当前蛋白身份：Q9UHX1
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KXF Solution structure of the first two RRM domains of FBP-interacting repressor (FIR) 提交 2010-05-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
119–314（196 aa）
片段：UNP residues 119-314
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient
NMR样品组成
0.3-0.4 mM [U-15N] entity-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N] entity-5, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-6, 50 mM sodium chloride-7, 2 mM TCEP-8, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N; U70%-2H] entity-9, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-10, 50 mM sodium chloride-11, 2 mM TCEP-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KXH Solution structure of the first two RRM domains of FIR in the complex with FBP Nbox peptide 提交 2010-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
119–314（196 aa）
片段：UNP residues 119-314
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient
NMR测量条件
pH 8；318 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient
NMR样品组成
0.6 mM [U-15N] protein_1-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 1.25 mM protein_2-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
mM [U-13C; U-15N] protein_1-6, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-7, 50 mM sodium chloride-8, 2 mM TCEP-9, mM protein_2-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3 mM [U-13C; U-15N] protein_2-11, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-12, 50 mM sodium chloride-13, 2 mM TCEP-14, mM protein_1-15, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
mM [U-13C; U-15N] protein_1-16, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-17, 50 mM sodium chloride-18, 2 mM TCEP-19, mM protein_2-20, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 F
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 D
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 G
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 | Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 H
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 | Assembly 5 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 B
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 C
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 D
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 E
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 F
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 G
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 H
460–499（40 aa）
片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 3UE2 Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 1.23 A resolution 提交 2011-10-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
443–559（117 aa）
片段：RNA binding domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.23 Å R-free 0.160 |
| 3US5 Crystal structure of a RNA-binding domain of a poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 1.38 A resolution 提交 2011-11-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
443–559（117 aa）
片段：RRM 3 domain residues 443-559
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；2.40M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.181 |
| 3UWT Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 2.50 A resolution 提交 2011-12-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
118–316（199 aa）
片段：RNA binding domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.2M sodium chloride, 1.26M ammonium sulfate, 0.1M CHES pH 9.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 5KVY CRYSTAL STRUCTURE OF THE TWO TANDEM RRM DOMAINS OF PUF60 BOUND TO A PORTION OF AN ADML PRE-MRNA 3' SPLICE SITE ANALOG 提交 2016-07-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
118–316（199 aa）
片段：tandem RRM domains
链 B
118–316（199 aa）
片段：tandem RRM domains
|
突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M TRIS-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM Barium Chloride Dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM TRIS-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.232 |
| 5KW1 Crystal Structure of the Two Tandem RRM Domains of PUF60 Bound to a Modified AdML Pre-mRNA 3' Splice Site Analogue 提交 2016-07-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
118–316（199 aa）
片段：unp residues 118-316
链 B
118–316（199 aa）
片段：unp residues 118-316
|
突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M Tris-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM barium chloride dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.237 |
| 5KW6 Two Tandem RRM Domains of PUF60 Bound to an AdML Pre-mRNA 3' Splice Site Analogue with a Modified Binding-Site Nucleic Acid Base 提交 2016-07-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
118–316（199 aa）
片段：unp residues 118-316
链 B
118–316（199 aa）
片段：unp residues 118-316
|
突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M Tris-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM barium chloride dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.226 |
| 5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
118–316（199 aa）
|
突变：R106G, C112S, C238A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.256 |
| 5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
118–316（199 aa）
|
突变：R106G, C112S, C238A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.256 |
| 5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
118–316（199 aa）
链 B
118–316（199 aa）
|
突变：R106G, C112S, C238A 突变：R106G, C112S, C238A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.256 |
| 6LUR Human PUF60 UHM domain (thioredoxin fusion) in complex with a small molecule binder 提交 2020-01-30 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
460–559（100 aa）
链 B
460–559（100 aa）
链 C
460–559（100 aa）
链 D
460–559（100 aa）
链 E
460–559（100 aa）
链 F
460–559（100 aa）
链 G
460–559（100 aa）
链 H
460–559（100 aa）
|
未记录 | EVU 4-[2-[4-(aminomethyl)phenyl]phenyl]piperazin-2-one × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3-1.6M AmSO4, 0.2M potassium formate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.253 |
| 6SLO Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine 提交 2019-08-20 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
417–516（100 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.207 |
| 6SLO Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine 提交 2019-08-20 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
417–516（100 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.207 |
| 6SLO Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine 提交 2019-08-20 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
417–516（100 aa）
|
未记录 | LJT 2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.207 |
| 6SLO Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine 提交 2019-08-20 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
417–516（100 aa）
|
未记录 | LJT 2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.207 |
| 7Q8A Crystal structure of tandem domain RRM1-2 of FUBP-interacting repressor (FIR) bound to FUSE ssDNA fragment 提交 2021-11-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
114–310（197 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；25% w/v PEG3350, 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Bis-Tris , pH5.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.247 |
| 7Q8A Crystal structure of tandem domain RRM1-2 of FUBP-interacting repressor (FIR) bound to FUSE ssDNA fragment 提交 2021-11-10 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
114–310（197 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；25% w/v PEG3350, 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Bis-Tris , pH5.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.247 |
| 7Z3X Crystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA 提交 2022-03-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
114–308（195 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG3350
0.1M Bis-Tris, pH5.5
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.214 |
| 7Z3X Crystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA 提交 2022-03-02 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
114–308（195 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG3350
0.1M Bis-Tris, pH5.5
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.214 |