当前蛋白身份：Q9UGP5
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1NZP Solution Structure of the Lyase Domain of Human DNA Polymerase Lambda 提交 2003-02-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–327（86 aa）
片段：POLYMERASE LAMBDA LYASE DOMAIN(RESIDUES 242 - 327)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）5mM Tris, 100mM NaCl, 5mM NaN3；压力 ambient
NMR样品组成
2mM pol lambda 8 kDa domain U-15N,13C; 5mM Tris-d11; 100mM NaCl; 1mM DTT; 5mM NaN3 | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
245–575（331 aa）
片段：catalytic domain of polymerase lambda
|
突变：residues 245-575 | NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.260 |
| 1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
245–575（331 aa）
片段：catalytic domain of polymerase lambda
|
突变：residues 245-575 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.260 |
| 1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 I
245–575（331 aa）
片段：catalytic domain of polymerase lambda
|
突变：residues 245-575 | NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.260 |
| 1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 M
245–575（331 aa）
片段：catalytic domain of polymerase lambda
|
突变：residues 245-575 | NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.260 |
| 1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
242–575（334 aa）
片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 I
242–575（334 aa）
片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 M
242–575（334 aa）
片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 1XSN Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap and ddTTP 提交 2004-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
|
突变：C543A | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium Citrate, 2-propanol, sodium chloride, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.255 |
| 1XSP Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with nicked DNA and pyrophosphate 提交 2004-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
|
突变：C543A | NA SODIUM ION × 4 PPV PYROPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；2-propanol, sodium citrate, sodium chloride, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.242 |
| 2BCQ DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Dtmp 提交 2005-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.230 |
| 2BCR DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Damp 提交 2005-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.231 |
| 2BCS DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Dcmp 提交 2005-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 2BCU DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Damp and a T:T mismatch 提交 2005-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 2BCV DNA polymerase lambda in complex with Dttp and a DNA duplex containing an unpaired Dtmp 提交 2005-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 3 CAC CACODYLATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.253 |
| 2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.253 |
| 2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 I
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.253 |
| 2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 M
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.253 |
| 2JW5 Polymerase Lambda BRCT domain 提交 2007-10-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
34–135（102 aa）
片段：BRCT domain (residues 34-135)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0.075；压力 ambient
NMR样品组成
10 uM DSS, 25 mM TRIS, 75 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
10 uM DSS, 25 mM TRIS, 75 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2PFN Na in the active site of DNA Polymerase lambda 提交 2007-04-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | NA SODIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 2PFO DNA Polymerase lambda in complex with DNA and dUPNPP 提交 2007-04-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 4 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.242 |
| 2PFP DNA Polymerase lambda in complex with DNA and dCTP 提交 2007-04-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | NA SODIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.245 |
| 2PFQ Manganese promotes catalysis in a DNA polymerase lambda-DNA crystal 提交 2007-04-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.287 |
| 3C5F Structure of a binary complex of the R517A Pol lambda mutant 提交 2008-01-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：DNA binding region
|
突变：R517A | NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2M ammonium acetate, 100 mM Hepes, pH 7 and 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.263 |
| 3C5F Structure of a binary complex of the R517A Pol lambda mutant 提交 2008-01-31 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：DNA binding region
|
突变：R517A | NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2M ammonium acetate, 100 mM Hepes, pH 7 and 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.263 |
| 3C5G Structure of a ternary complex of the R517K Pol lambda mutant 提交 2008-01-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：DNA binding region
|
突变：R517K | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5 and 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.236 |
| 3C5G Structure of a ternary complex of the R517K Pol lambda mutant 提交 2008-01-31 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：DNA binding region
|
突变：R517K | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5 and 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.236 |
| 3HW8 ternary complex of DNA polymerase lambda of a two nucleotide gapped DNA substrate with a C in the scrunch site 提交 2009-06-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575, 39 kDa catalytic domain
|
突变：C543A | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2M sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.233 |
| 3HWT Ternary complex of DNA polymerase lambda bound to a two nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：C543A | D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；19% 2-propanol, ).1 M Na Cacodylate, pH 5.5, Na Citrate 0.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.261 |
| 3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain
|
突变：L277A, H511A, R514A ,C543A | D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 F
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain
|
突变：L277A, H511A, R514A ,C543A | D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 K
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain
|
突变：L277A, H511A, R514A ,C543A | D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 P
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain
|
突变：L277A, H511A, R514A ,C543A | D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 3MDA DNA polymerase lambda in complex with araC 提交 2010-03-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
252–575（324 aa）
|
未记录 | PPV PYROPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.259 |
| 3MDC DNA polymerase lambda in complex with dFdCTP 提交 2010-03-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
252–575（324 aa）
|
未记录 | GTF 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) × 1 NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.266 |
| 3MGH Binary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–462（221 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
链 A
472–575（104 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
|
突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 6.5；277 K；2-propanol, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 3MGH Binary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
242–462（221 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
链 C
472–575（104 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
|
突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET | NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 6.5；277 K；2-propanol, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 3MGI Ternary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–462（221 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
链 A
472–575（104 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
|
突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET | D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.270 |
| 3PML crystal structure of a polymerase lambda variant with a dGTP analog opposite a templating T 提交 2010-11-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | 1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5 and 10%PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.271 |
| 3PML crystal structure of a polymerase lambda variant with a dGTP analog opposite a templating T 提交 2010-11-17 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | 1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5 and 10%PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.271 |
| 3PMN ternary crystal structure of polymerase lambda variant with a GT mispair at the primer terminus with Mn2+ in the active site 提交 2010-11-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | 1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2M formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.243 |
| 3PNC Ternary crystal structure of a polymerase lambda variant with a GT mispair at the primer terminus and sodium at catalytic metal site 提交 2010-11-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | 1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；277 K；2M formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.236 |
| 3UPQ Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of polymerase lambda with an rATP analog opposite a templating T. 提交 2011-11-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
|
突变：SQEENGQQQ to KGET | ZAN 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Na HEPES pH 7.5, 1.0M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.244 |
| 3UQ0 Crystal structure of the post-catalytic product complex of polymerase lambda with an rAMP at the primer terminus. 提交 2011-11-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
|
突变：SQEENGQQQ to KGET | NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Na HEPES pH 7.5, 1.0M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.239 |
| 3UQ2 Crystal structure of the post-catalytic product complex of polymerase lambda with an rCMP inserted opposite a templating G and dAMP inserted opposite a templating T at the primer terminus. 提交 2011-11-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
|
突变：SQEENGQQQ to KGET | PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；170mM ammonium acetate, 85mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.254 |
| 4FO6 Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of polymerase lambda with a dATP analog opposite a templating T and an rCMP at the primer terminus. 提交 2012-06-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
|
突变：SQEENGQQQ to KGET | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 F2A 2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]adenosine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50mM MES pH 6.5, 9%(v/v) PEG400, 100mM KCL, 10mM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.231 |
| 4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.250 |
| 4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.250 |
| 4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 I
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.250 |
| 4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 M
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.250 |
| 4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 7 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.260 |
| 4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.260 |
| 4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 I
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.260 |
| 4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 M
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.260 |
| 4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 7 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.274 |
| 4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.274 |
| 4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 I
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.274 |
| 4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 M
245–575（331 aa）
|
未记录 | 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.274 |
| 4X5V Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating A and incorporated 8-oxo-dGMP 提交 2014-12-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
251–575（325 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6 and 1 M ammonium phosphate monobasic
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.245 |
| 4XA5 Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating A and an incoming 8-oxo-dGTP 提交 2014-12-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
251–575（325 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 8DG 8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 7.4 and 1.9 M sodium acetate trihydrate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.227 |
| 4XQ8 Human DNA polymerase lambda- MgdATP binary complex and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；0.1 M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES-Sodium, 0.1 M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.240 |
| 4XQ8 Human DNA polymerase lambda- MgdATP binary complex and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；0.1 M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES-Sodium, 0.1 M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.240 |
| 4XRH Human DNA polymerase lambda- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.251 |
| 4XRH Human DNA polymerase lambda- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.251 |
| 4XUS Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating A and an incoming dTTP 提交 2015-01-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
251–575（325 aa）
片段：UNP residues 251-575
|
未记录 | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium acetate trihydrate
2.0 M sodium formate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |
| 5CA7 Human DNA polymerase lambda- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-06-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.246 |
| 5CA7 Human DNA polymerase lambda- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-06-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.246 |
| 5CB1 Apo enzyme of human Polymerase lambda 提交 2015-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
250–575（326 aa）
片段：UNP residues 250-575
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.264 |
| 5CB1 Apo enzyme of human Polymerase lambda 提交 2015-06-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
250–575（326 aa）
片段：UNP residues 250-575
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.264 |
| 5CHG Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：L431A | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.247 |
| 5CHG Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：L431A | MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.247 |
| 5CJ7 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：L431A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.258 |
| 5CJ7 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：L431A | MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.258 |
| 5CP2 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：L431A | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.238 |
| 5CP2 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-21 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：L431A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.238 |
| 5CR0 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdCTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：L431A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.281 |
| 5CR0 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdCTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
突变：L431A | MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.281 |
| 5CWR Crystal Structure of human DNA polymerase lambda L431A mutant in complex with a one nucleotide DNA gap and dCTP 提交 2015-07-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
250–575（326 aa）
片段：UNP residues 250-575
|
突变：L431A | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.15 M Potassium Bromide, 30% Polyethylene Glycol Monomethyl ether 2000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 5CWR Crystal Structure of human DNA polymerase lambda L431A mutant in complex with a one nucleotide DNA gap and dCTP 提交 2015-07-28 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
250–575（326 aa）
片段：UNP residues 250-575
|
突变：L431A | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.15 M Potassium Bromide, 30% Polyethylene Glycol Monomethyl ether 2000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 5DDM Human DNA polymerase lambda- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-08-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.239 |
| 5DDM Human DNA polymerase lambda- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-08-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.239 |
| 5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.297 |
| 5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.297 |
| 5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.297 |
| 5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
242–575（334 aa）
片段：UNP residues 242-575
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.297 |
| 5DKW Ternary crystal structure of polymerase lambda with a GA mispair at the primer terminus with Ca2+ in the active 提交 2015-09-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
249–575（327 aa）
片段：UNP residues 249-575
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 30%(v/v) Jeffamine ED-2100 Reagent
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.233 |
| 5DKW Ternary crystal structure of polymerase lambda with a GA mispair at the primer terminus with Ca2+ in the active 提交 2015-09-04 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
249–575（327 aa）
片段：UNP residues 249-575
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 30%(v/v) Jeffamine ED-2100 Reagent
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.233 |
| 5III Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and an incoming dATP 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.225 |
| 5IIJ Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and an incoming dCTP 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 7.0 and 1.0 M sodium acetate trihydrate
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.224 |
| 5IIK Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and incorporated dC 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 2-7% PEG 4000
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.238 |
| 5IIL Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and incorporated dA 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.217 |
| 5IIM Crystal structure of the pre-catalytic ternary extension complex of DNA polymerase lambda with an 8-oxo-dG:dA base-pair 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.216 |
| 5IIN Crystal structure of the pre-catalytic ternary extension complex of DNA polymerase lambda with an 8-oxo-dG:dC base-pair 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.231 |
| 5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.235 |
| 5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.235 |
| 5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 I
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.235 |
| 5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 M
242–575（334 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.235 |
| 5W4G Importin binding to NLS peptide of DNA polymerase lambda 提交 2017-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4–32（29 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis Tris Propane
1.4 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.200 |
| 7M07 Pre-catalytic ternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；37.5mM Na cacodylate pH 6.5, 150mM KCl, 75mM magnesium acetate, 7.5% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.188 |
| 7M08 Post-catalytic nicked complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；37.5mM Na cacodylate pH 6.5, 150mM KCl, 75mM magnesium acetate, 7.5% (w/v) PEG8000
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.209 |
| 7M09 Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with blunt-ended DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；80mM Na cacodylate pH 6.5, 0.16mM calcium acetate, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.186 |
| 7M0A Incomplete in crystallo incorporation by DNA Polymerase Lambda bound to blunt-ended DSB substrate and incoming dTTP 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
未记录 | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；80mM Na cacodylate pH 6.5, 0.16M calcium acetate, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.193 |
| 7M0B Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound mismatched DSB and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；76.5mM Na cacodylate pH 6.5, 0.153M ammonium sulfate, 22.95% (w/v) PEG8000, 13.5% (v/v) glycerol, 0.2M NDSB-201
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.200 |
| 7M0C Post-catalytic nicked complex of DNA Polymerase Lambda with bound mismatched DSB substrate 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；76.5mM Na cacodylate pH 6.5, 0.153M ammonium sulfate, 22.95% (w/v) PEG 8000, 13.5% (v/v) glycerol, 0.2M NDSB-201
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.229 |
| 7M0D Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound complementary DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.192M tri-potassium citrate, 18.8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.189 |
| 7M0D Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound complementary DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
234–575（342 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 FMT FORMIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.192M tri-potassium citrate, 18.8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.189 |
| 7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
232–575（344 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.222 |
| 7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
232–575（344 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.222 |
| 7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
232–575（344 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.222 |
| 7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 D
232–575（344 aa）
|
未记录 | DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.222 |
| 7M43 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：Loop1, C543A | CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 5 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.231 |
| 7M44 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 90 sec 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：loop1, C543A | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.226 |
| 7M45 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 120 sec 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：loop1, C543A | PPV PYROPHOSPHATE × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.242 |
| 7M46 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 5 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：loop1, C543A | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PPV PYROPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.216 |
| 7M47 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：loop1, C543A | SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.208 |
| 7M48 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：loop1, C543A | NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 OXL OXALATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.220 |
| 7M49 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Reaction State Ternary Complex, 5 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：loop1, C543A | NA SODIUM ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.216 |
| 7M4A DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 20 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：loop1, C543A | PPV PYROPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.220 |
| 7M4B DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：loop1, C543A | MN MANGANESE (II) ION × 4 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.202 |
| 7M4C DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | PPV PYROPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.214 |
| 7M4D DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.254 |
| 7M4E DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 120 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.233 |
| 7M4F DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 300 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.241 |
| 7M4G DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.239 |
| 7M4H DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Reaction State Ternary Complex, 225 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.228 |
| 7M4I DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 420 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.247 |
| 7M4J DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.261 |
| 7M4K DNA Polymerase Lambda, TTPaS:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 YQS [[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.227 |
| 7M4L DNA Polymerase Lambda, TTPaS:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.215 |
| 7UN7 DNA Polymerase lambda in complex with a 1nt microhomology substrate 提交 2022-04-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–575（334 aa）
|
突变：C543A | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.247 |
| 8U0O Synaptic complex of human DNA polymerase Lambda DL variant engaged on a DNA double-strand break containing an unpaired 3' primer terminus 提交 2023-08-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
突变：Ser463-Gln471 deletion and replacement with KGET | NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M ADA pH 6.5, 1 M ammonium phosphate dibasic
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.259 |
| 8U0P Synaptic complex of human DNA polymerase Lambda DL variant engaged on a noncomplementary DNA double-strand break 提交 2023-08-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–464（231 aa）
链 A
472–575（104 aa）
|
突变：Glu465-Gln471 deletion and replacement with single glycine 突变：Glu465-Gln471 deletion and replacement with single glycine | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；85 mM Na cacodylate pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5 % (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.193 |
| 9EWB DNA Polymerase Lambda I493R, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–462（221 aa）
链 A
472–575（104 aa）
|
突变：I493R 突变：I493R | CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7,5, 300 mM Na-K tartrate, 22,5% PEG Smear high
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.225 |
| 9EWC DNA Polymerase Lambda I493R 528-530 NEY, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–462（221 aa）
链 A
472–575（104 aa）
|
突变：I493R,[528-530] NEY 突变：I493R,[528-530] NEY | NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7.5
300 mM Na-K tartrate
20% PEG 1000
|
分辨率 3.67 Å R-free 0.293 |
| 9EWC DNA Polymerase Lambda I493R 528-530 NEY, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
242–462（221 aa）
链 C
472–575（104 aa）
|
突变：I493R,[528-530] NEY 突变：I493R,[528-530] NEY | NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7.5
300 mM Na-K tartrate
20% PEG 1000
|
分辨率 3.67 Å R-free 0.293 |
| 9EWD DNA Polymerase Lambda I493K E529D, TMP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–462（221 aa）
链 A
472–575（104 aa）
|
未记录 | TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5
300 mM Na-K tartrate
20% PEG 20K
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.245 |
| 9EWE DNA Polymerase Lambda I493K, E529D, Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–462（221 aa）
链 A
472–575（104 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5
300 mM Na-K tartrate
14% PEG 10K
|
分辨率 3.04 Å R-free 0.279 |
| 9EWG DNA Polymerase Lambda I493K, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
242–462（221 aa）
链 A
472–575（104 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5
300 mM Na-K tartrate
17.5% PEG 20K
10 mM praseodyme acetate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.252 |
| 9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–575（575 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.63 Å |
| 9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–575（575 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 9NPU Pre-catalytic ternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate containing template ribonucleotide opposite primer terminus, and incoming dUMPNPP 提交 2025-03-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
234–575（342 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；68 mM Na cacodylate pH 6.5, 20.4% (w/v) PEG8000, 136 mM ammonium sulfate, 12% (v/v) glycerol
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.199 |