当前蛋白身份：S6B291
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
133–241（109 aa）
片段：mouse Fv,human Fc
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.253 |
| 3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
133–241（109 aa）
片段：mouse Fv,human Fc
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.253 |
| 3MNZ Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide bearing Ala substitutions in a helical conformation 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
133–241（109 aa）
片段：mouse Fv,human Fc
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II, condition with 0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350. Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 4EOW Crystal structure of a disease-associated anti-human GM-CSF autoantibody MB007 提交 2012-04-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
137–237（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.4；277 K；19% PEG 4000, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.257 |
| 4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
132–241（110 aa）
片段：HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN
|
突变：YES,YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.223 |
| 4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
132–241（110 aa）
片段：HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN
|
突变：YES,YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.223 |
| 5C7K Crystal structure BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer bound to broadly neutralizing antibodies PGT128 and 8ANC195 提交 2015-06-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
129–240（112 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；280 K；0.05 M lithium sulfate, 0.05 M sodium sulfate, 26% (w/v) PEG 400 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.3
|
分辨率 4.60 Å R-free 0.295 |
| 5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
20–239（220 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.278 |
| 5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
20–239（220 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.278 |
| 5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
20–239（220 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.278 |
| 5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 K
20–239（220 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.278 |
| 5D9Q Crystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Complex with the Broadly Neutralizing Fab PGT122 and scFv NIH45-46 提交 2015-08-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 F
132–239（108 aa）
链 H
132–239（108 aa）
链 N
132–239（108 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.0
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.320 |
| 5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
126–243（118 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.252 |
| 5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
126–243（118 aa）
|
未记录 | A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.252 |
| 5VIC Crystal structure of anti-Zika antibody Z004 bound to DENV-1 Envelope protein DIII 提交 2017-04-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
126–242（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 30% w/v PEG 1500
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.286 |
| 5VIG Crystal structure of anti-Zika antibody Z006 bound to Zika virus envelope protein DIII 提交 2017-04-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
129–242（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；10% isopropanol, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% PEG 400
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.257 |
| 5VIG Crystal structure of anti-Zika antibody Z006 bound to Zika virus envelope protein DIII 提交 2017-04-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
129–242（114 aa）
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；10% isopropanol, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% PEG 400
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.257 |
| 5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 H
137–236（100 aa）
链 J
137–236（100 aa）
链 K
137–237（101 aa）
链 M
137–237（101 aa）
链 O
137–237（101 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 5VJ6 BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies PG9 and 8ANC195 提交 2017-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 M
137–237（101 aa）
链 O
137–237（101 aa）
链 Q
137–237（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 11.50 Å |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
132–239（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
132–239（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
132–239（108 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
132–239（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VOB Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21 提交 2017-05-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 H
126–241（116 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；10% (wt/vol) PEG400
10% isopropanol
2% (wt/vol) benzamidine
0.1M Tris pH 8.2
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.237 |
| 5VOC Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21 - Low resolution dataset for initial phasing by SAD 提交 2017-05-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 H
126–241（116 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；10% (wt/vol) PEG400
10% isopropanol
2% (wt/vol) benzamidine
0.1M Tris pH 8.2
|
分辨率 3.99 Å R-free 0.276 |
| 5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 H
132–241（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500
0.1 M MES pH 6.2
0.00001 M phenol
|
分辨率 5.90 Å R-free 0.299 |
| 5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 H
132–241（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500
0.1 M MES pH 6.2
0.00001 M phenol
|
分辨率 5.90 Å R-free 0.299 |
| 5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
126–239（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5
1 M NaCl
11% PEG3350
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.292 |
| 5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
126–239（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5
1 M NaCl
11% PEG3350
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.292 |
| 6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
125–238（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.227 |
| 6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
125–238（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.227 |
| 6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
125–238（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.228 |
| 6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
125–238（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.228 |
| 6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
125–238（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.222 |
| 6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
125–238（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.222 |
| 6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
125–238（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.213 |
| 6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
125–238（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.213 |
| 6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
125–238（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.216 |
| 6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
125–238（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.216 |
| 6B9Z Trastuzumab Fab v3 提交 2017-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
125–239（115 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG3350
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分辨率 1.82 Å R-free 0.189 |
| 6BAE Trastuzumab Fab v3 in complex with CQFDLSTRRLKC 提交 2017-10-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
125–239（115 aa）
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突变：A175C, R217K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350
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分辨率 2.14 Å R-free 0.224 |
| 6DCQ Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab 提交 2018-05-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 H
134–241（108 aa）
链 M
134–241（108 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent removed with Biobeads prior to grid freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force 0
Blot time 5 sec
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分辨率 3.10 Å |
| 6OKP B41 SOSIP.664 in complex with the silent-face antibody SF12 and V3-targeting antibody 10-1074 提交 2019-04-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 K
138–243（106 aa）
链 M
126–243（118 aa）
链 O
126–243（118 aa）
链 Q
126–243（118 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids
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分辨率 3.28 Å |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
125–243（119 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
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分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
125–243（119 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
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分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
125–243（119 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
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分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
125–243（119 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
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分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
125–243（119 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
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分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6VTU DH717.1 Fab monomer in complex with man9 glycan 提交 2020-02-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
137–237（101 aa）
片段：FAB,FAB
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 30% PEG4000
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分辨率 2.61 Å R-free 0.224 |