10tx

Tissue Non-specific Alkaline Phosphatase -S110A bound to PPi

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 175.8 Å Quality: SUSPICIOUS

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alkaline phosphatase, tissue-nonspecific isozyme

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 4 其他聚合物 9 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 17–501 链 B； UniProt 17–501 链 C； UniProt 17–501 链 D； UniProt 17–501	突变：S110A	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 NA SODIUM ION × 4 POP PYROPHOSPHATE 2- × 4 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.15 M phosphate/citrate pH 4.0, 0.2 M NaCl, 0-30 mM phosphate, 5% glycerol, 14-16% PEG 10,000	分辨率 2.25 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 10TX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10TV Tissue Non-specific Alkaline Phosphatase -S110A bound to phosphocreatine 提交 2026-02-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 17–501（485 aa）链 B 17–501（485 aa）链 C 17–501（485 aa）链 D 17–501（485 aa）	突变：S110A 突变：S110A 突变：S110A 突变：S110A	XDC Phosphocreatine × 4 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 10 NA SODIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.15 M phosphate/citrate pH 4.0, 0.2 M NaCl, 0-30 mM phosphate, 5% glycerol, 14-16% PEG 10,000	分辨率 2.26 Å R-free 0.216
10TW Tissue Non-specific Alkaline Phosphatase -D370G bound to phosphocreatine 提交 2026-02-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–501（485 aa）链 B 17–501（485 aa）链 C 17–501（485 aa）链 D 17–501（485 aa）	突变：D370G 突变：D370G 突变：D370G 突变：D370G	PO4 PHOSPHATE ION × 4 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 GOL GLYCEROL × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.15 M phosphate/citrate pH 4.0, 0.2 M NaCl, 0-30 mM phosphate, 5% glycerol, 14-16% PEG 10,000	分辨率 2.12 Å R-free 0.216
10TY Tissue Non-specific Alkaline Phosphatase -S110A bound to PPi with ethylene glycol 提交 2026-02-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–501（485 aa）链 B 17–501（485 aa）链 C 17–501（485 aa）链 D 17–501（485 aa）	突变：S110A 突变：S110A 突变：S110A 突变：S110A	POP PYROPHOSPHATE 2- × 4 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.15 M phosphate/citrate pH 4.0, 0.2 M NaCl, 0-30 mM phosphate, 14-16% PEG 10,000	分辨率 2.28 Å R-free 0.249
10TZ Tissue Non-specific Alkaline Phosphatase -S110A bound to ATP 提交 2026-02-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–501（485 aa）链 B 17–501（485 aa）链 C 17–501（485 aa）链 D 17–501（485 aa）	突变：S110A 突变：S110A 突变：S110A 突变：S110A	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 FLC CITRATE ANION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.15 M phosphate/citrate pH 4.0, 0.2 M NaCl, 0-30 mM phosphate, 5% glycerol, 14-16% PEG 10,000	分辨率 2.71 Å R-free 0.310

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPBT_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–487； UniProt 17–501 作者链 B； PDB构建体 3–487； UniProt 17–501 作者链 C； PDB构建体 3–487； UniProt 17–501 作者链 D； PDB构建体 3–487； UniProt 17–501

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	10tx
沉积日期 deposition_date	2026-02-09
结构标题 title	Tissue Non-specific Alkaline Phosphatase -S110A bound to PPi
关键词 keywords	TNAP, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.89 Å
零角强度 I(0) i0	760173000.00
分子量 molecular_weight	220340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	271930 Å³
包络体积 envelope_volume	352980 Å³
水化壳体积 shell_volume	59180 Å³
包络直径 envelope_diameter	192.0 Å
壳层 Rg shell_rg	49.98 Å
包络 Rg envelope_rg	52.92 Å
形状 Rg shape_rg	52.89 Å
总 Rg total_rg	52.80 Å
总原子数 total_atoms	15433
残基数 n_residues	1919
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.8 Å
Rg (实空间) rg_real	52.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	759000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4822
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.569
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	106100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.475; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.007; Positv: 1.000; Valcen: 0.664; Smooth: 0.153

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alkaline phosphatase, tissue-nonspecific isozyme
分子量 formula_weight	54634.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.1,3.9.1.1
突变 mutation	S110A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16274

DGSFVPEKERDPSYWRQQAQETLKNALKLQKLNTNVAKNVIMFLGDGMGVSTVTAARILKGQLHHNTGEETRLEMDKFPFVALSKTYNTNAQVPDAAGTATAYLCGVKANEGTVGVSAATERTRCNTTQGNEVTSILRWAKDAGKSVGIVTTTRVNHATPSAAYAHSADRDWYSDNEMPPEALSQGCKDIAYQLMHNIKDIDVIMGGGRKYMYPKNRTDVEYELDEKARGTRLDGLDLISIWKSFKPRHKHSHYVWNRTELLALDPSRVDYLLGLFEPGDMQYELNRNNLTDPSLSEMVEVALRILTKNLKGFFLLVEGGRIDHGHHEGKAKQALHEAVEMDQAIGKAGAMTSQKDTLTVVTADHSHVFTFGGYTPRGNSIFGLAPMVSDTDKKPFTAILYGNGPGYKVVDGERENVSMVDYAHNNYQAQSAVPLRHETHGGEDVAVFAKGPMAHLLHGVHEQNYIPHVMAYASCIGANLDHCAWAGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1057.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	797

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.305 Å
晶胞边长 b length_b	118.893 Å
晶胞边长 c length_c	346.483 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	39.660 Å
R 因子 r_factor	0.1909
R_work r_work	0.1903
R_free r_free	0.2318

fit	/app/data/saxs_computation/0t/10tx/10tx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/0t/10tx/10tx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/0t/10tx/10tx.dat