当前蛋白身份：Q9Y4G2
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350
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分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350
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分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350
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分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350
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分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 5DPS Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAP_2-117 提交 2015-09-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP O95166 residues 2-117
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；4% v/v Tacsimate pH 8.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
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分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 5DPS Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAP_2-117 提交 2015-09-14 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP O95166 residues 2-117
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；4% v/v Tacsimate pH 8.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 5DPS Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAP_2-117 提交 2015-09-14 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP O95166 residues 2-117
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；4% v/v Tacsimate pH 8.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
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分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117
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未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.260 |
| 5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
627–638（12 aa）
片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.260 |
| 5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
629–642（14 aa）
片段：UNP residues 629-642
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
629–642（14 aa）
片段：UNP residues 629-642
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
629–642（14 aa）
片段：UNP residues 629-642
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
629–642（14 aa）
片段：UNP residues 629-642
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 J
629–642（14 aa）
片段：UNP residues 629-642
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
629–642（14 aa）
片段：UNP residues 629-642
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 N
629–642（14 aa）
片段：UNP residues 629-642
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
629–642（14 aa）
片段：UNP residues 629-642
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
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分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 8JC5 Crystal structure of PLEKHM1 RUN domain in complex with GTP-bound Arl8b(Q75L) 提交 2023-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
10–205（196 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M TRIS pH=7.6, 18% (w/v) PEG 8000
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分辨率 2.01 Å R-free 0.201 |
| 8JC5 Crystal structure of PLEKHM1 RUN domain in complex with GTP-bound Arl8b(Q75L) 提交 2023-05-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
10–205（196 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M TRIS pH=7.6, 18% (w/v) PEG 8000
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分辨率 2.01 Å R-free 0.201 |