← 返回搜索
13sr

PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z48852953

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.3 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase MYLIP

Homo sapiens

UniProt Q8WY64

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 369–445 链 B； UniProt 369–445 未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYD 4-methyl-N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000 分辨率 1.65 Å R-free 0.230
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 369–445 链 D； UniProt 369–445 未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYD 4-methyl-N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-amine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000 分辨率 1.65 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 13SR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
13RZ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1118527729 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CX8 2-{[(1R,2R)-2-methylcyclopentyl]amino}ethan-1-ol × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.66 Å R-free 0.229
13RZ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1118527729 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CX8 2-{[(1R,2R)-2-methylcyclopentyl]amino}ethan-1-ol × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.66 Å R-free 0.229
13SA PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1251361039 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 A1CYA (2R)-2-hydroxy-N-[(Z)-(pyridin-2-yl)methylidene]propanamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.57 Å R-free 0.234
13SA PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1251361039 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.57 Å R-free 0.234
13SB PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1456069604 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 KF8 N-[(3S)-piperidin-3-yl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.48 Å R-free 0.218
13SB PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1456069604 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 KF8 N-[(3S)-piperidin-3-yl]benzamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.48 Å R-free 0.218
13SC PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1491353358 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 WNM (3S)-1-(phenylsulfonyl)pyrrolidin-3-amine × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.48 Å R-free 0.209
13SC PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1491353358 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 WNM (3S)-1-(phenylsulfonyl)pyrrolidin-3-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.48 Å R-free 0.209
13SD PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1516316257 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYB 3-ethyl-5-methyl-4-[(3-methyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl]-1,2-oxazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.52 Å R-free 0.192
13SD PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1516316257 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.52 Å R-free 0.192
13SE PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1587220559 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.44 Å R-free 0.198
13SE PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1587220559 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 T1J 2-{[(1H-benzimidazol-2-yl)amino]methyl}phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.44 Å R-free 0.198
13SF PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1685106505 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 TQC (3M)-5-cyclobutyl-3-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)-1,2,4-oxadiazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.71 Å R-free 0.265
13SF PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1685106505 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.71 Å R-free 0.265
13SG PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1891773476 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1BNE 1-[(2R)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-yl]-N-methylmethanamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.73 Å R-free 0.239
13SG PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1891773476 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1BNE 1-[(2R)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-yl]-N-methylmethanamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.73 Å R-free 0.239
13SH PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z234898049 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYF 3-(5-methyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)aniline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.60 Å R-free 0.233
13SH PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z234898049 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYF 3-(5-methyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)aniline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.60 Å R-free 0.233
13SI PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2574937229 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 WJG (S)-1-(4-methoxyphenyl)-1-phenylmethanamine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.211
13SI PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2574937229 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 WJG (S)-1-(4-methoxyphenyl)-1-phenylmethanamine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.211
13SJ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2643472210 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 JGY 1-methyl-N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}-1H-pyrazole-3-carboxamide × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.47 Å R-free 0.204
13SJ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2643472210 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.47 Å R-free 0.204
13SK PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2692078340 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W1Y N-methyl-1-(1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl)methanamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.230
13SK PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2692078340 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W1Y N-methyl-1-(1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl)methanamine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.230
13SL PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z275151340 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 JHP 4-chloro-N-cyclopentyl-1-methyl-1H-pyrazole-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.34 Å R-free 0.214
13SL PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z275151340 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 JHP 4-chloro-N-cyclopentyl-1-methyl-1H-pyrazole-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.34 Å R-free 0.214
13SM PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z275179946 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GW1 (4-chloranyl-2-methyl-pyrazol-3-yl)-piperidin-1-yl-methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.205
13SM PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z275179946 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GW1 (4-chloranyl-2-methyl-pyrazol-3-yl)-piperidin-1-yl-methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.205
13SN PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2757439080 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 Q7L (3P)-3-(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-1H-pyrazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.44 Å R-free 0.204
13SN PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2757439080 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 Q7L (3P)-3-(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-1H-pyrazole × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.44 Å R-free 0.204
13SO PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z285233820 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 KB3 (5M)-5-(2-methoxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.61 Å R-free 0.226
13SO PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z285233820 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 KB3 (5M)-5-(2-methoxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-amine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.61 Å R-free 0.226
13SP PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z364577298 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYC 1-[(3S)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]ethan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.261
13SP PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z364577298 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.261
13SQ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z369936976 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 U0P N'-cyclopropyl-N-methyl-N-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)methyl]urea × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.30 Å R-free 0.200
13SQ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z369936976 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 U0P N'-cyclopropyl-N-methyl-N-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)methyl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.30 Å R-free 0.200
13SS PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z57475877 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 S7S ~{N}-(2-ethyl-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
13SS PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z57475877 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
13ST PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z608065044 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.37 Å R-free 0.200
13ST PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z608065044 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1H9V ~{N},~{N}-dimethyl-1~{H}-pyrazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.37 Å R-free 0.200
13SU PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z68404778 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 B1A ~{N}-(4-phenylazanylphenyl)ethanamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.50 Å R-free 0.201
13SU PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z68404778 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.50 Å R-free 0.201
13SV PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z954606858 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 VW4 (2S)-2-phenylpropane-1-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.68 Å R-free 0.233
13SV PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z954606858 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.68 Å R-free 0.233
13SW PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0087 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1AJM (3S)-3-(4-fluorophenyl)piperidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.37 Å R-free 0.213
13SW PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0087 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.37 Å R-free 0.213
13SX PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0134 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.36 Å R-free 0.199
13SX PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0134 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1CYE methyl (3R,4R)-4-(3-methoxyphenyl)oxane-3-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.36 Å R-free 0.199
13SY PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0041 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W2J [(3R,5R)-5-methylpiperidin-3-yl]methanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.29 Å R-free 0.203
13SY PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with POB0041 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W2J [(3R,5R)-5-methylpiperidin-3-yl]methanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.29 Å R-free 0.203
13SZ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with NCL-00023835 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1H6Y 1-bromanyl-4-methylsulfonyl-benzene × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.49 Å R-free 0.214
13SZ PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with NCL-00023835 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1H6Y 1-bromanyl-4-methylsulfonyl-benzene × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.49 Å R-free 0.214
13TA PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1741976468 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 XJV imidazolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.51 Å R-free 0.222
13TA PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z1741976468 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 XJV imidazolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.51 Å R-free 0.222
13TB PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2301685688 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W3M 1H-imidazole-5-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.55 Å R-free 0.218
13TB PanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z2301685688 提交 2025-10-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 W3M 1H-imidazole-5-carbonitrile × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.55 Å R-free 0.218
2YHN The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
链 B 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M SODIUM ACETATE PH 7-8, 16-20% MPD.
分辨率 3.00 Å R-free 0.297
2YHO The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 10% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
2YHO The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 10% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
2YHO The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 10% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
2YHO The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor 提交 2011-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 369–445（77 aa） 片段：RING, RESIDUES 369-445
未记录 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 10% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
6QLY IDOL FERM domain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–344（344 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Tris pH 8.5, 20mM MgSO4, 4% (w/v) ethylene glycol, 12% (w/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
6QLY IDOL FERM domain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–344（344 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Tris pH 8.5, 20mM MgSO4, 4% (w/v) ethylene glycol, 12% (w/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
6QLZ IDOL F3ab subdomain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–283（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Hepes pH 7.0 10% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.34 Å
6QLZ IDOL F3ab subdomain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 183–283（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Hepes pH 7.0 10% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.34 Å
6QLZ IDOL F3ab subdomain 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 183–283（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Hepes pH 7.0 10% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.34 Å
9SA1 The RING domain of IDOL 提交 2025-08-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；200 mM Magnesium chloride hexahydrate, 100 mM Bis-tris, 25% w/v PEG 3350
分辨率 1.06 Å R-free 0.177
9SA2 The RING domain of IDOL 提交 2025-08-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 369–445（77 aa）
链 B 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.10 Å R-free 0.174
9SA2 The RING domain of IDOL 提交 2025-08-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 369–445（77 aa）
链 D 369–445（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium acetate, 100 mM Tris, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.10 Å R-free 0.174

共 34 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYLIP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–78； UniProt 369–445 作者链 B； PDB构建体 2–78； UniProt 369–445 作者链 C； PDB构建体 2–78； UniProt 369–445 作者链 D； PDB构建体 2–78； UniProt 369–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 13sr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 13sr
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id13sr
沉积日期 deposition_date2025-10-10
最后修订 last_revision2025-12-10
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- IDOL RING domain in complex with Z48852953
关键词 keywordsDiamond I04-1 fragment screening, PanDDA, XChemExplorer, E3, ubiquitin, Zinc finger, RING, ligase; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.15 Å
零角强度 I(0) i042321800.00
分子量 molecular_weight31516.0 kDa
排除体积 excluded_volume29244 ų
包络体积 envelope_volume50986 ų
水化壳体积 shell_volume21044 ų
包络直径 envelope_diameter68.5 Å
壳层 Rg shell_rg26.67 Å
包络 Rg envelope_rg20.49 Å
形状 Rg shape_rg20.19 Å
总 Rg total_rg20.73 Å
总原子数 total_atoms2293
残基数 n_residues290
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.3 Å
Rg (实空间) rg_real20.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42320000.0000
解质量估计 total_estimate0.9037
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3 Å
偏度 Skewness skewness0.160
峰度 Kurtosis kurtosis-0.441
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3415000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.995
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)