当前蛋白身份：S6C4S0
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4O58 Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/3/1975 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
161–245（85 aa）
片段：Fab F045-092 heavy chain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SO4 SULFATE ION × 42 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；277 K；1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.1, 4% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.224 |
| 4O5I Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 M
161–245（85 aa）
片段：Fab F045-092 heavy chain
链 O
161–245（85 aa）
片段：Fab F045-092 heavy chain
链 Q
161–245（85 aa）
片段：Fab F045-092 heavy chain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 400, 30% 1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.248 |
| 4O5I Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 S
161–245（85 aa）
片段：Fab F045-092 heavy chain
链 U
161–245（85 aa）
片段：Fab F045-092 heavy chain
链 W
161–245（85 aa）
片段：Fab F045-092 heavy chain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 400, 30% 1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.248 |
| 5UGY Influenza hemagglutinin in complex with a neutralizing antibody 提交 2017-01-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
138–243（106 aa）
片段：Fab
链 I
138–243（106 aa）
片段：Fab
链 J
138–243（106 aa）
片段：Fab
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, 5% PEG400, pH 7.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.289 |
| 5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
143–247（105 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.262 |
| 5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
143–247（105 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.262 |
| 5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 K
143–247（105 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.262 |
| 5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Q
143–247（105 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.262 |
| 5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30 | Assembly 5 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 O
143–247（105 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.262 |
| 5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30 | Assembly 6 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 M
143–247（105 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.262 |
| 6CBJ Crystal Structure of DH270.3 Fab in complex with Man9 提交 2018-02-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
143–247（105 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1 M sodium/potassium phosphate, pH 5.6
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.231 |
| 6MYY Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 3 Fabs bound, sharpened map 提交 2018-11-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
132–248（117 aa）
片段：germline VH gene reverted sequences of VH1-2*02, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01
链 G
132–248（117 aa）
片段：germline VH gene reverted sequences of VH1-2*02, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01
链 H
132–248（117 aa）
片段：germline VH gene reverted sequences of VH1-2*02, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6MZJ Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 2 Fabs bound, sharpened map 提交 2018-11-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 D
132–248（117 aa）
片段：germline VH reverted sequences of VH1-2*02, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01
链 H
132–248（117 aa）
片段：germline VH reverted sequences of VH1-2*02, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6UDK HIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074 提交 2019-09-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 D
140–249（110 aa）
链 H
140–249（110 aa）
链 M
140–249（110 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3.5 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids
|
分辨率 3.90 Å |
| 6UTA Crystal structure of Z004 iGL Fab in complex with ZIKV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
129–249（121 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；% w/v tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.291 |
| 6UTA Crystal structure of Z004 iGL Fab in complex with ZIKV EDIII 提交 2019-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
129–249（121 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；% w/v tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.291 |