
链 C
508–784（277 aa）
片段：RESIDUES 121-407,508-784
|
突变：YES 突变：YES | 093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；15% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.259 |
| 4D0L Phosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Rab11a- GTP gammaS 提交 2014-04-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
121–407（287 aa）
片段：RESIDUES 121-407,508-784
链 E
508–784（277 aa）
片段：RESIDUES 121-407,508-784
|
突变：YES 突变：YES | 093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；15% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.259 |
| 4D0M Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3 提交 2014-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
121–303（183 aa）
链 A
319–421（103 aa）
链 A
522–799（278 aa）
链 C
121–303（183 aa）
链 C
319–421（103 aa）
链 C
522–799（278 aa）
链 O
121–303（183 aa）
链 O
319–421（103 aa）
链 O
522–799（278 aa）
链 S
121–303（183 aa）
链 S
319–421（103 aa）
链 S
522–799（278 aa）
|
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES | 093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
16% PEG 6K, 0.01 M NA CITRATE
|
分辨率 6.00 Å R-free 0.359 |
| 4D0M Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3 提交 2014-04-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
121–303（183 aa）
链 G
319–421（103 aa）
链 G
522–799（278 aa）
链 I
121–303（183 aa）
链 I
319–421（103 aa）
链 I
522–799（278 aa）
链 M
121–303（183 aa）
链 M
319–421（103 aa）
链 M
522–799（278 aa）
链 Q
121–303（183 aa）
链 Q
319–421（103 aa）
链 Q
522–799（278 aa）
|
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES | 093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
16% PEG 6K, 0.01 M NA CITRATE
|
分辨率 6.00 Å R-free 0.359 |
| 4D0M Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3 提交 2014-04-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 W
121–303（183 aa）
链 W
319–421（103 aa）
链 W
522–799（278 aa）
链 Y
121–303（183 aa）
链 Y
319–421（103 aa）
链 Y
522–799（278 aa）
链 c
121–303（183 aa）
链 c
319–421（103 aa）
链 c
522–799（278 aa）
链 g
121–303（183 aa）
链 g
319–421（103 aa）
链 g
522–799（278 aa）
|
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES | 093 N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
16% PEG 6K, 0.01 M NA CITRATE
|
分辨率 6.00 Å R-free 0.359 |
| 4WAE Phosphatidylinositol 4-kinase III beta crystallized with ATP 提交 2014-08-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
128–422（295 aa）
片段：UNP residues 130-422, UNP residues 523-799
链 A
523–799（277 aa）
片段：UNP residues 130-422, UNP residues 523-799
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol
0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.244 |
| 4WAG Phosphatidylinositol 4-kinase III beta crystallized with MI103 inhibitor 提交 2014-08-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
128–422（295 aa）
片段：UNP residues 128-422, UNP residues 523-799
链 A
523–799（277 aa）
片段：UNP residues 128-422, UNP residues 523-799
|
未记录 | 3K7 6-chloro-3-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-methylimidazo[1,2-b]pyridazin-8-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol
0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.251 |
| 5C46 Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta in complex with GTP gamma S loaded Rab11 提交 2015-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
121–248（128 aa）
链 E
288–407（120 aa）
链 E
508–784（277 aa）
|
突变：S294A 突变：S294A 突变：S294A | SO4 SULFATE ION × 2 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.246 |
| 5C4G Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta with the inhibitor BQR695 in complex with GDP loaded Rab11 提交 2015-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
121–248（128 aa）
链 E
288–407（120 aa）
链 E
508–784（277 aa）
|
突变：S294A 突变：S294A 突变：S294A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 BQR N~2~-[7-(3,4-dimethoxyphenyl)quinoxalin-2-yl]-N-methylglycinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.287 |
| 5EUQ Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta with a potent and selective inhibitor in complex with GDP loaded Rab11 提交 2015-11-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
121–248（128 aa）
链 E
523–799（277 aa）
|
突变：S294A 突变：S294A | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 5S8 ~{N}-[5-[3-[[(4-hydroxyphenyl)amino]-bis(oxidanyl)-$l^{4}-sulfanyl]-4-methoxy-phenyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl]cyclopentanecarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；290 K；PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.266 |
| 5FBL PI4KB in complex with Rab11 and the MI356 Inhibitor 提交 2015-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
128–422（295 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-799
链 A
523–799（277 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-799
|
未记录 | 5W9 ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-(4-methoxy-3-morpholin-4-ylsulfonyl-phenyl)-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1M Lithium chloride, 0.1M Citric acid pH=5, 10% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.269 |
| 5FBQ PI4KB in complex with Rab11 and the MI358 Inhibitor 提交 2015-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
128–422（295 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-799
链 A
523–799（277 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-799
|
未记录 | 5W6 ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-[3-[4-(hydroxymethyl)piperidin-1-yl]sulfonyl-4-methoxy-phenyl]-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris PH=7, 10% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.302 |
| 5FBR PI4KB in complex with Rab11 and the MI359 Inhibitor 提交 2015-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
128–422（295 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-799
链 A
523–799（277 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-799
|
未记录 | 5W7 ~{N}-[2-[[3-[3-[(4-azanylcyclohexyl)sulfamoyl]-4-methoxy-phenyl]-6-chloranyl-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15M amonium sulfate, 0.1M MES pH=6, 15% PEG 4000
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.264 |
| 5FBV PI4KB in complex with Rab11 and the MI364 Inhibitor 提交 2015-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
128–422（295 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-799
链 A
523–799（277 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-799
|
未记录 | 5W3 ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-[3-(2-hydroxyethylsulfamoyl)-4-methoxy-phenyl]-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethy l]ethanamide × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15M amonium sulfate, 0.1M MEW pH=6, 15% PEG 4000
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.281 |
| 5FBW PI4KB in complex with Rab11 and the MI369 Inhibitor 提交 2015-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
128–422（295 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-729,UNP Residues 128-422, 523-729
链 A
191–467（277 aa）
片段：UNP Residues 128-422, 523-729,UNP Residues 128-422, 523-729
|
未记录 | 5W8 ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-[4-methoxy-3-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]sulfamoyl]phenyl]-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH=6.5, 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.283 |
| 5NAS Crystal structure of human 14-3-3 zeta in complex with PI4KIIIB peptide 提交 2017-02-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
289–297（9 aa）
片段：UNP residues 289-297
链 D
289–297（9 aa）
片段：UNP residues 289-297
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；MES, PEG, ethylene glycol
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.231 |
| 6GL3 Crystal structure of human Phosphatidylinositol 4-kinase III beta (PI4KIIIbeta) in complex with ligand 44 提交 2018-05-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
317–428（112 aa）
链 A
532–798（267 aa）
|
未记录 | EMW (3~{S})-4-(6-azanyl-1-methyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)-~{N}-(4-methoxy-2-methyl-phenyl)-3-methyl-piperazine-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate,
22% (w/v) PEG3350,
10 mM Manganese(II)chloride
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.333 |
| 6GL3 Crystal structure of human Phosphatidylinositol 4-kinase III beta (PI4KIIIbeta) in complex with ligand 44 提交 2018-05-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
317–428（112 aa）
链 B
532–798（267 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate,
22% (w/v) PEG3350,
10 mM Manganese(II)chloride
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.333 |
| 8Q6F HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 4) 提交 2023-08-11 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
291–415（125 aa）
|
突变：R409Q,R412Q | KHR 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-2,5-dimethyl-7-(pyridin-4-ylmethylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.224 |
| 8Q6G HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 8) 提交 2023-08-11 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
291–415（125 aa）
|
突变：R409Q,R412Q | KIH 3-(3,4-dimethoxyphenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.221 |
| 8Q6H HUMAN PI4KIIIB IN COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (COMPOUND 11) 提交 2023-08-11 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
291–415（125 aa）
|
突变：R409Q,R412Q | MG MAGNESIUM ION × 1 KI7 3-(3-fluorosulfonyloxy-4-methoxy-phenyl)-7-[(4-fluorosulfonyloxyphenyl)methylamino]-2,5-dimethyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Sodium Formate
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.237 |
| 8VOF GI targeted CpPI4K inhibitor 提交 2024-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
121–407（287 aa）
|
突变：L294A,L374Y,P597Y | A1ADE methyl 2-chloro-5-(methyl{(8R)-3-[4-(methylcarbamoyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyridine-5-carbonyl}amino)benzoate × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.5M ammonium sulfate, 0.088M sodium citrate, 0.875M lithium sulfate, 2.4% glycerol, 2.5% ethylene glycol, 50mM HEPES pH 6.8
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.270 |