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13sn

PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2757439080

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase MYLIP

Homo sapiens

UniProt Q8WY64

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 369–445 链 B； UniProt 369–445 未记录 ZN ZINC ION × 4 Q7L (3P)-3-(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-1H-pyrazole × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000 分辨率 1.44 Å R-free 0.204
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 369–445 链 D； UniProt 369–445 未记录 ZN ZINC ION × 4 Q7L (3P)-3-(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-1H-pyrazole × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000 分辨率 1.44 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 13SN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
13RZ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1118527729 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CX8 2-{[(1R,2R)-2-methylcyclopentyl]amino}ethan-1-ol × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.66 Å R-free 0.229
13RZ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1118527729 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CX8 2-{[(1R,2R)-2-methylcyclopentyl]amino}ethan-1-ol × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.66 Å R-free 0.229
13SA PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1251361039 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 A1CYA (2R)-2-hydroxy-N-[(Z)-(pyridin-2-yl)methylidene]propanamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.57 Å R-free 0.234
13SA PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1251361039 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.57 Å R-free 0.234
13SB PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1456069604 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 KF8 N-[(3S)-piperidin-3-yl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.48 Å R-free 0.218
13SB PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1456069604 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 KF8 N-[(3S)-piperidin-3-yl]benzamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.48 Å R-free 0.218
13SC PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1491353358 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 WNM (3S)-1-(phenylsulfonyl)pyrrolidin-3-amine × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.48 Å R-free 0.209
13SC PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1491353358 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 WNM (3S)-1-(phenylsulfonyl)pyrrolidin-3-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.48 Å R-free 0.209
13SD PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1516316257 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYB 3-ethyl-5-methyl-4-[(3-methyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl]-1,2-oxazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.52 Å R-free 0.192
13SD PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1516316257 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.52 Å R-free 0.192
13SE PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1587220559 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.44 Å R-free 0.198
13SE PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1587220559 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 T1J 2-{[(1H-benzimidazol-2-yl)amino]methyl}phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.44 Å R-free 0.198
13SF PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1685106505 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 TQC (3M)-5-cyclobutyl-3-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)-1,2,4-oxadiazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.71 Å R-free 0.265
13SF PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1685106505 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.71 Å R-free 0.265
13SG PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1891773476 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1BNE 1-[(2R)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-yl]-N-methylmethanamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.73 Å R-free 0.239
13SG PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1891773476 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1BNE 1-[(2R)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-yl]-N-methylmethanamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.73 Å R-free 0.239
13SH PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z234898049 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYF 3-(5-methyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)aniline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.60 Å R-free 0.233
13SH PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z234898049 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYF 3-(5-methyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)aniline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.60 Å R-free 0.233
13SI PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2574937229 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 WJG (S)-1-(4-methoxyphenyl)-1-phenylmethanamine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.211
13SI PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2574937229 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 WJG (S)-1-(4-methoxyphenyl)-1-phenylmethanamine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.211
13SJ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2643472210 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 JGY 1-methyl-N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}-1H-pyrazole-3-carboxamide × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.47 Å R-free 0.204
13SJ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2643472210 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.47 Å R-free 0.204
13SK PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2692078340 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W1Y N-methyl-1-(1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl)methanamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.230
13SK PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2692078340 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W1Y N-methyl-1-(1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl)methanamine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.230
13SL PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z275151340 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 JHP 4-chloro-N-cyclopentyl-1-methyl-1H-pyrazole-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.34 Å R-free 0.214
13SL PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z275151340 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 JHP 4-chloro-N-cyclopentyl-1-methyl-1H-pyrazole-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.34 Å R-free 0.214
13SM PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z275179946 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GW1 (4-chloranyl-2-methyl-pyrazol-3-yl)-piperidin-1-yl-methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.205
13SM PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z275179946 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GW1 (4-chloranyl-2-methyl-pyrazol-3-yl)-piperidin-1-yl-methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.205
13SO PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z285233820 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 KB3 (5M)-5-(2-methoxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.61 Å R-free 0.226
13SO PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z285233820 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 KB3 (5M)-5-(2-methoxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-amine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.61 Å R-free 0.226
13SP PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z364577298 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYC 1-[(3S)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]ethan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.261
13SP PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z364577298 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.261
13SQ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z369936976 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 U0P N'-cyclopropyl-N-methyl-N-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)methyl]urea × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.30 Å R-free 0.200
13SQ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z369936976 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 U0P N'-cyclopropyl-N-methyl-N-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)methyl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.30 Å R-free 0.200
13SR PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z48852953 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYD 4-methyl-N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.65 Å R-free 0.230
13SR PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z48852953 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYD 4-methyl-N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-amine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.65 Å R-free 0.230
13SS PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z57475877 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 S7S ~{N}-(2-ethyl-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
13SS PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z57475877 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
13ST PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z608065044 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.37 Å R-free 0.200
13ST PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z608065044 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1H9V ~{N},~{N}-dimethyl-1~{H}-pyrazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.37 Å R-free 0.200
13SU PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z68404778 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 B1A ~{N}-(4-phenylazanylphenyl)ethanamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.50 Å R-free 0.201
13SU PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z68404778 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.50 Å R-free 0.201
13SV PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z954606858 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 VW4 (2S)-2-phenylpropane-1-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.68 Å R-free 0.233
13SV PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z954606858 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.68 Å R-free 0.233
13SW PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0087 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1AJM (3S)-3-(4-fluorophenyl)piperidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.37 Å R-free 0.213
13SW PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0087 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.37 Å R-free 0.213
13SX PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0134 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.36 Å R-free 0.199
13SX PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0134 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYE methyl (3R,4R)-4-(3-methoxyphenyl)oxane-3-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.36 Å R-free 0.199
13SY PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0041 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W2J [(3R,5R)-5-methylpiperidin-3-yl]methanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.29 Å R-free 0.203
13SY PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0041 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W2J [(3R,5R)-5-methylpiperidin-3-yl]methanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.29 Å R-free 0.203
13SZ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with NCL-00023835 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1H6Y 1-bromanyl-4-methylsulfonyl-benzene × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.49 Å R-free 0.214
13SZ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with NCL-00023835 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1H6Y 1-bromanyl-4-methylsulfonyl-benzene × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.49 Å R-free 0.214
13TA PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1741976468 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 XJV imidazolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.51 Å R-free 0.222
13TA PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1741976468 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 XJV imidazolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.51 Å R-free 0.222
13TB PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2301685688 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W3M 1H-imidazole-5-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.55 Å R-free 0.218
13TB PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2301685688 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W3M 1H-imidazole-5-carbonitrile × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.55 Å R-free 0.218
2YHN The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
链 B 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M SODIUM ACETATE PH 7-8, 16-20% MPD.
分辨率 3.00 Å R-free 0.297
2YHO The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 10% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
2YHO The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 10% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
2YHO The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 10% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
2YHO The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 10% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
6QLY IDOL FERM domain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–344（344 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Tris pH 8.5, 20mM MgSO4, 4% (w/v) ethylene glycol, 12% (w/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
6QLY IDOL FERM domain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–344（344 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Tris pH 8.5, 20mM MgSO4, 4% (w/v) ethylene glycol, 12% (w/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
6QLZ IDOL F3ab subdomain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–283（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Hepes pH 7.0 10% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.34 Å
6QLZ IDOL F3ab subdomain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 183–283（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Hepes pH 7.0 10% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.34 Å
6QLZ IDOL F3ab subdomain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 183–283（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Hepes pH 7.0 10% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.34 Å
9SA1 The RING domain of IDOL 提交 2025-08-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；200 mM Magnesium chloride hexahydrate, 100 mM Bis-tris, 25% w/v PEG 3350
分辨率 1.06 Å R-free 0.177
9SA2 The RING domain of IDOL 提交 2025-08-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.10 Å R-free 0.174
9SA2 The RING domain of IDOL 提交 2025-08-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.10 Å R-free 0.174

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYLIP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–78； UniProt 369–445 作者链 B； PDB构建体 2–78； UniProt 369–445 作者链 C； PDB构建体 2–78； UniProt 369–445 作者链 D； PDB构建体 2–78； UniProt 369–445

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 13sn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 13sn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id13sn
沉积日期 deposition_date2025-10-10
最后修订 last_revision2025-12-10
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2757439080
关键词 keywordsDiamond I04-1 fragment screening, PanDDA, XChemExplorer, E3, ubiquitin, Zinc finger, RING, ligase; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.52 Å
零角强度 I(0) i022326100.00
分子量 molecular_weight32299.0 kDa
排除体积 excluded_volume38915 ų
包络体积 envelope_volume49860 ų
水化壳体积 shell_volume20378 ų
包络直径 envelope_diameter68.7 Å
壳层 Rg shell_rg26.86 Å
包络 Rg envelope_rg20.65 Å
形状 Rg shape_rg20.53 Å
总 Rg total_rg21.31 Å
总原子数 total_atoms2192
残基数 n_residues275
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.6 Å
Rg (实空间) rg_real21.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22330000.0000
解质量估计 total_estimate0.9099
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary64.7 Å
偏度 Skewness skewness0.121
峰度 Kurtosis kurtosis-0.481
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1760000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.995
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)