当前蛋白身份：Q9WYW0
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1YC5 Sir2-p53 peptide-nicotinamide 提交 2004-12-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.6；293 K；CHES, PEG3350, nicotinamide, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.202 |
| 2H2D The Structural Basis for Sirtuin Substrate Affinity 提交 2006-05-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
片段：Sir2Tm
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.6；298 K；20% PEG 3350, 0.1 M CHES pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 9.60
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.237 |
| 2H2F The Structural basis for Sirtuin Substrate affinity 提交 2006-05-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.6；298 K；20% PEG, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 9.60
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.246 |
| 2H2G The Structural Basis of Sirtuin substrate affinity 提交 2006-05-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；293.15 K；20% PEG, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, temperature 293.15K
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.226 |
| 2H2G The Structural Basis of Sirtuin substrate affinity 提交 2006-05-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；293.15 K；20% PEG, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, temperature 293.15K
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.226 |
| 2H2H The Structural basis of sirtuin substrate specificity 提交 2006-05-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293.15 K；20 % PEG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 9.5
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分辨率 2.20 Å R-free 0.239 |
| 2H2I The Structural basis of Sirtuin Substrate Affinity 提交 2006-05-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 ZPG (2S,5R,8R,11S,14S,17S,21R)-5,8,11,14,17-PENTAMETHYL-4,7,10,13,16,19-HEXAOXADOCOSANE-2,21-DIOL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.5M (NH4)2SO4, 4% PPG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.213 |
| 2H4F Sir2-p53 peptide-NAD+ 提交 2006-05-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.6；293 K；CHES, PEG3350, NAD, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.228 |
| 2H4H Sir2 H116Y mutant-p53 peptide-NAD 提交 2006-05-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
突变：H116Y | ZN ZINC ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.6；293 K；CHES, PEG 3350, pH9.6, NAD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.237 |
| 2H4J Sir2-deacetylated peptide (from enzymatic turnover in crystal) 提交 2006-05-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.6；293 K；CHES, PEG3350, PH9.6, acetylated peptide. Crystals were soaked in cryo + 5mM NAD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.246 |
| 2H59 Sir2 H116A-deacetylated p53 peptide-3'-o-acetyl ADP ribose 提交 2006-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
链 B
1–246（246 aa）
|
突变：H116A 突变：H116A | ZN ZINC ION × 2 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 3OD (2S,3S,4R,5S)-2-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-4,5-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-3-YL ACETATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；PEG 8000, Na-Tartrate:K-Phosphate, NaCl, NAD, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
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分辨率 1.90 Å R-free 0.247 |
| 3D4B Crystal structure of Sir2Tm in complex with Acetyl p53 peptide and DADMe-NAD+ 提交 2008-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 DZD 5'-O-[(R)-{[(R)-{[(3R,4R)-1-(3-carbamoylbenzyl)-4-hydroxypyrrolidin-3-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]adenosine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；292 K；PEG 3350, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
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分辨率 1.90 Å R-free 0.229 |
| 3D81 Sir2-S-alkylamidate complex crystal structure 提交 2008-05-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；PEG3350, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.50 Å R-free 0.246 |
| 3JR3 Sir2 bound to acetylated peptide 提交 2009-09-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
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突变：H116A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.2；298 K；pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 1.50 Å R-free 0.228 |
| 3PDH Structure of Sir2Tm bound to a propionylated peptide 提交 2010-10-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；Crystals were obtained from 1:1 mix of protein and the well solution (9.5% (w/v) PEG3350, 100 mM CHES buffer), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 4BUZ SIR2 COMPLEX STRUCTURE MIXTURE OF EX-527 INHIBITOR AND REACTION PRODUCTS OR OF REACTION SUBSTRATES P53 PEPTIDE AND NAD 提交 2013-06-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
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未记录 | OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；8.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.194 |
| 4BV2 CRYSTAL STRUCTURE OF SIR2 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527, 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE AND DEACETYLATED P53-PEPTIDE 提交 2013-06-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.9；20% PEG 6000, 0.1 M BIS-TRIS PH5.9
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.318 |
| 4BV2 CRYSTAL STRUCTURE OF SIR2 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527, 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE AND DEACETYLATED P53-PEPTIDE 提交 2013-06-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–246（246 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.9；20% PEG 6000, 0.1 M BIS-TRIS PH5.9
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.318 |
| 4BV2 CRYSTAL STRUCTURE OF SIR2 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527, 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE AND DEACETYLATED P53-PEPTIDE 提交 2013-06-24 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.9；20% PEG 6000, 0.1 M BIS-TRIS PH5.9
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.318 |
| 4BV2 CRYSTAL STRUCTURE OF SIR2 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527, 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE AND DEACETYLATED P53-PEPTIDE 提交 2013-06-24 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–246（246 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.9；20% PEG 6000, 0.1 M BIS-TRIS PH5.9
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.318 |