当前蛋白身份：Q9Y4P1
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2CY7 The crystal structure of human Atg4B 提交 2005-07-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；potassium phosphate, sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.247 |
| 2D1I Structure of human Atg4b 提交 2005-08-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；0.65M tri-Sodium citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.283 |
| 2D1I Structure of human Atg4b 提交 2005-08-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；0.65M tri-Sodium citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.283 |
| 2Z0D The crystal structure of human Atg4B- LC3(1-120) complex 提交 2007-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–354（354 aa）
片段：residues (-2)-354
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突变：H280A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.227 |
| 2Z0E The crystal structure of human Atg4B- LC3(1-124) complex 提交 2007-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–354（354 aa）
片段：residues (-2)-354
|
突变：H280A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.229 |
| 2ZZP The crystal structure of human Atg4B(C74S)- LC3(1-124) complex 提交 2009-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–354（354 aa）
片段：residues in database 1-354
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突变：C74S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.05 Å R-free 0.251 |
| 5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
384–393（10 aa）
片段：UNP residues 384-393
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.237 |
| 5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
384–393（10 aa）
片段：UNP residues 384-393
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.237 |
| 5LXH GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
384–393（10 aa）
片段：UNP residues 384-393
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M AMSO4, 40 % PEG 4000, 15 % glycerol
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.237 |
| 5LXI GABARAP-L1 ATG4B LIR Complex 提交 2016-09-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
384–393（10 aa）
片段：UNP residues 384-393
链 E
384–393（10 aa）
片段：UNP residues 384-393
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PER PEROXIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MgCl2, 24.6 % PEG 400, 29.5 % PEG 8000, 0.1M TRIS 8.5
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.230 |